Fundatorem ołtarza Matki Boskiej był Franciszek Tomaszewski, miecznik liwski. Kontrakt na wyzłocenie ołtarza podpisał ksiądz Jan Skinderowicz, proboszcz w Spytkowicach z malarzem krakowskim Józefem Kopacińskim 12 maja 1753. Ołtarz konsekrowano w 1754 roku. Z uwagi na fakt, iż struktura ołtarza jest identyczna z powstałym rok później, sąsiednim ołtarzem Krzyża Świętego, którego autorstwo jest potwierdzone źródłowo, ołtarz należy przypisać krakowskiemu snycerzowi Michałowi Dobkowskiemu. W 1887 roku ołtarz odrestaurowano.
Ołtarz boczny, ustawiony w południowo-wschodnim narożu korpus, jest architektoniczny, jednokondygnacyjny, jednoosiowy ze zwieńczeniem. Sam ołtarz z prostą mensą jest prostopadłościenny. Retabulum zostało zbudowane na zdwojonym cokole, ustawionym ukośnie, z filarami opiętymi z trzech stron pilastrami kompozytowymi podtrzymującymi belkowanie o znacznie wysuniętym gzymsie. Zwieńczenie jest w kształcie stojącego prostokąta ujętego ukośnie dostawionymi spływami wolutowymi dźwigającymi odcinki belkowania z silnie wyłamanym ku przodowi gzymsem z muszlą palmetową pośrodku. Na cokołach i w partii fryzu znajdują się wstęgi ornamentu regencyjnego z listkami i rozetami, a w zwieńczeniu kampanule podwieszone pod listkami akantu. W części środkowej wnęka ujęta w profilowaną ramę, prostokątną, z uszkami u dołu, zakończoną trójliściem, w której jest umieszczony obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem (na zasuwie obraz z przedstawieniem św. Józefa); nad ramą para uskrzydlonych aniołków podtrzymujących koronę otwartą z wydatnymi fleuronami. Na belkowaniu siedzą uskrzydlone aniołki, przepasane opaską na biodrach, z narzędziami Męki Pańskiej w rękach. W zwieńczeniu o formie prostokąta zamkniętego łukiem półkolistym, nadwieszonym, w profilowanej ramie, znajduje się obraz ukazujący św. Marię Magdalenę. Ołtarz polichromowany na ciemny brąz, z filarami i pilastrami imitującymi marmoryzację, ze złoconymi ornamentami i profilami; figury aniołów z naturalną karnacją, ze złoconymi skrzydłami. Polichromia ołtarza w tonacji brązowej i zielonej ze złoceniami.
Ołtarz w Spytkowicach nie wyróżnia się na tle małej architektury Małopolski drugiej połowy XVIII wieku niczym szczególnym. Jest dziełem przeciętnej klasy powielającym rozwiązania stosowane wcześniej przez Antoniego Frączkiewicza, którego uczniem był autor spytkowickich nastaw ołtarzowych Michał Dobkowski. Zbliżony typ nastawy Dobkowski zastosował w ołtarzu św. Jana Kantego w kościele św. Marka w Krakowie (1761).
Stan zachowania dobry. Pierwszą restaurację ołtarza przeprowadzono w 1887 roku. Brak czterech rzeźb aniołów: dwóch podtrzymujących koronę i dwóch na belkowaniu oraz ornamentu w formie akantu z płyciny postumentu – skradzione w 2002 roku. Obecnie figury i ornamenty zostały zrekonstruowane przez konserwatorów w ostatnich latach.
Ołtarz Matki Boskiej ufundował Franciszek Tomaszewski, miecznik liwski a wykonał krakowski snycerz Michał Dobkowski w 1753 roku. Nastawa należy do dzieł typowych dla snycerzy działających w Krakowie w pierwszej połowie XVIII wieku, którzy chętnie powielali dzieła Antoniego Frączkiewicza. Jego uczniem był Michał Dobkowski.
Józef Skrabski, "Ołtarz boczny ", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-boczny-1