Średniowieczny kościół św. Anny został rozebrany w 1679 roku. W jego miejsce wybudowano nową świątynię pod kierunkiem księdza Sebastiana Piskorskiego, według projektu Tylmana z Gameren. W latach 1695-1703 powstał wystrój wnętrza świątyni. Dekorację rzeźbiarską wykonał warsztat Baltazara Fontany.
Na niewysokim stopniu prostopadłościenny ołtarz z antepedium, którego dekoracja wykonana w technice marmoryzacji (skaliola) w postaci owalnego pola z wyobrażeniem źródła życia wiecznego (dwa ptaki pijące wodę z fontanny) oraz pęków kwiatów. Nad ołtarzem nastawa z niemal pełnoplastyczną figurą Matki Boskiej Niepokalanej ujęta pilastrami i stojącymi przed nimi marmoryzowanymi kolumnami z kapitelami jońskimi podtrzymującymi szerokie belkowanie zwieńczone naczółkami. W środkowej części belkowania grupa rzeźbiarska z figurą Boga Ojca spoczywającego na obłokach trzymanych przez putta i anioły. Stojąca na obłokach i księżycu Matka Boska ukazana frontalnie, w kontrapoście, z rękami złożonymi do modlitwy. Jej twarz jest modelowana łagodnie, owalna, z długim nosem, otwartymi oczami. Nad głową wieniec z gwiazd. Ubrana jest w długą suknię i rozłożysty płaszcz o skłębionych połach, drapowanych plastycznie. Z tła wyłaniają się putta i uskrzydlone główki aniołów oraz promienie słońca. Postać Boga Ojca siedzącego na chmurach z rozwianymi szatami ukazana frontalnie. Prawą rękę wysuwa do przodu, w lewej trzyma berło. Ołtarz utrzymany w jasnej tonacji kolorystycznej, z elementami z czarnego marmuru i wielobarwnym antepedium w technice marmoryzacji.
Ołtarz w kaplicy Matki Boskiej wydaje się być najbardziej klasyczny ze wszystkich nastaw w kościele z uwagi na użycie kolumn i przerwanego przyczółka, elementów powszechnie stosowanych w tego rodzaju dziełach. Absolutną nowością jest jednak sposób operowania światłem, którego źródłem jest znajdujące się nad nastawą okno. Światło padające poprzez niewidoczny dla widza otwór za wybrzuszonym belkowaniem oświetla w niemal cudowny sposób figurę Matki Boskiej. Dodatkowo naturalne światło podkreślają wykonane w stiuku promienie. Tego rodzaju rozwiązania z użyciem niewidocznych źródeł światła były specjalnością rzymskich architektów. Najsłynniejsze tworzył Gian Lorenzo Bernini, w kaplicy Cornaro w kościele Santa Maria della Vittoria i w kaplicy Raimondich w kościele San Pietro in Montorio. Fontana tym samym rozwiązaniem posłużył się w ołtarzu w kościele Klarysek w Krakowie. Konstruując figurę Matki Boskiej rzeźbiarz z pewnością posłużył się jednym ze wzorów graficznych tego typu przedstawień popularnych w okresie dojrzałego baroku. Ukazywały one Matkę Boską z wieńcem z 12 gwiazd, stojącą na półksiężycu, który utożsamiano ze złem, grzechem, a nawet Turcją (zwłaszcza po zwycięstwie floty wojsk chrześcijańskich nad Turkami pod Lepanto w 1571 roku). Uzupełnieniem programu ideowego ołtarza są płaskorzeźbione figury św. Anny i św. Joachima, a w przejściach do innych kaplic płaskorzeźbione medaliony z przedstawieniami świętych Kingi, Salomei, Jadwigi i Kazimierza. W pendentywach znajdują się złocone wyobrażenia ewangelistów.
Ołtarz w kaplicy Matki Boskiej Niepokalanie Poczętej powstał w latach 1695-1703. Jego autorem był Baltazar Fontana i jego warsztat. W dziele tym rzeźbiarz zastosował rozwiązanie zaczerpnięte ze sztuki rzymskiej – oświetlenia figury światłem padającym z otworu niewidocznego dla widza, znajdującego się za wybrzuszonym belkowaniem.
Józef Skrabski, "Ołtarz Matki Boskiej Niepokalanie Poczętej", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-matki-boskiej-niepokalanie-poczetej-1