Ołtarz został ufundowany przez rodzinę Cholewów z Wieliczki po 1718 roku. Konsekrował go biskup Jan Tarło 28 sierpnia 1721. Z uwagi na zmiany w samej konstrukcji ołtarza został on ponownie konsekrowany 24 września 1893 przez kardynała Albina Dunajewskiego. Od 1807 roku znajdował się w nim obraz „Stygmatyzacja św. Franiciszka” autorstwa Michała Stachowicza, a obecnie obraz o tej samej treści odkryty podczas konserwacji, namalowany w 1730 roku. Obraz św. Klary w zwieńczeniu oraz antepedium wykonał w 1809 roku krakowski malarz Michał Stachowicz. Ołtarz został odnowiony w 1878 roku, a także podczas drugiej wojny światowej z inicjatywy gwardiana o. Franciszka Śliwy. Kolejna konserwacja miała miejsce w 1987 roku.
Ołtarz przyścienny, architektoniczny, jednokondygnacyjny, jednoosiowy, ze zwieńczeniem. Mensa w formie prostopadłościanu. Antepedium malowane. Pośrodku medalion z wieńca laurowego, owiniętego sznurem. W polu wieńca godło zakonu franciszkańskiego (skrzyżowane prawe ręce Chrystusa i św. Franciszka oraz krzyż łaciński) na tle błękitnego nieba. Po bokach medalionu wolutowo zakręcona wić roślinna zakończona wazonami z kwiatami. Całość ukazana na ciemnozielonym tle. Retabulum umieszczone na zdwojonym cokole, flankowane kolumnami, ustawionymi na tle zwielokrotnionych pilastrów podtrzymujących wyłamane belkowanie; na osi kolumn przerwany wolutowy przyczółek. W polu głównym nastawy płytka wnęka, ujęta złoconą i profilowaną ramą w kształcie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem wklęsło-wypukłym z uskokami. Pośrodku obraz „Stygmatyzacja św. Franciszka”. W górnej części ramy złocony kartusz z godłem zakonu franciszkańskiego. Zwieńczenie o delikatnie wklęsłych bokach ujętych spływami wolutowymi, zamknięte łukiem nadwieszonym. Nad nim złocona muszla palmetowa pomiędzy dwoma spływami wolutowymi. W polu zwieńczenia obraz św. Klary w ramie o fantazyjnym wykroju. Retabulum flankowane po bokach ażurowymi uszami utworzonymi z liści akantu i przeplatającej je karbowanej wstęgi. Podpory ustawione na bazach, kapitele kompozytowe, trzony kolumn gładkie, natomiast trzony pilastrów kanelowane. Struktura malowana w kolorze ciemnozielonym, ornamenty i detale złocone.
Ołtarz powstał po pożarze kościoła (1718), a przed datą jego konsekracji (1721) wraz z pozostałymi ołtarzami znajdującymi się w świątyni. Reprezentuje typ aediculowy - czyli jednokondygnacyjnej, jednoosiowej struktury ujętej parą podpór dźwigających przerywane belkowanie, ze zwieńczeniem – charakterystyczny dla XVIII wieku. Prawdopodobnie autorem nastawy ołtarzowej byli rzemieślnicy z zakonu oo. franciszkanów. Ołtarze w kościele oo. Franciszkanów w Wieliczce charakteryzują się prostotą i skromnością dekoracji. Zostały wykonane z drewna dębowego, a detale i ornamentyka z miękkiego drewna lipowego. Takie cechy nastaw ołtarzowych regulowało bowiem ustawodawstwo zakonne, które kładło szczególny nacisk na wystrój świątyń franciszkańskich. Statuty z 1629 roku wyraźnie zakazywały złocenia ołtarzy lub obrazów, z wyjątkiem tabernakulum od wewnątrz. Wszystkie sprzęty kościelne miały być niekosztowne i skromne. Szczegółowo określony został materiał, z którego należało budować ołtarze. Na mocy rozporządzenia papieża Urbana VIII „Militantis Ecclesiae” ołtarze i świeczniki w reformackich kościołach miały być wykonane z drzewa orzechowego. Jednak ze względu na brak większej ilości tego materiału w Polsce władze generalne pozwoliły na wykorzystanie drewna dębowego, tak jak w omawianym dziele. Prostotę ołtarza podkreślają również odkrycia ostatniej konserwacji z lat 1992-1993, podczas której wykazano, iż ołtarz nie był pierwotnie polichromowany, lecz występował w naturalnej kolorystyce drewna dębowego. Ołtarz wykonali rzemieślnicy: Modest Gronalewicz, Beniamin Groński, Faustyn Gawlikowski i Maksym Ptaszkowski zatrudnieni przy odbudowie spalonej świątyni.
Ołtarz boczny św. Franciszka z Asyżu w klasztorze oo. Reformatów w Wieliczce powstał po pożarze kościoła (1718), a przed datą jego konsekracji (1721) wraz z pozostałymi ołtarzami znajdującymi się w świątyni. Reprezentuje typ aediculowy, czyli jednokondygnacyjnej, jednoosiowej struktury ujętej parą podpór dźwigających przerywane belkowanie, ze zwieńczeniem, który jest charakterystyczny dla XVIII wieku. Omawiane dzieło zbudowano z fundacji rodziny Cholewów z Wieliczki. W polu głównym ołtarza znajduje się obraz „Stygmatyzacja św. Franciszka” z 1730 roku. Na szczególną uwagę zasługują: malowane antepedium oraz obraz św. Klary wykonane w 1809 roku przez Michała Stachowicza, polskiego malarza i grafika epoki romantyzmu. Ołtarz wykonali rzemieślnicy: Modest Gronalewicz, Beniamin Groński, Faustyn Gawlikowski i Maksym Ptaszkowski zatrudnieni przy odbudowie spalonej świątyni.
Maria Działo, "Ołtarz boczny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-boczny-89