Obraz znajduje się w ołtarzu, który został ufundowany przez rodzinę Cholewów z Wieliczki po 1718 roku. Konsekrował go biskup Jan Tarło 28 sierpnia 1721. Z uwagi na zmiany w samej konstrukcji ołtarza został on ponownie konsekrowany 24 września 1893 przez kardynała Albina Dunajewskiego. Od 1807 roku znajdował się w nim obraz „Stygmatyzacja św. Franiciszka” autorstwa Michała Stachowicza, a obecnie omawiane dzieło o tej samej treści odkryte podczas konserwacji obrazu Stachowicza. Ostatnie prace konserwatorskie przy obrazie wykonano w latach 1996-1997.
Obraz w kształcie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem wklęsło-wypukłym z uskokami o dolnej krawędzi półkoliście wyciętej, przedstawiający stygmatyzację św. Franciszka. W centrum kompozycji znajduje się św. Franciszek w pozycji klęczącej, zwrócony w trzech czwartych w prawo, z rękami rozłożonymi szeroko na boki, z głową delikatnie uniesioną ku górze. Ma szeroką twarz, z krótkim zarostem, z dużymi oczami ze wzrokiem skierowanym na Chrystusa. Ubrany jest w habit franciszkański. W górnej części obrazu, po lewej stronie znajduje się Chrystus jako serafin, z którego ran wychodzą czerwone promienie o falistym przebiegu tworzące stygmaty u świętego Franciszka. Przed świętym, na wysokiej skale ułożone są: otwarta księga z napisem „Regula et / vita / Fratrum / Minorum / haec / est / observare / sanctum / Evangelium / D(omi)ni Nostri / Jesv Christi” oraz krzyż. Przed skałą siedzi baranek. Po prawej stronie obrazu widać zakonnika siedzącego na obłokach, który przypatruje się scenie stygmatyzacji, ukazanego z prawą ręką wyciągniętą do przodu, a w lewej trzymający zamkniętą księgą. W górnej części obrazu ukazano pochmurne niebo. W prawym dolnym rogu kompozycji znajduje się słabo czytelna data „ A[NNO] D[OMINI] 1730”. Rama drewniana, profilowana i złocona.
Scena przedstawiająca stygmatyzację św. Franciszka została ukazana w tradycyjnym ujęciu ikonograficznym, w którym św. Franciszek klęczy, a powyżej, po przeciwległej stronie obrazu znajduje się Chrystus jako serafin. Dzieła o podobnym układzie kompozycyjnym możemy odnaleźć w większości kościołów Małopolski. Po raz pierwszy ten typ ikonograficzny zastosował Angiolo di Bondone, zw. Giottem na fresku w kaplicy Scrovegnich w Padwie (ok. 1275-1299). Przedstawienie bezpośrednio nawiązuje do wydarzenia na górze Alwernii z 1224 roku, gdzie św. Franciszek otrzymał stygmaty. Obraz powstał w warsztacie małopolskim w 1730 roku, o czym świadczy sygnatura artysty znajdująca się w prawym dolnym narożu obrazu.
Dostateczny, spękania warstwy malarskiej w miejscu łączenia desek, drobne zabrudzenia powierzchni.
Obraz „Stygmatyzacja św. Franciszka” został namalowany w 1730 roku. Dzieło przedstawia wydarzenie z 1224 roku, które miało miejsce na górze Alwernii, gdzie św. Franciszek otrzymał stygmaty. Kompozycyjnie obraz nawiązuje do fresku Angiola di Bondone, zw. Giottem w kaplicy Scrovegnich w Padwie (ok. 1275-1299). Obraz został umieszczony w ołtarzu bocznym ufundowanym przez rodzinę Cholewów z Wieliczki po 1718 roku. Przez pewien czas był przesłonięty przez inny obraz o tej samej tematyce autorstwa krakowskiego malarza Michała Stachowicza z 1807 roku. Jednak, gdy podczas konserwacji dzieła Stachowicza odkryto obraz o tej samej treści pochodzący z 1730 roku — obraz z 1807 roku zawieszono na ścianie bocznej kaplicy Chrystusa Ukrzyżowanego, a osiemnastowieczne przedstawienie zostało w polu głównym ołtarza.
Maria Działo, "Stygmatyzacja św. Franciszka z Asyżu", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/stygmatyzacja-sw-franciszka-z-asyzu