W protokole o przekazaniu temporaliów przejmowanego beneficjum i kościoła parafialnego w Woli Batorskiej z 22 lipca 1970 znajduje się informacja, o tym że ołtarz boczny został przeniesiony z kościoła parafialnego w Niepołomicach z kaplicy św. Karola Boromeusza (Lubomirskich). U dołu umieszczono napis: „KAROL CZECH FUNDATOR KOŚCIELNY KOŚCIOŁA TUTEJSZEGO. RP 1859”. Obok figur św. Piotra i św. Pawła znajdował się w nim pierwotnie obraz św. Antoniego Padewskiego, namalowany przez malarza Rogowskiego w 1859 roku. Ołtarz został przeniesiony do Woli Batorskiej w 1959 roku. W 1985 został przebudowany wraz z drugim ołtarzem bocznym – Najświętszego Serca Pana Jezusa.
Nastawa ołtarzowa architektoniczna, jednokondygnacyjna ze zwieńczeniem. Ołtarz drewniany, flankowany dwoma filarami na niskich cokołach, pośrodku ażurowa, neogotycka krata; mensa drewniana. Tabernakulum w formie prostopadłościennej skrzynki, ustawione na niskim cokole, ujęte parą pilastrów w formie spływów wolutowych ozdobionych liśćmi akantu i kampanulami na trzonach. Na ściance przedniej drzwiczki w kształcie stojącego prostokąta. W polu w płycinie o analogicznym kształcie łaciński krzyżyk o trójlistnie zakończonych ramionach. Całość zamknięta profilowanym gzymsem. Po bokach tabernakulum stoją dwie figury klęczących aniołów. Nastawa ustawiona na wyłamanej pośrodku predelli, podtrzymującej podpory: parę kolumn o delikatnie zwężających się ku górze, kanelowanych trzonach z kompozytowymi pilastrami oraz wewnętrzną parę wklęsłych pilastrów o gładkich trzonach i stylizowanych kapitelach, wspierającymi przerwane nad osią główną belkowanie. W polu środkowym wnęka w kształcie stojącego prostokąta zamknięta od góry trzema wolutami, a od dołu fantazyjnie wycięta. Wewnątrz obraz Matki Boskiej Częstochowskiej. Poniżej, złotymi literami napis: „PAMIĄTKA NAWIEDZENIA / w Woli Batorskiej / 22/23.VIII.1968 r(oku)". Po lewej stronie ustawiona rzeźba św. Piotra, a po prawej św. Pawła. Zwieńczenie w formie owalu z płaskorzeźbionym przedstawieniem Najświętszego Serca Pana Jezusa, otoczone obłokami z trzema uskrzydlonymi główkami aniołków. Na szczycie zatknięty prosty, łaciński krzyżyk. Struktura polichromowana na kolor jasnobeżowy, detale i ornamentyka złocone i srebrzone.
Ołtarz reprezentuje typ aediculowy, czyli jednokondygnacyjnej, jednoosiowej struktury ujętej parą podpór dźwigających przerwane belkowanie, ze zwieńczeniem. Niestety źródła archiwalne nie ujawniły twórcy retabulum. Nastawa nosi cechy neostylowe, od neogotyku, który przejawia się ozdobieniu astwerkiem kraty w dolnej części ołtarza po wykorzystanie motywu predelli i współczesnych form w zwieńczeniu. Połączenie motywów wklęsłych pilastrów z kolumnami, zdobionymi żłobkowaniem podtrzymujące
ymi przerwane belkowanie to z kolei element nawiązujący do klasycyzmu. Zwieńczenie ołtarza o współczesnych formach zostało natomiast wykonane podczas przebudowy ołtarza w 1985 roku, zapewne wraz z jego dolną partią. W polu głównym umieszczony jest obraz Matki Boskiej Częstochowskiej, na pamiątkę peregrynacji obrazu w parafii w Woli Batorskiej w 1968 roku. Wydarzenie to zostało szczegółowo opisane w kronice parafialnej.
Ołtarz boczny został przeniesiony z kościoła parafialnego w Niepołomicach z kaplicy św. Karola Boromeusza (Lubomirskich). Obok figur św. Piotra i św. Pawła pierwotnie znajdował się w nim obraz św. Antoniego Padewskiego, namalowany przez malarza Rogowskiego w 1859 roku. Obecnie jest w nim umieszczony obraz Matki Boskiej Częstochowskiej, na pamiątkę peregrynacji wizerunku maryjnego w parafii w 1968 roku.
Maria Działo, "Ołtarz boczny w kaplicy", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-boczny-w-kaplicy