Ołtarz został wykonany w trzeciej ćwierci XVIII wieku prawdopodobnie przez warsztat Korneckich. W czwartej ćwierci XVIII wieku zamontowano po obu stronach nastawy dwie figury św. Wacława oraz św. Floriana.
Nastawa jednoosiowa, jednokondygnacyjna ze zwieńczeniem, na wysokim dwustrefowym cokole z wyodrębnionymi czterema prostopadłościanami. Ołtarz kamienny, prostopadłościenny, z kamienną mensą. Antepedium ujęte srebrzoną opaską z napisem „kości ich niech wypuszczą pędu ze swego miejsca, aby byli wsławieni przez swoich synów”, pole podzielone na cztery części ornamentem roślinnym, każda wypełniona złoconą wicią kwiatową i czterema okrągłymi prześwitami. Na ołtarzu ustawione tabernakulum w formie Arki Przymierza. Nastawa ujęta dwiema parami pilastrów i dwiema parami kolumn o kręconych trzonach ustawionych pod kątem na zewnątrz, dźwigającymi pełne belkowanie z kostkowaniem, wyłamane na ich osi, przerwane nad polem środkowym oraz fragmenty przerwanego, półkolistego przyczółka. W polu środkowym wnęka w formie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem półkolistym, w niej mniejszy obraz w kształcie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem półkolistym nadwieszonym z przedstawieniem Wizji św. Franciszka, ujęty ramą dekorowaną rocaille'em. Zwieńczenie w formie grupy rzeźbiarskiej Przemienienia Pańskiego na tle obłoków i w glorii promienistej.
W partii belkowania nad polem głównym, na rzeźbionej skale podtrzymywanej przez rocaille klęczące postacie św. Piotra, św. Jana i św. Jakuba w dynamicznych pozach. Nad nimi unosi się Chrystus w otoku z obłoków i glorii, flankowany przez figury Mojżesza i Eliasza klęczące na przerwanym przyczółku, za nimi nadlatujące putta na obłokach. Po lewej stronie Piotr klęczący frontalnie z uniesionymi rękami. Obok niego klęczący św. Jan zwrócony profilem w lewo, z rękami wyciągniętymi w przód, o młodzieńczych rysach i długich, kręconych włosach. Święty Jakub po prawej stronie, w pozycji siedzącej, zwrócony w trzech czwartych w prawo z rękami wyciągniętymi w lewo. Wszyscy ubrani w przylegające do ciała tuniki oraz płaszcze przepasane w partii nóg. Nad nimi Chrystus w pozycji stojącej, frontalnie, w kontrapoście, z uniesioną głową i rękami rozłożonymi na boki, ubrany jest w tunikę oraz płaszcz przewiązany przez lewe ramię i wokół nóg. Na lewym fragmencie przyczółka klęczy Eliasz, zwrócony w trzech czwartych w lewo, pochylony, prawą ręką przytrzymuje na boku księgę, lewą wyciąga w przód. Ubrany jest w tunikę oraz rozwiany płaszcz. Na prawym fragmencie przyczółka klęczy Mojżesz, zwrócony w trzech czwartych w prawo, z pochylona głową, obiema rękami trzyma tablice przykazań. Ubrany jest w tunikę o krótkich rękawach oraz płaszcz zawinięty na lewym ramieniu i opadający na nogi. Obaj prorocy ukazani jako starcy. Nastawa flankowana dwoma wspornikami z figurami św. Wacława i św. Floriana. Struktura polichromowana w kolorze beżowym z żółtymi detalami oraz złoconymi profilami, ornamentyką i zwieńczeniem. Figury w partii ciała polichromowane naturalistycznie z brązowymi włosami i brodami oraz złoconymi szatami i atrybutami.
