Ołtarz główny powstał w drugiej połowie XVIII wieku. Pierwsza wzmianka o nim pojawiła się w kronice parafialnej w 1861 roku. Ówczesny proboszcz parafii zanotował: „Kazałem wymalować na wielki ołtarz dwa obrazy, S. Wawrzeńca i S. Szczepana, jednego po prawej, a drugiego po lewej stronie, jako Dyakonów do S. Marcina Biskupa, Patrona Kościoła, wszystko to razem z ramami pozałacanemi kosztowało 40 [?]”. Następna notatka dotyczy obrazu w polu głównym ołtarza: „1921 Stary obraz św. Marcina w W. Ołtarzu był już bardzo zniszczony, przez połowę pęknięte płótno, malowidło zblakłe. Staraniem proboszcza i ofiarnością parafian sprawiono nowy obraz. Malował na surowem płótnie P. Jan Stankiewicz z Oświęcimia. Ten sam artysta malarz wykonał w Kaplicy szopkę Betlejemską”. Nieznana jest natomiast proweniencja dwóch starszych obrazów z ołtarza: Matki Boskiej Wniebowziętej z drugiej połowy XVII wieku, a także Chrystusa Ukrzyżowanego z drugiej połowy XIX wieku.
Nastawa ołtarzowa architektoniczna, trójosiowa, jednokondygnacyjna ze zwieńczeniem i bramkami. Ołtarz drewniany, prostopadłościenny; antepedium haftowane. Tabernakulum metalowe, fakturowane, w formie zbliżonej do prostopadłościennej skrzynki, ustawione na niskim cokole, o wypukłej ściance frontowej, flankowane parą kolumn o kompozytowych kapitelach. Drzwiczki w kształcie stojącego prostokąta, zamkniętego łukiem nadwieszonym; w polu kielich z hostią, a po bokach winna winorośl i kłosy zbóż. Powyżej jest tron wystawienia o fantazyjnym kształcie, ujęty po bokach wolutami, na których usadzone są dwa putta. W polu maska lunarna, otoczona promienistą glorią, a w zwieńczeniu muszla palmetowa. Nastawa ustawiona jest na wysokim, zdwojonym cokole, flankowana dwiema parami zdwojonych pilastrów, ustawionych ukośnie. Bramki w kształcie stojących prostokątów, zamkniętych półkoliście, w profilowanej obudowie zwieńczonej wolutowo. Drzwiczki dekorowane są malowanym bukietem kwiatów w wazonie. Kondygnacja o delikatnie wklęsłym przebiegu, ujęta dwiema parami zdwojonych, kanelowanych pilastrów, z których wewnętrzne ustawione są pod kątem. Podpory dźwigają pełne belkowanie, wyłamane nad osiami. Na linii wewnętrznych podpór ustawione są dwa cokoły, na których osadzono dwie główki aniołków, a na linii skrajnych podpór wolutowe przyczółki; z kolei pomiędzy nimi znajdują się fantazyjne woluty. W polu środkowym w ramie o kształcie stojącego prostokąta, zamkniętego łukiem wklęsło-wypukłym z uskokami umieszczony jest obraz Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny, a na zasuwie obraz św. Marcina oraz płótno przedstawiające Chrystusa Ukrzyżowanego. W osiach bocznych obrazy: po lewej św. Szczepan, a po prawej św. Wawrzyniec. Przed skrajnymi podporami ustawione są figury: po lewej św. Piotra, a po prawej św. Pawła. Nad polem głównym zawieszona jest gołębica Ducha Świętego na tle srebrzonych obłoków i promienistej glorii. Zwieńczenie w formie zbliżonej do leżącego prostokąta ujętego spływami wolutowymi, zamknięte profilowanym gzymsem i rocaille’ami. W polu obraz św. Marcina. Struktura polichromowana w kolorze jasnobeżowym, ornamentyka złocona, detale srebrzone.
Ołtarz główny w kościele w Marcyporębie wraz z dekoracją rzeźbiarską prawdopodobnie wykonał anonimowy pracownik Antoniego Gegenbaura w drugiej połowie XVIII wieku. Figury św. Piotra i św. Pawła w ołtarzu głównym w kościele w Marcyporębie są niemal powtórzeniem dzieł z Sancygniowa, Sieciechowic i Niegowici (obecnie w Mętkowie). Anonimowy pracownik Antoniego Gegenbaura wykonał również w kościele w Marcyporębie ambonę, która jest jest niemal formalnym powtórzeniem ambony z kościoła w Sieciechowicach, a być może również dwa ołtarze boczne. Warsztat Antoniego Gegenbaura należy do nurtu południowoniemieckiego, charakteryzującego się dużą ekspresją. W rzeźbie krakowskiej nurt ten wiązał się z twórczością artystów napływowych. Sam Gegenbaur przybył do Krakowa z Austrii w 1755 roku, a zmarł w 1773 roku. W tych latach można zamknąć okres jego działalności w Polsce. Dzieła mistrza można odnaleźć m. in. w krakowskich kościołach: Bernardynów, Bożego Ciała czy św. Marka. Z kolei anonimowemu pracownikowi Antoniego Gegenbaura m.in. przypisuje się autorstwo małej figurki św. Józefa z ołtarzyka Matki Boskiej Dobrej Rady w kościele Bernardynów w Krakowie, a także figury dwóch aniołów w ołtarzu św. Jana Chrzciciela w tym kościele (umowę na wykonanie tych dzieł podpisał Antoni Gegenbaur 13 listopada 1763). Rzeźby te nie posiadają charakterystycznej dla jego mistrza – Gegenbaura – ekspresyjnej maniery, lecz klasyczny kontrapost i wyczuwalną cielesność pod obfitymi draperiami. Dlatego można przypuszczać, iż mistrz zlecił to zadanie swojemu pomocnikowi. Podobne cechy mają figury w ołtarzu Jezusa Miłosiernego w kościele św. Floriana w Krakowie z 1761 roku, rzeźby w ołtarzu głównym w Sancygniowie (1763-1765), wyposażenie kościoła św. Andrzeja w Sieciechowicach, a także figury z dawnego ołtarza w kościele w Niegowici.
Odnawiany w latach pięćdziesiątych i sześćdziesiątych XX wieku.
Ołtarz główny w kościele w Marcyporębie wraz z dekoracją rzeźbiarską prawdopodobnie wykonał anonimowy pracownik Antoniego Gegenbaura w drugiej połowie XVIII wieku. Figury św. Piotra i św. Pawła w ołtarzu głównym w kościele w Marcyporębie są niemal powtórzeniem dzieł z Sancygniowa, Sieciechowic i Niegowici (obecnie w Mętkowie). W polu środkowym umieszczony jest obraz Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny z drugiej połowy XVIII wieku, a na zasuwie obraz św. Marcina z 1921 roku oraz płótno przedstawiające Chrystusa Ukrzyżowanego z drugiej połowy XIX wieku. W osiach bocznych obrazy: po lewej św. Szczepan, a po prawej św. Wawrzyniec z 1861 roku. Z kolei w zwieńczeniu znajduje się obraz św. Marcina.
Maria Działo, "Ołtarz główny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-glowny-23