Średniowieczny kościół św. Anny został rozebrany w 1679 roku. W jego miejsce wybudowano nową świątynię pod kierunkiem księdza Sebastiana Piskorskiego, według projektu Tylmana z Gameren. W latach 1695-1703 powstał wystrój wnętrza świątyni. Dekorację rzeźbiarską wykonał warsztat Baltazara Fontany.
Na niskim postumencie o krawędzi przedniej zarysowanej linią falistą osadzony ołtarz w kształcie tumby, wybrzuszonej w górnej partii. Jego antepedium wypełnione marmoryzacją z owalnym, pustym polem i pękami różnokolorowych kwiatów. Po bokach ołtarza dwa ukośnie dostawione kamienne postumenty, na których dwie figury aniołów flankujących owalny obraz w złoconej ramie z przedstawieniem św. Józefa z Jezusem i grającym na kontrabasie aniołem. Malowidło obwiedzione dekoracją sztukatorską w formie obłoków z główkami lub postaciami aniołów i zwieńczone glorią promienistą z gołębicą Ducha Świętego. Anioły klęczące na postumentach ukazane są w poruszonych pozach, w obficie drapowanych szatach, tworzących grube, mięsiste poły, ze skrzydłami o gęstych piórach. Anioł po lewej stronie jest ukazany frontalnie, klęcząc na chmurze na prawym kolanie, z lewą noga wyprostowaną, z głową w trzech czwartych, zwróconą w swoją prawą stronę. Lewą ręką przytrzymuje ramę obrazu, prawą unosi w geście błogosławieństwa. Anioł po prawej stronie głowę kieruje ku obrazowi, jego ręce są uniesione na wysokości klatki piersiowej, dłoń lewą opuszcza, a prawą unosi. Nad górną częścią obrazu został ukazany anioł w pozycji niemalże leżącej, z rozłożonymi rękami, odziany w bogato drapowane szaty odsłaniające dolną część nogi. Duże skrzydła o gęstych piórach rozłożone są niesymetrycznie. Po przeciwnej stronie leży na chmurach nagie putto wśród modelowanych sumarycznie główek anielskich. Dolne partie wykonane z kamienia inkrustowanego czarnym marmurem i marmoryzacją z różnokolorowymi pękami kwiatów, w jasnych kolorach z czarnym polem antepedium z różnobarwnymi kwiatami, partie rzeźbiarskie białe, rama obrazu złocona, gloria bladoniebieska.
Niearchitektoniczny typ nastawy ołtarzowej, w której zrezygnowano z kolumn i pilastrów, należy do rzadkości w sztuce Małopolski. Rozwiązanie zastosowane przez Baltazara Fontanę należy uznać za nowatorskie. Rzeźbiarz swobodnie zinterpretował wzory podpatrzone w czasie swojego pobytu w Rzymie, w tym typ nastawy z obrazem flankowanym przez anioły zastosowany w ołtarzach w ramionach transeptu bazyliki Santa Maria del Popolo autorstwa Ercole Ferraty, Arrigio Giardé, Giovanniego Antonio Mariego i Antonia Raggiego. Fontana upodobał sobie ten rodzaj nastawy ołtarzowej, powtórzył ją w jednym ze swoich dzieł na Morawach, gdzie stale pracował, w ołtarzu św. Wolfganga w kościele w Podhradní Lhota. Unikatowym jest fakt zachowania projektu ołtarza w postaci bozzetta – małego, rzeźbiarskiego modelu przyszłego dzieła, wykonywanego w celu zaprezentowania fundatorowi. Taki model zachował się w klasztorze Klarysek w Starym Sączu, gdzie Fontana wykonał ołtarze w prezbiterium.
Ołtarz w kaplicy św. Józefa powstał w latach 1695-1703. Jego strukturę i dekorację rzeźbiarską wykonał Baltazar Fontana i jego warsztat. Nowatorski typ nastawy w formie owalnego obrazu flankowanego przez anioły był inspirowany rzymskimi dziełami z kręgu Gian Lorenzo Berniniego (ołtarze w kościele Santa Maria del Popolo).
Józef Skrabski, "Ołtarz w kaplicy św. Józefa", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2023, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-w-kaplicy-sw-jozefa