W literaturze wskazywano, że ołtarz powstał około 1738 roku, gdyż w tym okresie kaplica była restaurowana. Jakkolwiek w aktach wizytacji z 1748 roku ołtarz w kaplicy Karola Borromeusza został określony jako dawny („structura altaris antiqua”). Nowy ołtarz w formie paludamentu powstał po tym roku, najpewniej w trzeciej ćwierci XVIII wieku. Został prawdopodobnie wykonany przez warsztat Antoniego Gegenbaura i Johanna Georga Feega.
Nastawa niearchitektoniczna w formie paludamentu. Mensa kamienna, oparta na dwóch kamiennych pilastrach o kanelowanych trzonach, ustawionych na cokolikach. Na mensie tabernakulum w formie drewnianej skrzynki na czterech nóżkach, zakończone gzymsem, o drzwiczkach w kształcie stojącego prostokąta o ściętych górnych narożach, ujęte profilowaną ramą z przedstawieniem kielicha z hostią w glorii. Na nim tron wystawienia na relikwiarz. Tabernakulum flankują dwie figury aniołów ustawione na cokołach.
Paludament podwiązany po bokach sznurem z chwostami, podtrzymywany przez putta, lamowany frędzlą, zwieńczony baldachimem utworzonym z fragmentu wklęsło-wypukłego gzymsu z lambrekinem. W polu wnęka w kształcie stojącego prostokąta ujęta profilowaną ramą i rocaille'm, z obrazem św. Karola Boromeusza. Nad obrazem rzeźbione obłoki i dwie uskrzydlone główki anielskie, po bokach nadlatujące dwa putta. Paludament polichromowany wewnątrz w kolorze szaro-brązowym, zewnątrz złocony.
Ołtarze niearchitektoniczne w formie paludamentu stanowią rzadkość. Przy czym paludament jako element ołtarzy architektonicznych występuję częściej, głównie jako oprawa dla cudownych wizerunków. Pojawia się w różnych formach, przykładowo jako tło dla obrazu w polu głównym ołtarza (np. w Inwałdzie), jako element zwieńczenia, najczęściej z baldachimem oraz w formie malowanej na ścianie tkaniny ujmującej architektoniczny ołtarz.
Płaszcz zwieńczony koroną w heraldyce stanowi ozdobę pełnej wersji herbu, która występowała od XVI wieku w herbach monarchów, książąt oraz wysokich dostojników świeckich i kościelnych. Jego forma nie pochodzi od płaszcza, jako elementu ubioru (łac. paludamentum – rzymski płaszcz wełniany), a od baldachimu z tkaniny zdobiącego tron. W sztukach plastycznych jego forma tworzyła godną oprawę dla cudownych wizerunków, szczególnie podkreślającą ich królewski bądź dostojny charakter. Forma paludamentu ołtarza św. Karola Boromeusza w kaplicy kościoła w Niepołomicach jest zaczerpnięta z heraldyki, gdyż w taki sam sposób jak w płaszczach heraldycznych tkanina podwiązana jest po bokach złotymi sznurami z chwostami, brzegi obszyte są frędzlą, a fragment gzymsu z lambrekinem pełni funkcję baldachimu trzymającego tkaninę.
Typ niearchitektonicznego baldachimowego ołtarza pojawił się na terenie Małopolski po raz pierwszy w kościele w Grabiu w latach 1742-1747, zaś omawiany ołtarz niepołomicki stanowi drugie tego rodzaju dzieło. Takie ołtarze występowały również na górnych Węgrzech w pierwszej połowie XVIII wieku w twórczości działającego tam wiedeńskiego rzeźbiarza – Georga Rafaela Donnera. Geneza formalna tego rozwiązania upatrywana jest w dziełach wiedeńskich architektów, szczególnie Johanna Bernarda Fischera von Erlach.
Nie jest znane autorstwo ołtarza w kaplicy św. Karola Borromeusza w Niepołomicach. Jakkolwiek przez podobieństwa formalne do ołtarza głównego w Grabiu można szukać jego wykonawcy w kręgu Antoniego Gegenbaura. Rzeźba figuralna omawianego retabulum bliska jest jego dziełom, szczególnie dwóm puttom z grabskiego ołtarza czy aniołkom z kościoła Bernardynów w Krakowie, gdzie wykonał część wyposażenia. Rzeźby bardzo muskularnych aniołków o charakterystycznym, typie twarzy z zadartym nosem i wyodrębnioną brodą z dołeczkiem oraz falowanymi wokół twarzy włosami podobny jest również do dzieł Johanna Georga Feega. Ten ostatni pracującował razem z Gegenbaurem w kościele Bernardynów w Krakowie. Przez podobieństwa do ołtarza w Grabiu (przypisywanego Gegenbaurowi), jak i do dzieł z krakowskiego kościoła Bernardynów (potwierdzone archiwalnie dzieło Gegenbaura i Feega) można tu zasugerować, że obaj ci rzeźbiarze współpracowali przy poszczególnych zleceniach i wykonali ołtarz św. Karola Boromeusza w Niepołomicach. Gegenbaurowi można przypisać również inne figury w kościele niepołomickim. Gegenbaur i Feeg byli z pochodzenia Austriakami, stąd też prawdopodobnie znajomość rozwiązań o genezie wiedeńskiej, takiej jak omawiany paludamentowy ołtarz.
Zabrudzenia ołtarza, drobne przetarcia złoceń.
Ołtarz w formie paludamentu powstał najpewniej w trzeciej ćwierci XVIII wieku. Został prawdopodobnie wykonany przez warsztat Antoniego Gegenbaura i Johanna Georga Feega. Forma paludamentowego ołtarza św. Karola Boromeusza w kaplicy kościoła w Niepołomicach jest zaczerpnięta od baldachimu z tkaniny zdobiącego tron. Tworzył on godną oprawę dla cudownych wizerunków, szczególnie podkreślającą ich królewski bądź dostojny charakter.
Paulina Kluz , "Ołtarz w kaplicy", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-w-kaplicy-8