Wieś Krzyszkowice od połowy XV wieku należała do kanoników regularnych z klasztoru na Kazimierzu w Krakowie. Pierwsza świątynia w Krzyszkowicach była wzmiankowana już w 1528 roku i nie wiadomo jak potoczyły się jego dalsze losy. W późniejszym okresie rolę lokalnej świątyni pełniła kaplica dworska pw. św. Anny, podlegająca pod parafię w Sieprawiu. Była wymieniona w aktach wizytacji tej parafii w 1596 roku jako kaplica konsekrowana, stojąca obok dworu, która posiada jeden ołtarz, natomiast wszystkie paramenty służące do odprawiania mszy przynosi proboszcz z kościoła parafialnego. Następnie była wzmiankowana w dokumentach powizytacyjnych z 1618, 1655 (kaplica konsekrowana) i 1664 roku (kaplica drewniana, konsekrowana). W 1747 roku została opisana jako drewniana, prosta, konsekrowana, kryta gontem i niedawno reperowana, w której znajduje się jeden ołtarz z konsekrowanym portatylem. Kuratelę nad kaplicą mieli krakowscy kanonicy regularni, jako ówcześni właściciele wsi.
Kaplica św. Anny spaliła się w 1836 roku. Obecny kościół został wybudowany na jej miejscu w latach 1856-1860 kosztem gminy i właściciela Krzyszkowic, Włodzimierza Dębskiego. W 1874 roku świątynię przeniesiono na teren zakupiony od Marianny Galas, na którym to znajduje się obecnie. Drewno na jego rozbudowę ofiarowała księżna Augusta de Montléart, ówczesna właścicielka dworu w Krzyszkowicach. Kościół pierwotnie składał się z przedsionka, nad którym wznosiła się wieża dzwonna, nawy i prezbiterium oraz przylegającej do niej zakrystii. Przy północnej stronie nawy znajdowała się kruchta, zaś nad prezbiterium usytuowana była wieżyczka na sygnaturkę. Pierwotnie dach był kryty gontem. W 1888 roku wprawiono pięć nowych okien, pomalowano nawę i zakrystię. W 1900 roku naprawiono gont od strony południowej i wymieniono posadzkę w zakrystii, rok później zaś naprawiono gont od północy. W 1916 roku wyremontowano wierzchołek wieży.
W 1933 roku Jan Hołuj, architekt z Myślenic, przygotował projekt rozbudowy świątyni. Dnia 5 listopada tego roku zawiązano komitet rozbudowy kościoła, którego prezesem został ks. Władysław Wicher, a przewodniczącym ówczesny proboszcz Władysław Pytel. Fundusze zebrano głównie dzięki prywatnym ofiarom oraz różnym zbiórkom. Ponadto Cecylia Lubomirska przekazała na ten cel 25 metrów sześciennych drewna. Prace nad rozbudową świątyni trwały od 28 kwietnia do początku listopada 1934. Kościół przedłużono o 14 metrów w kierunku zachodnim, dobudowując do dawnej bryły drugą część nawy i wieżę. Fundamenty pod te części położył Józef Kruczek, natomiast pracę wykonał zespół cieśli pod kierownictwem Józefa Kruka. Dnia 4 listopada 1934 Adam Sapieha dokonał poświęcenia rozbudowanego kościoła.
W 1936 roku kosztem parafian i proboszcza Stanisława Chramca obito eternitem dawny budynek kościoła i położono posadzkę, powiększono również zakrystię. Po drugiej wojnie światowej przystąpiono do remontów w świątyni. Ponownie zawiązano komitet, którego zadaniem było zebranie funduszy na ten cel. W 1948 roku przystąpiono do prac, wówczas malarz z Krakowa, Piotr Przemek, wykonał polichromię wnętrza, a Juliusz Żańczyk z Gorlic odnowił wszystkie elementy wyposażenia. Dnia 8 grudnia 1948 ks. Władysław Wicher poświęcił świątynię. W 1968 roku budynek kościoła został zelektryfikowany. Pracę wykonała firma Jerzego Wiesiołka z Zakopanego. Wówczas sprawiono do kościoła 4 żyrandole, reflektory do prezbiterium, kinkiety i lampy. W 1971 roku nastąpiły zmiany w obrębie prezbiterium, mianowicie usunięto balaski, podniesiono poziom posadzki o jeden stopień, zamontowano nowy, wolnostojący ołtarz i lektorium. W 1973 roku zamontowano w świątyni nagłośnienie. W późniejszym czasie (po 1996) przeprowadzono remont elewacji zewnętrznych i zdjęto płyty eternitowe pokrywające świątynię z zewnątrz.
Kościół drewniany na podmurówce z kamienia, o konstrukcji zrębowej, szalowany; jednonawowy, orientowany; wieża o konstrukcji słupowej.
