Ołtarz został wykonany przez Jana Obrochtę w 1877 roku, a w 1965 ołtarz przerobiono go według projektu Macieja Makarewicza. Drzwiczki do tabernakulum o neogotyckim ornamencie wykonał Piotr Seip z Krakowa. Podczas remontu ołtarza w 1959 roku znaleziono pismo: „Ten ołtarz był zaczęty / w roku 1877 a ukończony / od drzewa w roku 1878 / za wielmożnym / kanonikiem Jachem Warzecha / A Majster Jan Obrochta / pomocnicy Julian Moser / Piotr Mędrys, Tomasz Studnicki / Cycori Karol / Feliks Hajdecki / ale to bardzo wtenczas ciężko / szło wszystko z trudnością / ten ołtarz kończyli były bardzo /ciężkie czasy, kto będzie ten / ołtarz rozbierał niech wspomnie na tych co go robili”. Podczas remontu w 1965 roku usunięto z ołtarza po dwie kolumny po obu stronach oraz zmieniono obraz w zwieńczeniu.
Ołtarz przyścienny, architektoniczny, jednoosiowy, jednokondygnacyjny ze zwieńczeniem. Mensa marmurowa, prostopadłościenna, brzegiem profilowana. Antepedium podzielone na trzy pola za pomocą wolutowych konsoli dekorowanych po bokach akantem, dźwigających imposty z płyciną i gwiazdą. W skrajnych osiach analogiczne konsole, ustawione ukośnie względem struktury mensy. W polu środkowym o metalowym froncie odlewany medalion z monogramem IHS ujętym w wieniec. W polach bocznych odlewane, złocone motywy kwiatowe.
Nastawa ołtarzowa na wysokim, podwójnym cokole, ujęta ustawionymi naprzemiennie pod kątem dwiema parami filarów opiętych pilastrami oraz dwiema parami kolumn. Podpory o kapitelach kompozytowych. Kolumny wewnętrzne stoją na cokołach, a zewnętrzne podtrzymywane są przez konsole. Filary dźwigają wyłamane w ich partii belkowanie, przerwane nad polem środkowym z silnie wystającym, profilowanym gzymsem, kolumny zaś unoszą imposty. Na osi kolumn skrajnych przerwany wolutowy przyczółek z pełnoplastycznymi, figurami siedzących aniołów. Na osi kolumn wewnętrznych figury stojących świętych biskupów, po prawej św. Stanisław, a po lewej św. Wojciech. W polu ołtarza nisza w kształcie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem półkolistym nadwieszonym, ujęta złoconą i profilowaną ramą. Wewnątrz mniejsza prostokątna płycina mieszcząca obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem (Matka Boska Makowska). Zwieńczenie o wklęsło-wypukłych formach ujęte spływami wolutowymi, zamknięte u góry profilowanym gzymsem o falistym zarysie. W polu obraz Przemienienia Pańskiego o kształcie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem wklęsło-wypukłym, o ściętych dolnych narożach i lekko wklęsłych bokach, umieszczony na tle glorii promienistej. Powyżej, na osi srebrzona gołębica Ducha Świętego. Cokoły dekorowane płycinami ze stylizowanym, wolutowo skręconym akantem. Trzony pilastrów nałożoną, złoconą dekoracją utworzoną w winorośli. Fryz zdobiony kwadratowymi płycinami z rozetami. Struktura polichromowana na kolor jasnobeżowy z elementami zieleni; ornamentyka oraz detal architektoniczny złocone.
Ołtarz został wykonany w stylu neobarokowym. Jego struktura opiera się na wzorach wykształconych w sztuce nowożytnej. Nastawa jest posadowiona na wysokim cokole, z polem głównym flankowanym podporami, z obrazami w polu głównym oraz w zwieńczeniu. Uzupełniają ją elementy architektoniczne charakterystyczne dla sztuki neobaroku.
Ołtarz główny został wykonany przez Jana Obrochę w 1877 roku. Drzwiczki do tabernakulum o neogotyckim ornamencie wykonał Piotr Seip z Krakowa. W polu głównym umieszczony jest otoczony kultem obraz Matki Boskiej Makowskiej. Podczas jednej z konserwacji odkryto datę – 1590, zapewne świadczący o czasie powstania dzieła. Obraz znajdował się w poprzednim kościele w Makowie Podhalańskim. Dopiero w 1745 roku ksiądz Michał Karliński skierował do ordynariusza krakowskiego pismo, w którym prosił o pozwolenie na przeniesienie obrazu Matki Bożej ze starego kościoła św. Klemensa do nowej świątyni. W odpowiedzi kuria krakowska przesłała dekret, w którym nazwano obraz „łaskami słynącym” i zalecała wykonać translację w sposób uroczysty.
Maria Działo, "Ołtarz główny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-glowny-93