Średniowieczny kościół św. Anny został rozebrany w 1679 roku. W jego miejsce wybudowano nową świątynię pod kierunkiem księdza Sebastiana Piskorskiego, według projektu Tylmana z Gameren. W latach 1695-1703 wykonano dekorację i wystrój wnętrza świątyni. Partie rzeźbiarskie i część malarskich były dziełem warsztatu pod kierunkiem Baltazara Fontany. Umowę na wykonanie ołtarza głównego sztukator podpisał w 1695 roku. W 1701 roku powstały figury św. Stanisława i św. Wojciecha.
Zasadniczy ołtarz jest prostopadłościenny, z antepedium w technice skalioli, z owalnym polem, w którym znajduje się medalion obwiedziony kwiatami. Wydzielone wokół niego geometryczne pola pokryte są białą i czerwoną marmoryzacją. Za ołtarzem znajduje się monumentalna nastawa, składająca się z podwójnych cokołów, dwóch tylnych, ustawionych równolegle do prezbiterium, dwóch przednich ustawionych ukośnie, na których stoją osadzone na tle pilastrów kolumny o spiralnych trzonach. Po bokach kolumn unoszące się na chmurach uskrzydlone anioły w miękko modelowanych szatach. Trzony kolumn ozdobione wijącą się wokół nich wicią roślinną, ich kapitele w porządku kompozytowym podtrzymują belkowanie. Nad zewnętrznymi kolumnami unoszą się faliste naczółki, zaś nad wewnętrznymi siedzące anioły. Nad ołtarzem posadowiono dużych rozmiarów glorię promienistą z grupą aniołów i puttów. Pośrodku otwarta księga trzymana przez anioły z napisem: LIBER GENERATIONIS IESV CHRISTI. W polu środkowym nisza na obraz w kształcie prostokąta zamkniętego półkoliście, obwiedzionego rzeźbioną ramą z motywem liści lauru; na obrazie przedstawiona św. Anna Samotrzeć. Ołtarz flankują wsunięte do przodu figury św. Wojciecha i św. Stanisława, stojące na dostawionych do ścian bocznych prezbiterium cokołach, wybrzuszających się w górnej części.
Ołtarz główny w kolegiacie św. Anny w Krakowie jest jednym z najwybitniejszych dzieł małej architektury dojrzałego baroku na ziemiach polskich. Jego geneza z pewnością sięga dzieł włoskich, ale jednego, konkretnego wzoru nie udało się dotychczas wskazać, co świadczy o wysokich umiejętnościach i twórczym podejściu do pracy autora projektu, którym był Baltazar Fontana. Motyw skręconych kolumn zaczerpnął z konfesji św. Piotra w bazylice watykańskiej, a charakterystyczną ogromną glorię w partii zwieńczenia na tle okna z oprawy tronu św. Piotra w tym samym kościele. W rzymskim tronie św. Piotra widoczne są figury czterech ojców Kościoła, które niewątpliwie były źródłem inspiracji dla rzeźb św. Wojciecha i św. Stanisława. Fontana, jak żaden z wcześniej działających w Polsce artystów, potrafił wykorzystać w swoich dziełach światło. W tym przypadku promienie padające z okna w ścianie zamykającej prezbiterium w określonych porach dnia, dopełniają efekt glorii wykonanej ze stiuku i pozłoconej. Krakowski ołtarz stał się dla Fontany punktem wyjścia do wykonania monumentalnego ołtarza św. Benedykta w kościele Cystersów w Velehradzie i ołtarza głównego kościoła Premonstratensów na Świętym Kopcu koło Ołomuńca. Wykorzystał w nich motyw par kolumn, glorii w zwieńczeniu oraz wysokich figury świętych wysuniętych ku przodowi. Motyw glorii w partii zwieńczenia stał się z kolei popularny w Małopolsce w pierwszej połowie XVIII wieku.
Ołtarz główny w kościele św. Anny w Krakowie wykonał Baltazar Fontana ze swoim warsztatem w latach 1695-1703. Należy on do najwybitniejszych przykładów małej architektury i rzeźby w sztuce polskiej. Fontana wykorzystał w nim szereg motywów zaczerpniętych z sztuki rzymskiej: skręcone kolumny z konfesji św. Piotra w bazylice watykańskiej, glorię promienistą z tronu św. Piotra w tej samej bazylice. Nawet figury św. Stanisława i św. Wojciecha przypominają ojców Kościoła trzymających tron św. Piotra w watykańskiej świątyni.
Józef Skrabski, "Ołtarz główny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2023, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-glowny-69