Skawinę lokował w 1364 roku król Kazimierz Wielki. Pierwszy kościół parafialny wybudowano tu w drugiej połowie XIV wieku – nadano mu wezwania Ducha Świętego, Marii oraz świętych apostołów Szymona i Judy Tadeusza. Między 1470 a 1480 rokiem Jan Długosz opisywał go w „Liber beneficiorum dioecesis Cracoviensis” jako murowany z kamienia. W połowie XVII wieku był to budynek jednonawowy z prezbiterium od wschodu i wieżą od zachodu. W 1655 roku Jan Lipnicus Kuderski ufundował kaplicę boczną pw. Miłosierdzia Bożego dobudowaną do nawy od strony północnej. W 1662 roku kościół był wyposażony w siedem ołtarzy. Odbudowano go dwukrotnie: pierwszy raz w 1720 roku po pożarze z 1704 roku i konsekrowano w 1728 roku, drugi raz w 1826 roku po pożarze z 1815 roku z funduszy księżnej Ludwiki Szeptyckiej. Wtedy też pozostawiono mu skrócone wezwanie apostołów Szymona i Judy Tadeusza. Około 1902 roku wieku podwyższono wieżę kościoła według projektu Władysława Ekielskiego, a w latach 1937-1938 dobudowano pod kierunkiem budowniczego Macieja Kurlita nawy boczne i otworzono je arkadami do nawy głównej. W 1923 roku odnowiono ołtarze i wybito cztery dodatkowe okna. W XX wieku dobudowano portyk oraz kaplice przy wieży. W latach 1968-1969 Maciej Makarewicz wykonał polichromię wnętrz kościoła, a w latach 1978-1980 świątynię wyremontowano m.in. wymieniając konstrukcję i pokrycie dachu oraz schody na wieżę. W 1988 roku wnętrze pokryto polichromią projektu J(?) Giebułtowskiego. W 2012 roku prace konserwatorskie objęły ołtarz główny i dwa boczne oraz wykonanie nowej polichromii w nawie i prezbiterium.
Kościół orientowany, murowany, trójnawowy, z prezbiterium zamkniętym trójbocznie, zakrystią od północy i kruchtą od południa. Do naw przylegają kaplice: większa od północy i mniejsza od południa. Dwie kolejne kaplice przylegają do boków wieży. Ściany wnętrza gładkie, pokryte polichromią imitującą podziały i obramienia, dekorację ornamentalną i sceny iluzjonistyczne na stropach, utrzymane w chłodnej biało-niebiesko-różowej tonacji z dodatkiem żółtego. Na stropie prezbiterium scena Zwiastowania, na stropie nawy Zesłania Ducha Świętego. Od zachodu chór muzyczny wsparty na dwóch filarach z balustradą pokrytą polichromią. Prezbiterium i nawa główna nakryte stropami, nad prezbiterium o przekroju spłaszczonej kolebki, nad nawą płaski, z szerokimi fasetami, zakrystia sklepiona kolebkowo, kruchta i kaplice wschodnie krzyżowo. Nawę, prezbiterium i część kaplic doświetlają okna w kształcie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem pełnym, pozostałe zamknięte łukiem odcinkowym lub kwadratowe. Główne wejście i dwa boczne od zachodu, kolejne do przedsionka od północy i do kruchty od południa. Fasada z wieżą na osi, poprzedzona portykiem wspartym na filarach, z trójkątnym szczytem zwieńczonym krzyżem łacińskim. Fasada jednokondygnacyjna, przechodząca w masyw wieży. Kondygnację przepruwają trzy okna i jest zamknięta gzymsem wyniesionym na środku w łuk. Wieńczący ją trójkątny szczyt wtapia się w kondygnację wieży o gładkich elewacjach przeprutych jedynie niewielkimi oknami i tarczami zegarów. Ostatnia kondygnacja jest ujęta gzymsami i dekorowana fryzem arkadowym, którego arkady wykonano z nietynkowanej cegły. Zwieńczenie rozbudowane składa się z iglicy i ustawionych wokół niej, w narożach małych, dwukondygnacyjnych wieżyczek zamkniętych dachami stożkowymi. Wieżyczki połączono podwójnymi arkadami, których łuki wykonano z nietynkowanej cegły, tak samo jak górne kondygnacje wieżyczek. Elewacje kościoła gładkie, na niskim, kamiennym cokole, od wschodu opięte szkarpami. Prezbiterium i nawę przekrywają osobne dachy dwuspadowe, na kalenicy nawy wieżyczka na sygnaturkę, cztery kaplice i portyk nakrywają dachy trójpołaciowe, zakrystię i nawy boczne pulpitowe.
Jedyne zachowane elementy wyposażenia sprzed pożaru w 1815 roku to fragment osiemnastowiecznej polichromii przedstawiającej dwóch aniołów z narzędziami męki i przedmioty nawiązujące do tego wydarzenia oraz gotycki portal do zakrystii wraz z żelaznymi, kutymi drzwiami.
Do połowy XVII wieku kościół był budynkiem jednonawowym, z prezbiterium od wschodu i wieżą od zachodu, opartym na najprostszym, średniowiecznym jeszcze planie. Po odbudowie po pożarze wciąż była to skromna budowla trzymająca się obrysu fundamentów średniowiecznych. Jednak w XIX i XX wieku świątynia została znacznie rozbudowana i stała się przykładem budownictwa eklektycznego – czerpiącego inspiracje formalne w różnych epok. Podwyższono wieżę, wieńcząc ją małymi wieżyczkami, dostawiono portyk, dobudowano kaplice przylegające od zachodu i nawy boczne, w efekcie czego bryła stała się bardziej rozłożysta.
Kościół dwukrotnie odbudowywano: pierwszy raz w 1720 roku po pożarze z 1704 roku i konsekrowano w 1728 roku, drugi raz w 1826 roku po pożarze z 1815 roku z funduszy księżnej Ludwiki Szeptyckiej. W 1923 roku odnowiono ołtarze i wybito cztery dodatkowe okna. W latach 1978-1980 świątynię wyremontowano m.in. wymieniając konstrukcję i pokrycie dachu oraz schody na wieżę. W 2012 roku prace konserwatorskie objęły ołtarz główny i dwa boczne oraz wykonanie nowej polichromii w nawie i prezbiterium.
Kościół dwukrotnie odbudowywano: pierwszy raz w 1720 roku po pożarze z 1704 roku i konsekrowano w 1728 roku, drugi raz w 1826 roku po pożarze z 1815 roku. Około 1902 roku podwyższono wieżę, nowy boczne dobudowano w latach 1937-1938, a po 1938 roku dostawiono portyk i kaplice przy wieży. Obecnie jest to budowla o cechach eklektycznych. Większość wyposażenia pochodzi z 1826 roku. Jedyne zachowane elementy sprzed pożaru to fragment osiemnastowiecznej polichromii oraz gotycki portal do zakrystii wraz z drzwiami.
Agata Felczyńska, "Kościół Świętych Apostołów Szymona i Judy Tadeusza", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/kosciol-swietych-apostolow-szymona-i-judy-tadeusza