Architektura ołtarza głównego w Niepołomicach oraz jego dekoracja rzeźbiarska odpowiadają repertuarowi formalnemu stosowanemu przez warsztat Korneckich. Struktura pierwszej kondygnacji powtarza architekturę ołtarzy głównych kościołów w Zakliczynie oraz w Tokarni (dawniej w Mogile), przypisywanych Korneckim. Charakterystyczny dla tych nastaw jest układ kolumn pierwszej kondygnacji z wewnętrzną parą ustawioną frontalnie i zewnętrzna zwróconą pod kątem. W przeciwieństwie do innych struktur wykonywanych w warsztacie niepołomicka ma kolumny o kręconych trzonach. Natomiast wykorzystanie glorii promienistej w partii zwieńczenia pojawiło się już w pierwszej realizacji warsztatu, mianowicie w ołtarzu głównym w kościele gdowskim (później przebudowany). Rozwiązanie to, razem z kręconymi trzonami kolumn, zapewne inspirowane było ołtarzem głównym w krakowskim kościele św. Anny, wykonanym przez Baltazara Fontanę w latach 1695-1701, jakkolwiek rozbudowa scena rzeźbiarska w partii zwieńczenia stanowi zupełnie wyjątkowe dzieło nieznajdujące analogii na terenie Małopolski. Większość figur tworzących scenę Przemienienia Pańskiego przedstawia typ twarzy dojrzałego mężczyzny z krótką brodą lub starca z długą brodą, wielokrotnie stosowany w dziełach rzeźbiarskich warsztatu. Natomiast figura św. Jana odpowiada typowym dla Korneckich figurom młodzieńców bez brody. Podobnie sposób kształtowania tkaniny z tuniką przylegającą do ciała oraz obficie fałdowanym płaszczem. Scenę charakteryzuje duża ekspresja wyrażona w mimice twarzy oraz dynamika układów ciał wszystkich postaci. Zostały one interesująco wkomponowane w architekturę pierwszej kondygnacji, zachowując układ charakterystyczny dla przedstawień Przemienienia, z trzema apostołami w dolnej części kompozycji oraz unoszącym się nad nimi Chrystusem. Jedynie dwaj prorocy flankujący Zbawiciela, którzy zazwyczaj razem z nim unosili się w powietrzu, z uwagi na lokalizację fragmentów przyczółka zostali umieszczeni na nim. Wszystkie te cechy wskazują na to, że ołtarz razem z dekoracją rzeźbiarską został wykonany przez warsztat Korneckich. Przez wzgląd na brak źródeł dotyczących ołtarza, można datować czas jego powstania ogólnie na trzecią ćwierć XVIII wieku.
Piotr Kornecki razem ze swoim przyrodnim bratem Stanisławem, założyli w Gdowie warsztat stolarsko-rzeźbiarski i malarski. Z czasem pracowali w nim również synowie tego pierwszego oraz krewniacy mieszkający w tej wsi. Rodzinny warsztat Koreckich był szczególnie prężny w trzeciej ćwierci XVIII wieku, wykonując prace w wielu kościołach na terenie południowej Małopolski.
Zabrudzenia i delikatne przetarcia złoceń.
Ołtarz został wykonany w trzeciej ćwierci XVIII wieku prawdopodobnie przez warsztat Korneckich. W czwartej ćwierci XVIII wieku zamontowano po obu stronach nastawy dwie figury św. Wacława oraz św. Floriana. Architektura ołtarza głównego w Niepołomicach oraz jego dekoracja rzeźbiarska odpowiadają repertuarowi formalnemu stosowanemu przez warsztat Korneckich. Wykorzystanie glorii promienistej w partii zwieńczenia razem z kręconymi trzonami kolumn zapewne inspirowane było ołtarzem głównym w krakowskim kościele św. Anny, wykonanym przez Baltazara Fontanę w latach 1695-1701, jakkolwiek rozbudowa scena rzeźbiarska w partii zwieńczenia stanowi zupełnie wyjątkowe dzieło nieznajdujące porównania na terenie Małopolski.
Paulina Kluz , "Ołtarz główny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-glowny-54