Ołtarz św. Agnieszki powstał przed 1702 rokiem w warsztacie Jerzego Hankisa ufundowany przez dobrodziejów klasztoru. Był konsekrowany pod innym wezwaniem w 1703 roku przez Kazimierza Łubieńskiego. W 1875 roku ojciec Franciszek Soja odnowił wszystkie ołtarze w kościele. W 1902 roku ołtarze pozłocono. Podczas odnowienia kościoła w 1913 roku Filip Woźniak wykonał nowe złocenia. W 1934 roku w wyniku renowacji kościoła odmalowano ołtarz. W latach siedemdziesiątych XX wieku (po 1972) odnowiono w kościele wszystkie ołtarze. Retabulum św. Agnieszki przeszło pełną konserwację w latach 2008-2009.
Nastawa architektoniczna, jednoosiowa, jednokondygnacyjna ze zwieńczeniem, ustawiona na dwustrefowym cokole z wyodrębnionymi dwoma prostopadłościanami. Ołtarz prostopadłościenny, z drewnianą mensą. Antepedium ujęte profilowaną, złoconą ramą, na tle fioletowego pola mandorla z chrystogramem Chi Rho oraz literami alfa i omega, w glorii promienistej. Cokół w górnej strefie dekorowany płycinami wypełnionymi akantem. Nastawa flankowana parą kolumn o kapitelach kompozytowych, dźwigających pełne belkowanie, wyłamane pod kątem na ich osi, przerwane pośrodku, z siedzącymi na nim puttami, o fryzie dekorowanym rozetami. Pole centralne niemal w całości wypełnione wnęką ujętą profilowaną ramą zdobioną miejscami ornamentem roślinnym, w formie stojącego prostokąta o wklęsłych górnych narożach. We wnęce obraz z przedstawieniem św. Agnieszki, na zasuwie św. Bonawentury i św. Tomasza z Akwinu. Nad obrazem rzeźbione obłoki z trzema uskrzydlonymi główkami anielskimi. Kondygnacja ujęta uszami utworzonymi z akantu i kampanuli. Zwieńczenie w formie stojącego prostokąta o lekko wklęsłych bokach, zamknięte fragmentem falistego gzymsu, na którym siedzi putto. W polu obraz św. Klary w formie stojącego owalu, ujęty ramą zdobioną wieńcem laurowym. Zwieńczenie dekorowane w polu czterema rozetami, flankowane uszami z akantu. Struktura polichromowana w kolorze zielonym, ze złoconymi kolumnami, profilami i ornamentyką.
W dotychczasowej literaturze wykonanie ołtarza głównego i czterech bocznych w kościele św. Józefa było przypisywane Jerzemu Hankisowi na podstawie analizy formalnej. Ołtarz św. Agnieszki stanowi parę z ołtarzem św. Antoniego, który stoi naprzeciwko niego, w tym samym przęśle. Retabula mają taką samą strukturę architektoniczną. Retabulum św. Agnieszki reprezentuje typ aediculowy, a więc prostej, jednokondygnacyjnej nastawy ze zwieńczeniem. Płaszczyznę lica ołtarza przełamują wyłamane pod kątem elementy belkowania na osi kolumn. Pole środkowe niemal w całości wypełnione jest wnęką na obraz, przerywa nawet architraw belkowania, co jest charakterystyczne dla nastaw jeszcze z pierwszej połowy XVII wieku.
Retabulum św. Agnieszki z kościoła św. Józefa w Krakowie jest podobne do innych tworzonych w warsztacie Hankisa ołtarzy bocznych, jak przypisywanych mu retabulów w kościele Dominikanów w Tarnobrzegu, kościele parafialnym w Książu Małym czy w kościele Bernardynów w Kalwarii Zebrzydowskiej. Wszystkie one mają wyłamane pod kątem fragmenty belkowania. Jak w większości ołtarzy tworzonych przez tego rzeźbiarza, w ich dekoracji dominuje suchy akant wypełniający płyciny cokołów i tworzący uszy.
Dobry, po konserwacji z lat 2008-2009.
Ołtarz św. Agnieszki powstał przed 1702 rokiem w warsztacie Jerzego Hankisa ufundowany przez dobrodziejów klasztoru. Był konsekrowany pod innym wezwaniem w 1703 roku przez Kazimierza Łubieńskiego. Retabulum św. Agnieszki reprezentuje typ aediculowy. Jest podobne do innych tworzonych w warsztacie Hankisa ołtarzy bocznych, jak przypisywanych mu retabulów w kościele Dominikanów w Tarnobrzegu, kościele parafialnym w Książu Małym czy w kościele Bernardynów w Kalwarii Zebrzydowskiej.
Paulina Kluz, "Ołtarz boczny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-boczny-55