Ołtarz główny został ufundowany przez Franciszka Leśniowicza, oficjała pileckiego. Powstał przed 1702 rokiem w warsztacie Jerzego Hankisa. Był konsekrowany w 1703 roku przez Kazimierza Łubieńskiego. W 1875 roku ojciec Franciszek Soja odnowił wszystkie ołtarze w kościele. W 1902 roku pozłocono je na nowo. Podczas odnowienia kościoła w 1913 roku Filip Woźniak wykonał nowe tabernakulum do ołtarza głównego i nowe złocenia ołtarzy. W latach siedemdziesiątych XX wieku (po 1972) odnowiono w kościele wszystkie retabula. W latach 2007-2008 przeprowadzono pełną konserwację ołtarza głównego.
Nastawa architektoniczna, trójosiowa, dwukondygnacyjna, ustawiona na wysokim cokole z wyodrębnionymi prostopadłościanami. Ołtarz prostopadłościenny, z drewnianą mensą. Antepedium ujęte profilowaną ramą, w polu medalion z monogramem IHS w glorii. Na ołtarzu ustawione tabernakulum z tronem wystawienia. Tabernakulum w formie trójosiowej skrzynki, o wklęsło-wypukłym licu, artykułowanej kolumienkami o kręconych trzonach, podtrzymującymi belkowanie, wyłamane na ich osi, z gzymsem wyłamanym faliście na osi środkowej. Drzwiczki w formie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem półkolistym nadwieszonym z uskokiem, ujętego ramą z płaskorzeźbionym przedstawieniem kielicha z hostią w glorii. Na osiach bocznych płaskorzeźbione przedstawienia winnego grona. Tron wystawienia w formie paludamentu, podwójnie podwieszonego po bokach, zwieńczonego koroną zamkniętą.
Cokół dekorowany płycinami wypełnionymi suchym akantem. Pierwsza kondygnacja nastawy ujęta dwiema parami kolumn o kapitelach kompozytowych oraz stojącą między nimi parą pilastrów, w których trzonach znajdują się gabloty na wota. Przed pilastrami na cokołach ustawione dwie figury aniołów. Podpory dźwigają pełne belkowanie, przerwane w partii architrawu i fryzu nad polem środkowym, wyłamane na osi kolumn, na osi pilastrów belkowanie wyłamane pod kątem, w formie impostu z podwieszonymi szyszkami. Na belkowaniu, na obłokach dwie figurki adorujących puttów oraz dwa wazony na cokołach. W polu środkowym wnęka w formie stojącego prostokąta o wciętych górnych narożach, ujęta podwójną ramą, dekorowaną ornamentem roślinnym, z obrazem św. Józefa. Wnęka otoczona z trzech stron gablotami z wotami. Nad nią, w polu belkowania kartusz utworzony z suchego akantu z napisem w polu: „ŚW(IĘTY) JÓZEFIE / MÓDL SIĘ / ZA NAMI”. Druga kondygnacja o szerokości osi środkowej, ustawiona na cokole z wyodrębnionymi prostopadłościanami oraz gablotą z wotami, ujęta dwiema parami pilastrów i spływami wolutowymi oraz stojącą przed nimi parą kolumn, dźwigających zdwojone imposty oraz fragmenty przerwanego, półkolistego przyczółka z siedzącymi puttami. Spływy zdobione festonami utworzonymi z wstęgi oraz kwiatów. Całość zamknięta fragmentem falistego gzymsu oraz Okiem Opatrzności w glorii promienistej. W polu obraz Zaślubin Marii ze św. Józefem w formie stojącego prostokąta o ściętych narożach, ujęty ramą dekorowaną ornamentem roślinnym. Flankowany dwiema prostokątnymi płycinami wypełnionymi akantem. Obie kondygnacje ujęte uszami utworzonymi z suchego akantu. Struktura polichromowana w kolorze zielonym, kolumny, ornamentyka i profile złocone.
W dotychczasowej literaturze wykonanie ołtarza głównego i czterech bocznych w kościele św. Józefa było przypisywane Jerzemu Hankisowi na podstawie analizy formalnej.
Architektura omawianego retabulum jest identyczna jak ołtarza głównego w kościele św. Tomasza w Krakowie (ok. 1700), przypisywanego temu rzeźbiarzowi. Struktury mają takie same podziały, elementy architektoniczne i dekorację (ornamentyka, figury aniołów), różnią się jedynie wykrojem pola głównego, w związku dostosowaniem go do wymiarów różnych obrazów.
Hankis tworzył typowe dla drugiej połowy XVII wieku struktury ołtarzowe, dwukondygnacyjne, o rozbudowanej architekturze, z wykorzystaniem wielu podpór, zwłaszcza w partii pierwszej kondygnacji, zdobione obfitą dekoracją ornamentalną. Charakterystyczny motyw architektoniczny ustawionych pod kątem wazonowatych impostów zakończonych szyszką pojawiał się często w architekturze ołtarzy głównych wykonywanych przez tego rzeźbiarza, przykładowo w kościele św. Tomasza w Krakowie, czy świątyniach w Skaryszewie i w Książu Małym.
Dobry. W latach 2007-2008 przeprowadzono pełną konserwację ołtarza głównego.
Ołtarz główny został ufundowany przez Franciszka Leśniowicza, oficjała pileckiego. Powstał przed 1702 rokiem w warsztacie Jerzego Hankisa. Był konsekrowany w 1703 roku przez Kazimierza Łubieńskiego. Architektura omawianego retabulum jest identyczna jak innego przypisywanego temu artyście ołtarza głównego w kościele św. Tomasza w Krakowie (ok. 1700). Hankis tworzył typowe dla drugiej połowy XVII wieku struktury ołtarzowe, dwukondygnacyjne, o rozbudowanej architekturze, z wykorzystaniem wielu podpór zwłaszcza w partii pierwszej kondygnacji, zdobione obfitą dekoracją ornamentalną.
Paulina Kluz, "Ołtarz główny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-glowny-43