Prezbiterium na planie prostokąta zamkniętego trójbocznie, od północy przylega prostokątna w rzucie zakrystia; nawa na planie prostokąta, z przylegającą od południa kruchtą na rzucie kwadratu; dobudowana nawa na planie dłuższego od poprzedniej prostokąta, od zachodu wieża na planie kwadratu, częściowo wtopiona w ścianę zamykającą nawę, z wyodrębnionymi dwoma pomieszczeniami flankującymi ją.
Nawy i prezbiterium nakryte stropami, oddzielone od siebie szerokimi arkadami zamkniętymi łukami odcinkowymi. W zachodniej części większej nawy prosty parapet chóru muzycznego wsparty na dwóch drewnianych filarach; prospekt organowy przepruwa strop w przestrzeń wieży. Posadzka z płyt ceramicznych. Otwory okienne w formie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem półkolistym, obwiedzione listwowymi opaskami, z kwaterowymi podziałami; od strony południowej – jedno w prezbiterium i po dwa w każdej części nawy, od strony północnej po dwa w każdej części nawy, od zachodniej dwa niewielkie flankujące wieżę. W zakrystii analogiczny otwór okienny od wschodu i mniejszy od północy. Otwory wejściowe: z prezbiterium do zakrystii drzwi płycinowe w futrynie; w przejściu z mniejszej nawy do kruchty drzwi płycinowe w futrynie; w przejściu z przyziemia wieży do większej nawy otwór w formie stojącego prostokąta z wklęsłymi górnymi narożami, obwiedziony listwowymi opaskami.
Ściany z zewnątrz szalowane z listwowaniem. Trzy dachy z osobnymi kalenicami, nad prezbiterium wielospadowy; nad dwiema nawami dwuspadowe, zakończone daszkami okapowymi; kryte ceramiczną dachówką. Wieżyczka na sygnaturkę na kalenicy nad mniejszą nawą, obita blachą, zamknięta daszkiem wieżowym.
Wieża o ścianach zwężających się ku górze, trójkondygnacyjna. Dolna kondygnacja zamknięta gzymsem, a dwie wyższe daszkami okapowymi. Całość zwieńczona hełmem ostrosłupowym z latarnią przeprutą oknami. Otwory okienne: w pierwszej kondygnacji na ścianie wschodniej i zachodniej w formie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem półkolistym, obwiedzione listwowymi opaskami, z kwaterowymi podziałami; w drugiej kondygnacji z trzech stron okulusy, w trzeciej z czterech stron niewielkie okienka. Otwór wejściowy od zachodu, na pięciu kamiennych stopniach, drzwi deskowe-spągowe, dwuskrzydłowe, w odrzwiach belkowych; nakryty daszkiem dwuspadowym.
Bryła kościoła nawiązuje do rozwiązań barokowych stosowanych w sakralnym budownictwie drewnianym w XVII i XVIII wieku. Jej dominantę stanowi masywna wieża o nieznacznie tylko zwężających się ścianach. Natomiast korpus złożony jest z pojedynczych pomieszczeń różnej wielkości i wysokości, a poszczególne jego części nakryte są dachami o odrębnych kalenicach. Zgodnie z osiemnastowieczną tendencją ściany zewnętrzne oszalowano, na dachu wzniesiono wieżyczkę na sygnaturkę, a pomieszczenia przepruto oknami po obu stronach.
Kościół w Krzyszkowicach jest przykładem długiego trwania form nowożytnych w drewnianej architekturze, a jego autorem był, jak to często bywało w takich przypadkach, nieznany nam z nazwiska, najpewniej lokalny budowniczy. W 1934 roku kościół został przebudowany, by pomieścić rosnącą liczbę wiernych, dach pokryto ceramiczną dachówką, a ściany zewnętrzne eternitem (później usuniętym), co zmieniło znacząco pierwotny charakter budowli i mogło wpłynąć negatywnie na jego konstrukcję. Na uwagę zasługuje rokokowe wyposażenie uratowane z pożaru dawnej kaplicy dworskiej i przeniesione do nowego kościoła.
Kościół w Krzyszkowicach został wybudowany na miejscu kaplicy dworskiej w latach 1856-1860. W 1874 roku przeniesiono go na teren zakupiony od Marianny Galas, na którym stoi do dziś. W 1933 roku Jan Hołuj, architekt z Myślenic, przygotował plan przebudowy, którą przeprowadzono rok później. Bryła kościoła nawiązuje do rozwiązań barokowych stosowanych w sakralnym budownictwie drewnianym w XVII i XVIII wieku.
Autor: Aleksander Maciej Rudzki
Autor: Andrzej Stanisław Kostka Załuski
Agata Felczyńska, Paulina Kluz, "Kościół św. Anny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/kosciol-sw-anny-2