Ołtarz św. Franciszka został ufundowany przez Franciszka Leśniowicza, oficjała pileckiego. Powstał przed 1702 rokiem w warsztacie Jerzego Hankisa. Był konsekrowany przez Kazimierza Łubieńskiego w 1703 roku. W 1875 roku ojciec Franciszek Soja odnowił wszystkie ołtarze w kościele. Następnie w 1902 roku pozłocono je. Podczas odnowienia świątyni w 1913 roku Filip Woźniak wykonał nowe złocenia ołtarzy, a w 1934 roku podczas renowacji kościoła odmalowano je. W latach siedemdziesiątych XX wieku (po 1972) odnowiono w kościele wszystkie ołtarze. Retabulum św. Franciszka przeszło pełną konserwację w latach 2008-2009.
Nastawa architektoniczna, jednoosiowa, jednokondygnacyjna ze zwieńczeniem, ustawiona na dwustrefowym cokole z wyodrębnionymi dwoma prostopadłościanami. Ołtarz prostopadłościenny, z drewnianą mensą. Antepedium ujęte profilowaną, złoconą ramą, na tle fioletowego pola mandorla z chrystogramem Chi Rho oraz literami alfa i omega, w glorii promienistej. Cokół w górnej strefie dekorowany płycinami wypełnionymi akantem. Nastawa flankowana parą kolumn o kapitelach kompozytowych, dźwigających pełne belkowanie, wyłamane na ich osi, częściowo przerwane pośrodku, z siedzącymi na nim puttami, o fryzie dekorowanym rozetami. Pole centralne niemal w całości wypełnione wnęką ujętą ramą zdobioną ornamentem roślinnym, w formie stojącego prostokąta z wyłamanym schodkowo fragmentem w górnym boku, wypełnionym akantem. We wnęce obraz „Stygmatyzacja św. Franciszka”, na zasuwie przedstawienie św. Klary. Kondygnacja ujęta uszami utworzonymi z akantu i kampanuli. Zwieńczenie w formie stojącego prostokąta o lekko wklęsłych bokach, zamknięte fragmentem falistego gzymsu z obłokami, puttem i dwoma uskrzydlonymi główkami anielskimi. W polu obraz św. Elżbiety Węgierskiej w formie stojącego prostokąta o ściętych narożach, ujęty ramą zdobioną ornamentem roślinnym. W miejscu naroży cztery rozety. Zwieńczenie flankowane uszami z akantu i kampanuli. Struktura polichromowana w kolorze zielonym, ze złoconymi kolumnami, profilami i ornamentyką.
W dotychczasowej literaturze wykonanie ołtarza głównego i czterech bocznych w kościele św. Józefa było przypisywane Jerzemu Hankisowi na podstawie analizy formalnej. Ołtarz św. Franciszka stanowił niegdyś parę z niezachowanym ołtarzem Wniebowzięcia, który stał naprzeciwko niego, w tym samym przęśle. Najprawdopodobniej retabula miały taką samą strukturę architektoniczną. Retabulum św. Franciszka reprezentuje typ aediculowy, a więc prostej, jednokondygnacyjnej nastawy ze zwieńczeniem. Lico ołtarza jest płaskie, jedynie para kolumn wyłamana jest na osi. Pole środkowe niemal w całości wypełnione jest wnęką na obraz, przerywa nawet architraw i fryz belkowania, co jest charakterystyczne dla nastaw jeszcze z pierwszej połowy XVII wieku.
Retabulum św. Franciszka z kościoła św. Józefa w Krakowie jest podobne do innych tworzonych w warsztacie Hankisa ołtarzy bocznych, jak przypisywanych mu nastaw w kościele Dominikanów w Tarnobrzegu czy kościele parafialnym w Skaryszewie. Wszystkie one mają płaskie lico oraz podobną formę zwieńczenia. Jak w większości ołtarzy tworzonych przez tego rzeźbiarza, w ich dekoracji dominuje suchy akant wypełniający płyciny cokołów i tworzący uszy.
Dobry, po konserwacji w latach 2008-2009.
Ołtarz św. Franciszka został ufundowany przez Franciszka Leśniowicza, oficjała pileckiego. Powstał przed 1702 rokiem w warsztacie Jerzego Hankisa. Był konsekrowany przez Kazimierza Łubieńskiego w 1703 roku. Retabulum św. Franciszka reprezentuje typ aediculowy. Jest podobne do innych tworzonych w warsztacie Hankisa ołtarzy bocznych, jak przypisywanych mu retabulów w kościele Dominikanów w Tarnobrzegu czy kościele parafialnym w Skaryszewie.
Paulina Kluz, "Ołtarz boczny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-boczny-58