Pierwszy ołtarz Chrystusa Ukrzyżowanego powstał około połowy XVII wieku. Obecny ołtarz ufundował proboszcz w Spytkowicach Jan Skinderowicz. W 1754 roku podpisał on kontrakt ze snycerzem Michałem Dobkowskimi na wykonanie ołtarza „na lewey ręce wchodząc do kościoła Spytkowickiego strukturą na prawey ręce stojącego, dębowy w doskonalszej sztucze roboty stolarskiey y snycerskiey”. Nastawa miała zatem powielać formy powstałego rok wcześniej ołtarza, którego autorem był zapewne ten sam snycerz. Budowa drugiego ołtarza zapewne się przeciągała, skoro jego polichromię wykonał dopiero w 1766 roku malarz krakowski Józef Kopaciński.
Ołtarz boczny, ustawiony w północno-wschodnim narożu korpus, jest architektoniczny, jednokondygnacyjny, jednoosiowy ze zwieńczeniem. Sam ołtarz z prostą mensą jest prostopadłościenny. Retabulum zostało zbudowane na zdwojonym cokole, ustawionym ukośnie, z filarami opiętymi z trzech stron pilastrami kompozytowymi podtrzymującymi belkowanie o znacznie wysuniętym gzymsie. Zwieńczenie jest w kształcie stojącego prostokąta ujętego ukośnie dostawionymi spływami wolutowymi dźwigającymi odcinki belkowania z silnie wyłamanym ku przodowi gzymsem z muszlą palmetową pośrodku. Na cokołach i w partii fryzu znajdują się wstęgi ornamentu regencyjnego z listkami i rozetami, a w zwieńczeniu kampanule podwieszone pod listkami akantu. W części środkowej wnęka ujęta w profilowaną ramę, prostokątną, z uszkami u dołu, zakończoną trójliściem, w której jest umieszczony obraz Chrystusa na krzyżu (na zasuwie obraz św. Antoniego Padewskiego); nad ramą para uskrzydlonych aniołków podtrzymujących koronę cierniową. Na belkowaniu siedzą uskrzydlone aniołki, przepasane opaską na biodrach, z narzędziami Męki Pańskiej w rękach. W zwieńczeniu o formie prostokąta zamkniętego łukiem półkolistym, nadwieszonym, w profilowanej ramie, znajduje się obraz ukazujący scenę z drogi krzyżowej – klęczącego Chrystusa pod krzyżem z Marią. Ołtarz polichromowany na ciemny brąz, z filarami i pilastrami imitującymi marmoryzację, ze złoconymi ornamentami i profilami; figury aniołów z naturalną karnacją, ze złoconymi skrzydłami. Polichromia ołtarza w tonacji brązowej i zielonej ze złoceniami.
Ołtarz w Spytkowicach nie wyróżnia się na tle małej architektury Małopolski drugiej połowy XVIII wieku. Jest dziełem przeciętnej klasy powielającym rozwiązania stosowane wcześniej przez Antoniego Frączkiewicza, którego uczniem był autor spytkowickich nastaw ołtarzowych Michał Dobkowski. Zbliżony typ nastawy ołtarzowej Dobkowski zrealizował w ołtarzu św. Jana Kantego w kościele św. Marka w Krakowie (1761).
Brak oryginalnych czterech figur aniołków: dwóch w zwieńczeniu z narzędziami Męki Pańskiej i dwóch podtrzymujących koronę otwartą nad obramieniem oraz snycerskiej dekoracji dwóch płycin u podstawy pilastrów. Figury aniołów i ornamenty zostały skradzione w 2002 roku, obecne zostały dodane przez konserwatorów w ostatnich latach podczas konserwacji ołtarza.
Ołtarz Chrystusa Ukrzyżowanego ufundował proboszcz w Spytkowicach ksiądz Jan Skinderowicz a wykonał krakowski snycerz Michał Dobkowski w 1754 roku. Pomalował go w 1766 roku malarz krakowski Józef Kopaciński. Nastawa należy do dzieł typowych dla snycerzy działających w Krakowie w pierwszej połowie XVIII wieku, którzy chętnie powielali dzieła Antoniego Frączkiewicza. Jego uczniem był Michał Dobkowski.
Józef Skrabski, "Ołtarz boczny ", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-boczny-2