Ołtarz główny powstał około 1780 roku z przeznaczeniem do nowego kościoła w Trzemeśni. Został wykonany przez braci Korneckich – Antoniego i Ignacego. Prawdopodobnie na przełomie XIX i XX wieku, podczas remontu kościoła, ołtarz został odnowiony.
Nastawa ołtarzowa architektoniczna, jednoosiowa, jednokondygnacyjna ze zwieńczeniem, ustawiona na dwustrefowym cokole, z wyodrębnionymi dwiema parami prostopadłościanów. Ołtarz kamienny, wolnostojący, ustawiony na dwustopniowej podstawie, ujęty po bokach fryzowanymi konsolami. Mensa kamienna z marmurowym portatylem. Na przedniej ściance wyrzeźbiona w licu płycina, ujęta kanelowanymi lizenami, z monogramem IHS w polu. Na ołtarzu ustawione tabernakulum z tronem wystawienia. Tabernakulum w formie drewnianej skrzynki z obitymi blachą prostokątnymi drzwiczkami, ujętymi ramą. W ich polu medalion z przedstawieniem pelikana karmiącego młode na tle krzyża. Tron wystawienia w formie obrotowej, trójdzielnej niszy o wykroju stojącego prostokąta zamkniętego stylizowanym łukiem półokrągłym, zwieńczonej gzymsem. Nisza flankowana dekoracją w postaci liści ostrokrzewu i kampanuli, na gzymsie rocaille. Tabernakulum i tron ujęte parą niższych kolumn o kapitelach kompozytowych, na wysokich cokołach, dźwigających imposty, na których stoją wazony oraz spływami zakończonymi cokołami z fragmentami przerwanego przyczółka, na których klęczą adorujące anioły. Spływy dekorowane rocaille'em z podwieszonymi kampanulami. Kondygnacja ujęta dwiema parami pilastrów i stojących przed nimi kolumn o kapitelach kompozytowych, ustawionymi delikatnie pod kątem względem lica, wewnętrzna para wysunięta do przodu. Po wewnętrznej stronie ołtarza para pilastrów, których konsole podtrzymują belkowanie, a trzony dekorowane są zwisami roślinnymi, na ich tle figury św. Joachima i św. Anny. Podpory dźwigają pełne belkowanie, wyłamane na ich osi, przerwane nad polem środkowym oraz fragmenty przerwanego, falistego przyczółka z siedzącymi puttami, a także wolutowe cokoły z wazonami na zewnętrznych krawędziach belkowania. Fryz dekorowany rozetami. W polu środkowym nisza w formie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem półkolistym nadwieszonym, ujęta profilowaną ramą z mniejszym obrazem Matki Boskiej z Dzieciątkiem oraz przedstawieniem św. Klemensa na zasuwie. Powyżej rokokowy kartusz z monogramem Marii, na którym dwa putta trzymają koronę, z podwieszonymi zwisami kwiatowymi, ujmującymi ramę pola głównego poniżej. Zwieńczenie w formie stojącego prostokąta z wolutowymi uszakami, zamkniętego gzymsem w formie łuku odcinkowego nadwieszonego. W polu rzeźbiarskie przedstawienie półpostaci Boga Ojca pośród obłoków, na tle glorii promienistej, ujętego przez siedzące na gzymsie, adorujące aniołki. Ołtarz flankują umocowane do ścian konsole z figurami św. Piotra i św. Pawła. Struktura w całości polichromowana w kolorze jasnoniebieskim, z niebieskimi i bladoróżowymi detalami, kolumny, profile i ornamentyka złocone, detale srebrzone.
Ołtarz główny razem z figurami świętych najpewniej wykonali bracia Korneccy, którzy po rozwiązaniu warsztatu rodzinnego w Gdowie (ok. 1776), w latach osiemdziesiątych XVIII wieku wykonywali razem jeszcze kilka zleceń. Struktura ołtarza oraz cechy formalne figur odpowiadają dziełom tworzonym wcześniej w warsztacie Korneckich, w którym Antoni i Ignacy pracowali razem z ojcem Piotrem oraz krewniakami i współpracownikami.
Architektura ołtarza przedstawia typ, który bardzo często stosowany był w strukturach ołtarzy głównych wykonywanych przez warsztat Korneckich. W partii kondygnacji zastosowano charakterystyczny układ kolumn i pilastrów, parami rozchodzących się na zewnątrz pod coraz większym kątem. Ten typ kondygnacji ołtarza głównego Korneccy wybudowali w kościołach w Zakliczynie, w Tokarni (dawniej w Mogile) i w Niepołomicach. Zwieńczenie ołtarza w Trzemeśni jest znacznie skromniejsze i bardziej uproszczone wobec wymienionych wyżej przykładów, w których było bardziej rozbudowane, zazwyczaj ujęte parami filarów z impostami. W omawianym ołtarzu w Trzemeśni bracia Korneccy zastosowali proste zwieńczenie z uszakami, które zazwyczaj budowano w ołtarzach bocznych. Proporcjonalnie zdaje się być zbyt małe w stosunku do masywnej i rozbudowanej architektonicznie kondygnacji. Prawdopodobnie wybrano mniejsze zwieńczenie przez wzgląd na niedużą wysokość prezbiterium.
Przetarcia, ubytki, spękania i złuszczenia polichromii, złoceń i srebrzeń, zabrudzenia nastawy.
Ołtarz główny powstał około 1780 roku z przeznaczeniem do nowego kościoła w Trzemeśni. Został wykonany przez braci Korneckich – Antoniego i Ignacego. Architektura ołtarza przedstawia typ, który bardzo często stosowany był w strukturach ołtarzy głównych wykonywanych przez warsztat Korneckich, przykładowo w kościołach w Zakliczynie, w Tokarni (dawniej w Mogile) i w Niepołomicach.
Paulina Kluz, "Ołtarz główny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-glowny-41