Pierwotnie ołtarz miał wykonać stolarz o nazwisku Kowol z Zakopanego, z którym w październiku 1919 roku podpisano umowę na wykonanie dzieła. Kowol umowy tej jednak nie dotrzymał. Dopiero w 1922 roku, dzięki dodatkowej kwocie ofiarowanej przez Jana Zawiłę, ołtarz wzniósł krakowski rzemieślnik Franciszek Maćkowski. W centrum ołtarza umieszczono obraz Matki Boskiej Zembrzyckiej.
Ołtarz przyścienny, architektoniczny, trójosiowy, jednokondygnacyjny ze zwieńczeniem. Mensa prostopadłościenna. Antepedium trójosiowe, flankowane czterema kolumnami. W osi środkowej płycina w kształcie leżącego prostokąta z monogramem Matki Boskiej w polu i wieńcem z róż. W osiach bocznych płyciny w kształcie stojących prostokątów z bukietem narcyzów w polu. Tabernakulum metalowe w formie prostopadłościennej szafki zamkniętej profilowanym gzymsem wspartym na dwóch smukłych kolumnach. Drzwiczki prostokątne, zamknięte półkoliście z przedstawieniem krzyża z gorejącym sercem w czwórliściu oraz motywem winorośli i kłosów zbóż. Tron wystawienia w formie baldachimu wspartego na czterech smukłych kolumnach, zwieńczonego kopułą i rzeźbą pelikana karmiącego młode. Retabulum ustawione na wysokim cokole i predelli. Nastawa flankowana parą kolumn w części środkowej i parą pilastrów na zewnątrz. Podpory dźwigają wyłamane belkowanie, nad osią środkową wysunięte do przodu i tworzące łuk nadwieszony. W polu głównym, w ramie w kształcie stojącego prostokąta, zamkniętego łukiem półkolistym, umieszczony obraz Matki Boskiej Zembrzyckiej oraz św. Jana Chrzciciela na zasuwie. Nad polem głównym trzy uskrzydlone główki aniołków. W osiach bocznych, w niszach zamkniętych łukiem w ośli grzbiet i zwieńczonych krzyżykiem, ustawione figury świętych: po prawej św. Stanisława, po lewej św. Wojciecha. Zwieńczenie w kształcie cebulastej, ażurowej kopuły, dekorowanej ornamentem roślinnym, spiętej u góry zamkniętą koroną z krzyżykiem. Po bokach zwieńczenia, na osi pilastrów para stojących aniołów. Cokół zdobiony fryzem arkadkowym i zamknięty od góry profilowanym gzymsem. Predella pośrodku dekorowana fryzem arkadowym, a w osiach bocznych stylizowanym ornamentem roślinnym, a na skrajach zawiniętym liściem akantu. Kolumny i pilastry ustawione na bazach, kapitele kompozytowe, trzony kolumn dekorowane ukośną kratką z rozetkami w polu, a trzony pilastrów z płyciną wypełnioną wicią z róż i innych kwiatów. Po bokach ołtarz ujęty ażurowymi uszakami utworzonymi z wolutowo skręconej wici roślinnej. Fryz dekorowany rzędem rozetek. Struktura malowana w kolorze naturalnego drewna, ornamentyka i profilowania złocone, detale czerwone i bordowe, suknie aniołów srebrzone.
Choć do tej pory znane było tylko nazwisko autora, który wykonał ołtarz w Zembrzycach – Maćkowski, można przypuszczać, że chodzi tutaj o Franciszka Maćkowskiego, snycerza, który w latach 1932-1933 restaurował ołtarz Wita Stwosza w Krakowie. Rzemieślnik ten był na stałe zatrudniony przy kościele Mariackim razem z pozłotnikiem Leonem Wiadrowskim, malarzem Józefem Wołowskim, ślusarzem Janem Oremusem i cieślą Marcinem Korollą. Według spisu alfabetycznego mieszkańców miasta Krakowa z 1906 roku rzeźbiarz zamieszkiwał przy ulicy św. Gertrudy 5, a według spisu z 1932 roku przy ulicy Wrzesińskiej 11. Rzeźbiarz, który sam siebie określał mistrzem rzeźbiarskim brał również czynny udział w rozmontowaniu i transporcie ołtarza Wita Stwosza do Sandomierza w sierpniu 1939 roku. Osobiście też ukrył listwy ornamentacyjne pod podłogą prezbiterium bazyliki. W książce „Grabież ołtarza Wita Stwosza” jest wymieniany w gronie cichych bohaterów ratujących ołtarz. Więcej informacji na jego temat nie posiadamy. Ołtarz ten jest zatem dziełem niezwykle interesującym w działalności artystycznej tego mało znanego twórcy. Przedstawia wysoki poziom warsztatowy o niepowtarzalnej kompozycji. Rzeźbiarz jest również autorem ambony w kościele św. Jana Chrzciciela w Zembrzycach, a prawdopodobnie również stalli.
Ołtarz wykonał w 1922 roku krakowski rzemieślnik Franciszek Maćkowski. Ołtarz jest dziełem niezwykle interesującym w działalności artystycznej tego mało znanego artysty. Przedstawia wysoki poziom warsztatowy o niepowtarzalnej kompozycji. W centrum ołtarza umieszczono obraz Matki Boskiej Zembrzyckiej, na zasuwie obraz św. Jana Chrzciciela, a po bokach rzeźby świętych biskupów: Wojciecha i Stanisława.
Maria Działo, "Ołtarz główny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-glowny-62