Budowę kościoła rozpoczęto w 1793 roku. W 1796 roku zakupiono wyposażenie, m.in. dwa ołtarze boczne w kościele Norbertanek przy Wiślnej Bramie w Krakowie za 200 zł reńskich oraz dzwony w klasztorze Karmelitów w Wiśniczu za 220 zł reńskich. 6 lipca 1808 biskup Andrzej Rawa Gawroński konsekrował kościół. Remonty i kolejne zakupy wyposażenia kościelnego szczegółowo zrelacjonowano w kronice parafialnej, np.: „7 września 1858 parafianie złożyli [się] na posadzkę kamienną do kościoła, którą już następnego roku na wiosnę położyli, jednak około ścian pod chórem i ławkami, w nawie, w kruchcie i pod dzwonnicą nic nie zrobiono, progi, chociaż popękane zostały i sprawili także pająk kryształowy, lecz o oświetleniu tegoż nie pomyśleli”. W 1862 roku ułożono posadzkę w zakrystii, w 1895 roku Jędrzej Jopek z Jachówki wstawił nowe okna do kościoła, a w 1898 roku Antoni Stopa z Makowa odmalował kościół. W 1948 roku zakupiono posadzkę z płytek ceramicznych czarno-białych oraz wstawiono nowe okna żelazne z większymi wentylatorami. Kolejne lata przyniosły zmiany również w wyposażeniu kościoła. W 1990 roku sprzedano organy do kościoła na Woli Justowskiej w Krakowie, a świątynię w Bieńkówce wyposażono w nowe.
Pokrycie dachowe na wieży zmieniano dwukrotnie: w 1861 oraz w 1897 roku. Na wieży kościelnej znajdowały się trzy żeliwne dzwony: najmniejszy z 1802 roku oraz dwa większe z 1826 roku, ufundowane przez parafian, którzy wrócili z emigracji zarobkowej z Chicago. Podczas drugiej wojny światowej dwa dzwony zostały przetopione przez Niemców, a trzeci z 1826 roku ocalał, ukryty na pobliskim cmentarzu. Na miejsce przetopionych dzwonów zostały odlane nowe w pracowni Goduli na Śląsku w 1958 roku. Dzwonom tym nadano imiona: Niepokalanego Serca Marii oraz św. Józefa. Dla parafian mają szczególne znaczenie, ponieważ poświęcił je podczas wizyty biskupiej, ówczesny sufragan krakowski Karol Wojtyła.
W otoczeniu kościoła należy zwrócić uwagę na „Dąb Wolności”, posadzony w 1923 roku, w piątą rocznicę odzyskania niepodległości oraz na głaz pamiątkowy z 2001 roku z tablicą upamiętniającą mieszkańców wsi, którzy zginęli w obronie Polski w 1939 roku oraz w obozie koncentracyjnym w Oświęcimiu. Powstanie pomnika zainicjował Józef Kot, prezes Koła Kombatantów, a jego fundatorami byli: Urząd Gminy Budzów, koło ZBoWiD, Starostwo Powiatowe w Suchej Beskidzkiej i Rada Sołecka w Bieńkówce.
Kościół orientowany, murowany z kamienia łamanego, tynkowany; jednonawowy z krótkim prezbiterium zamkniętym trójbocznie; z kruchtą od północy i z zakrystią od południa; z czworoboczną wieżą od zachodu, tworzącą u dołu przedsionek kościoła z wyjściem na chór. Nawa na rzucie wydłużonego prostokąta; dach nawy o jednej kalenicy, zwieńczony sygnaturką. Wieża na planie kwadratu, masywna, zwieńczona baniastym hełmem. Sygnaturka ośmioboczna z latarnią i hełmem baniastym. Wewnątrz kościoła stropy; chór muzyczny wsparty na dwóch kanelowanych słupach.
Architektura kościoła w Bieńkówce to charakterystyczny przykład budownictwa sakralnego w „stylu józefińskim”: kościoła orientowanego, z głównym wejściem od zachodu, jednonawowego; z jedną, czworoboczną wieżą zakończoną cebulastym hełmem (w tym przypadku baniastym); łączącego jednocześnie elementy architektury późnobarokowej i klasycystycznej. Ponadto realizującego postulat prostoty budowli i rezygnacji z bogatego wystroju wnętrza. Propagowanie tego stylu, związane jest z szeroko zakrojonymi reformami, które wprowadzono w Cesarstwie Austriackim w drugiej połowie XVIII wieku i wiązało się ze stopniowym ograniczeniem autonomii Kościoła. Dążenie do sprawowania kontroli nad Kościołem, również w sprawach architektury budynków sakralnych, miało polegać zdaniem Kingi Blaschke na „obronie czystości wiary zagrożonej przez irracjoanlny, emocjonalny i niedający się ująć w ścisłe ramy barok”. W 1771 roku Maria Teresa wydała rozporządzenie, według którego wszystkie kościoły miały posiadać „plan typowy”, w jednym z trzech wariantów: kościół na planie centralnym lub jeden z dwu planów kościołów jednonawowych, bez kaplic bocznych, z jednowieżowymi fasadami, dekorowanymi płaską artykulacją lizenową.
Dobry. Pierwotnie kościół był kryty gontem, ale pokrycie dachowe kilkukrotnie zmieniano: w 1839, w 1862 i w 1947 roku, kiedy za kwotę 130.000 zł nowy dach na kościele położyli blacharze Makowscy. Gruntowny remont kościoła przeprowadzono w latach 1982-1986 . Wówczas odtworzono m. in. dawne ogrodzenie kościoła oraz wstawiono nowe witraże, autorstwa Mirona Norwicza.
Kościół pw. Przenajświętszej Trójcy w Bieńkówce wybudowano w 1793 roku. Architektura kościoła to charakterystyczny przykład budownictwa sakralnego w „stylu józefińskim” z zaskakującym wewnątrz wyposażeniem barokowym. W 1796 roku zakupiono wyposażenie, m.in. dwa ołtarze boczne w kościele Norbertanek przy Wiślnej Bramie w Krakowie za 200 zł reńskich oraz dzwony w klasztorze Karmelitów w Wiśniczu za 220 zł reńskich. 6 lipca 1808 biskup Andrzej Rawa Gawroński konsekrował kościół. Wśród dzieł krakowskiego środowiska artystycznego można odnaleźć wzór, jaki posłużył do wykonania struktury bieńkowskiego ołtarza głównego. Jest to ołtarz Matki Boskiej Różańcowej z 1768 roku, który znajduje się w kościele Dominikanów w Krakowie, przypisywany Wojciechowi Rojowskiemu. W polu głównym nastawy ołtarzowej w Bieńkówce podobnie jak w kościele Dominikanów w Krakowie znajduje się obraz Matki Boskiej Śnieżnej.
Maria Działo, "Kościół Przenajświętszej Trójcy w Bieńkówce", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/kosciol-przenajswietszej-trojcy-w-bienkowce