Krucyfiks przeznaczony był na belkę tęczową kościoła. Czas jego powstania należy wiązać z budową kościoła z fundacji króla Kazimierza Wielkiego w latach pięćdziesiątych XIV wieku. Zapewne po barokizacji kościoła oraz zmianie sklepienia krzyż zdjęto z belki tęczowej, umieszczając go w kaplicy ogrójcowej. Po przeprowadzeniu jego konserwacji na nowo został umieszczony na tęczy.
Pełnoplastyczna figura Chrystusa Ukrzyżowanego umieszczona jest na belce tęczowej. Chrystus został ukazany na krzyżu w dużym zwisie na wyprężonych ramionach, tworzących kształt litery „V”. Jego korpus jest wydłużony i esowato wygięty z silnym zaznaczeniem modelunku anatomicznego. Nogi zostały lekko zgięte w kolanach i nieznacznie odchylone w bok, zaś stopy skrzyżowane i przybite jednym gwoździem do krzyża. Wyeksponowano muskulaturę kończyn, żebra i ranę w boku. Głowa Zbawiciela opada na prawe ramię. Jego twarz jest podłużna, z długim, prostym nosem, o zamkniętych oczach i otwartych ustach w grymasie bólu. Otacza ją gęsta, kręcona broda oraz długie, ciemne włosy opadające lokami na oba ramiona. Na głowie widoczna jest cierniowa korona o długich kolcach. Biodra Zbawiciela zostały przepasane długim perizonium sięgającym kolan. Jest ono na środku drapowane za pomocą misowych fałd układających się poprzecznie, zaś po bokach zostało wywinięte za pomocą dwóch festonów opadających kaskadowo wzdłuż ud. Ponad głową Chrystusa umieszczony jest złocony titulus o kształtach barokowych w formie kartusza z napisem „INRI”.Rzeźba jest polichromowana, a perizonium srebrzone z zastosowaniem laserunków.
Krucyfiks z niepołomickiej belki tęczowej wpisuje się w zróżnicowaną pod względem stylistycznym i artystycznym grupę kilkunastu tego rodzaju ekspresyjnych przedstawień, które z tego czasu zachowały się na terenie Małopolski, jak np. krucyfiksy w: Jangrocie, Krzyszkowicach, krakowskim kościele św. Marcina, farze w Krośnie, czy też Czarny Krucyfiks królowej Jadwigi w katedrze krakowskiej.
Poprzez mocne wyakcentowanie fizycznego bólu ukrzyżowanego Zbawiciela oraz wyeksponowanie znamion męki niepołomicki Chrystus przynależy do grupy tzw. krucyfiksów mistycznych. Ich genezy powszechnie upatruje się w mendykanckich Ukrzyżowaniach z końca XIII wieku z terenów Włoch oraz w czternastowiecznych dolorystycznych krucyfiksach nadreńskich (NMP na Kapitolu w Koloni) oraz westfalskich (Coesfeld, Lage). Wszystkie one prezentują charakterystycznie wydłużoną postać ukrzyżowanego Chrystusa o ciele naznaczonym piętnem przebytej męki, z bezwładnie opadającą na bok głową, półotwartymi z bólu ustami i lekko podgiętymi oraz odchylonymi w bok nogami. Ważną rolę odgrywał także sposób drapowania perizonium z opadającymi dwoma lub trzema festonami po bokach ud. Popularność krucyfiksów mistycznych była związana z krzewieniem pobożności dolorystycznej przez zakony mendykanckie, zwłaszcza franciszkanów oraz poprzez etos świętości św. Brygidy Szwedzkiej i św. Katarzyny ze Sieny.
Rzeźbę poddano konserwacji w latach 1961-1963 w Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie. Wykonano impregnację drewna, usunięto barokowe uzupełnienia w drewnie i zdjęto przemalówki. Odsłonięto także fragmentarycznie zachowane resztki gotyckiej polichromii. Części niepolichromowane (bez zachowanej polichromii) doczyszczono do drewna.
Jednocześnie uzupełniono koronę cierniową, krzyż, a perizonium na nowo posrebrzono.
Katalog zabytków sztuki w Polsce, t. 1, Województwo krakowskie, red. J. Szablowski, Warszawa 1953, s. 52;
T. Chrzanowski, M. Kornecki, Sztuka Ziemi Krakowskiej, Kraków 1982, s. 119, il. 62b;
Róg Rafał, Kościół w Niepołomicach, Kraków 1998, s. 31;
R. Kaczmarek, Import kopii ideowej: Krucyfiks Królowej Jadwigi w katedrze na Wawelu, [w:] R. Kaczmarek, Italianizmy. Studia nad recepcją s. 277-295.
Krucyfiks z niepołomickiej belki tęczowej wpisuje się w zróżnicowaną pod względem stylistycznym i artystycznym grupę kilkunastu tego rodzaju ekspresyjnych przedstawień, które z tego czasu zachowały się na terenie Małopolski. Czas jego powstania należy wiązać z budową kościoła z fundacji króla Kazimierza Wielkiego w latach pięćdziesiątych XIV wieku. Poprzez mocne wyakcentowanie fizycznego bólu ukrzyżowanego Zbawiciela oraz wyeksponowanie znamion męki niepołomicki Chrystus przynależy do grupy tzw. krucyfiksów mistycznych popularnych od XIII wieku w sztuce europejskiej.
ks. Szymon Tracz, "Chrystus na krzyżu", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2023, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/chrystus-na-krzyzu-2