Pierwszy kościół w tym miejscu został wybudowany w 1619 roku. Obecny pochodzi z lat 1776-1784 lub z 1799 roku i był konsekrowany w 1808 roku przez biskupa Andrzeja Gawrońskiego. W 1829 roku kościół został odnowiony. W latach 1902-1903 dobudowano kaplice boczne.
Kościół orientowany, murowany, jednonawowy, z prezbiterium, z zakrystią od północy i nawą z dwiema kaplicami – jedną od południa i drugą od północy. Od południa przylega do niego kruchta, a od zachodu wieża. Prezbiterium jest węższe od nawy, zamknięte wielobocznie, oddziela je tęcza o łuku półkolistym wsparta na pilastrach. Od zachodu chór na dwóch filarach, zamknięty balustradą wysuniętą przed lico w części środkowej i dekorowaną płycinami z umieszczonymi symetrycznie krzyżami łacińskimi. Ściany wnętrza gładkie, brak podziałów pionowych, partię ścian od sklepienia oddziela niebieski gzyms. Dół ścian wyłożony drewnianą boazerią, w prezbiterium kamiennymi płytami. Ściany przeprute oknami – prezbiterium czterema, nawa sześcioma w kształcie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem odcinkowym, kolejne w kaplicach; większość wypełniają witraże. Główne wejście przez korpus wieżowy od zachodu, drugie od zakrystii. Elewacje kościoła są gładkie, narożniki podkreślone lizenami, wieża o dwóch kondygnacjach przedzielonych kapnikiem. W pierwszej wejście poniżej okna, od zachodu przypora, w drugiej cztery niewielkie okna. Dach jednokalenicowy, wieżyczka na sygnaturkę o kształcie barokowym, wieża przekryta hełmem baniastym z latarnią. Od zewnątrz, na wschodniej ścianie prezbiterium ogrójec w formie drewnianej altany. Do najstarszych elementów wyposażenia należą ołtarz główny z końca XVII wieku z wizerunkiem Matki Boskiej z Dzieciątkiem oraz osiemnastowieczne ołtarze boczne ustawione w nawie głównej.
Kościół pw. św. Marii Magdaleny w Trzebuni jest budowlą o prostych formach architektonicznych, której części są jasno wydzielone, wnętrze jest proste, a zewnętrzne elewacje pozostają niemal gładkie. Jest przykładem stylu józefińskiego, który wykształcił się na terenach Galicji w architekturze tworzonej za rządów monarchii habsburskiej. Charakter budowli został określony przepisami wynikającymi z wprowadzonej przez cesarza Józefa II reformy kościelnej, która miała na celu stopniowe ograniczenie autonomii Kościoła. Zapewniano finansowanie budów, jednak zalecano oszczędność, którą osiągano, upraszczając formę, kładąc nacisk na funkcjonalność oraz ograniczając wyposażenie i dekorację budowli. Korzystano z powtarzalnych projektów. Cechami należącymi do stylu józefińskiego, które ujawniły się w bryle trzebuńskiego kościoła, są prosty układ z wieżą na osi, jednonawowe, pozbawione kaplic wnętrze (kaplice zostały dobudowane na początku XX wieku) i artykułowanie elewacji lizenami.
W 1829 roku kościół został odnowiony.
Pierwszy kościół w Trzebuni powstał w 1619 roku. Obecny, murowany, został wybudowany w latach 1776-1784 (lub 1799), a w latach 1902-1903 dobudowano do niego kaplice boczne. Wyposażenie nowego kościoła pochodzi z okresu jego budowy lub jest późniejsze. Najstarszymi zabytkami świątyni są ołtarz główny z końca XVII wieku z wizerunkiem Matki Boskiej z Dzieciątkiem oraz osiemnastowieczne ołtarze boczne ustawione w nawie głównej.
Agata Felczyńska , "Kościół św. Marii Magdaleny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/kosciol-sw-marii-magdaleny-1