Fundatorem ołtarza był właściciel Spytkowic i kolator świątyni Łukasz Opaliński, podkomorzy poznański oraz proboszcz w Spytkowicach ksiądz Józef Stradowski. Jak odnotowano w kronice kościoła ołtarz wykonał w 1645 roku znany krakowski snycerz Georg Zimmermann i pomalował w 1646 roku Grzegorz Kostecki. W 1646 przywieziono z Rzymu obraz ze sceną Męczeństwa św. Katarzyny. Ołtarz konsekrował biskup Mikołaj Oborski 14 października 1683. Ołtarz był wzmiankowany w inwentarzach z 1668 i 1729 roku. W 1883 roku przemalowano obraz, a rok później odrestaurowano ołtarz pod kierunkiem Józefa Łopacińskiego.
Ołtarz architektoniczny, jednoosiowy, jednokondygnacyjny ze zwieńczeniem. Nastawa jest osadzona na wysokim cokole zdobionym płycinami, ujęta bramkami z prześwitami prostokątnymi zakończonymi półkoliście. Część środkowa ołtarza jest ujęta kompozytowymi kolumnami i cofniętymi do tyłu filarami podtrzymującymi wyłamujące się ponad nimi odcinki belkowania z wspólnym, silnie wysuniętym gzymsem, ponad którym znajduje się trójkątny przyczółek. Zwieńczenie prostokątne, w profilowanej ramie z uszakami, zakończone przerwanym przyczółkiem, wewnątrz którego krzyż na postumencie. Nad bramkami posadowione figury św. Jana z orłem u stóp, kielichem i wężem w dłoni oraz św. Łukasza z wołem u stóp, księgą i piórem w ręku. Pod belkowaniem wkomponowano dwa uskrzydlone putta, w przyczółku figurę ukazanego do pasa Boga Ojca w chmurach, z prawą ręką uniesioną w geście błogosławieństwa, z lewą spoczywającą na globie, a na przyczółku leżące figury uskrzydlonych aniołów. W polu głównym jest obraz „Męczeństwo św. Katarzyny”, w zwieńczeniu obraz „Koronacja Marii”.
Ołtarz główny w kościele w Spytkowicach jest z pewnością jednym z najciekawszych dzieł dojrzałego baroku na ziemiach polskich. Geneza jego formy wywodzi się z Rzymu, a jednym z pierwowzorów mógł być ołtarz autorstwa Orazio Torianiego w kościele San Agostino (1626-1628). Zbliżony typ ołtarzy o zdwojonych podporach, dwóch wysuniętych do przodu i dwóch cofniętych do tyłu, z wysokim zwieńczeniem z przyczółkiem proponował swoim zleceniodawcom królewski architekt Giovanni Battista Gisleni, którego rysunki zachowały się m.in. w zbiorach w Mediolanie, Londynie i Dreźnie. Jeden z rysunków zachowany w Dreźnie przedstawia ołtarz o niemal identycznej konstrukcji jak ten w Spytkowicach. Inny rysunek z tego samego zbioru jest projektem, jaki Gisleni wykonał na ołtarz główny w katedrze na Wawelu, który ufundował biskup Piotr Gembicki (ok. 1650). Niewykluczone, iż związany z dworem królewskim i królem Władysławem IV Łukasz Opaliński, jeden z najbogatszych i najbardziej wpływowych magnatów, zamówił projekt u cenionego architekta w stałej służbie na dworze w Warszawie. Atrybucja ta wymaga dalszych badań archiwalnych.
Bardzo dobry. W trakcie konserwacji w 1965 roku ołtarz oczyszczono, usunięto przemalowania, dokonano impregnacji, dezynfekcji, dezynsekcji, utrwalono zabytkową warstwę malowidła, uzupełniono ubytki. Wykonawcami prac konserwatorskich byli T. Pawlik oraz A. Kostecka.
Powstały około 1645 roku ołtarz główny ufundował właściciel miasta Łukasz Opaliński oraz proboszcz Józef Stradowski. Wykonał go snycerz Georg Zimmermann, jeden z najwybitniejszych snycerzy działających we Wrocławiu, na Jasnej Górze i w Krakowie. Jednakże projekt mógł zamówić Opaliński u królewskiego architekta Giovanniego Battisty Gisleniego, który podobne retabula ołtarzowe, o genezie rzymskiej, tworzył dla polskich zleceniodawców z otoczenia króla i jego dworu.
Józef Skrabski, "Ołtarz główny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-glowny