Średniowieczny kościół św. Anny został rozebrany w 1679 roku. W jego miejsce wybudowano nową świątynię pod kierunkiem księdza Sebastiana Piskorskiego, według projektu Tylmana z Gameren. W latach 1695-1703 wykonano wystrój wnętrza świątyni. Partie rzeźbiarskie i część malarskich były dziełem warsztatu pod kierunkiem Baltazara Fontany. Prace przy ołtarzu Świętego Krzyża rozpoczęto w 1698 roku, gdy Fontana otrzymał zadatek na jego wykonanie, a ukończono w 1703 roku.
Ołtarz ustawiony na trójstopniowym podeście, prostopadłościenny, z antepedium z dekoracją w technice skaliola z pól geometrycznych dzielonych listwami i wypełniony drobnymi, wielobarwnymi kwiatkami. Za ołtarzem monumentalna nastawa utworzona z pilastrów i ukośnie ustawionych filarów stojących na wysokich postumentach. Ich trzony są kanelowane, a kapitele utworzone z jońskich wolut i przewiązanych taśmą lilijek. Nad kapitelami wznosi się belkowanie, nad zewnętrznymi pilastrami zwieńczone falistymi naczółkami, nad wewnętrznymi grupami uskrzydlonych puttów. Pośrodku znajduje się prostokątna wnęka zakończona łukiem półkolistym, nadwieszonym, w profilowanej ramie. W niej stiukowy relief przedstawiający Chwałę Krzyża Świętego adorowanego przez Matkę Boską z martwym Chrystusem spoczywającym na jej kolanach oraz przez św. Jana Ewangelistę odwróconego do widza plecami. Maria ukazana frontalnie, ubrana w rozłożystą suknię i płaszcz zarzucony na głowę, z prawą ręką dotykająca głowy Jezusa, z lewą wyciągniętą do przodu. Jan przedstawiony w wykroku, z rękami wysuniętymi przed siebie, ubrany w suknię i płaszcz odkrywający lewy bark. Za Chrystusem ukazany anioł trzymający jego rękę. Nad nimi grupa aniołów unoszących krzyż. Ponad wnęką widnieje promienista, złocona gloria, z postacią Boga Ojca zasiadającego w chmurach, z gołębicą Ducha Świętego, puttami i główkami aniołów. Po bokach stoją figury św. Weroniki i św. Longina. Święta jest ubrana w długą, ekspresyjnie marszczoną suknię, w rękach trzyma rozłożoną chustę z twarzą Chrystusa. Longin jest przestawiony w zbroi rzymskiego legionisty, z długim, efektownie formowanym płaszczem, z lanca w prawej dłoni.
Ołtarz Krzyża Świętego należy do dzieł o wyjątkowej klasie artystycznej i do nielicznych na ziemiach polskich w całości zrealizowanych w technice rzeźbiarskiej. Monumentalna architektura wypełniająca całą szerokość transeptu wykorzystuje schemat ołtarza głównego z ukośnie dostawionymi filarami i z wielką glorią promienistą w zwieńczeniu. Pozostałe elementy są jednak zupełnie inaczej rozwiązane. W płaskorzeźbionej scenie przedstawiającej Chwałę Krzyża Świętego z Matką Boską i zmarłym Chrystusem leżącym na jej kolanach rzeźbiarz wykorzystał scenę z obrazu rzymskiego malarza Annibale Carracciego, choć źródłem inspiracji dla całej kompozycji z krzyżem unoszonym przez anioły było dzieło Domenica Guidiego – ołtarz w kaplicy Palazzo del Monte di Pietà w Rzymie (1658-1664). Fontana dobrze poznał dzieła Guidiego, ale również innych bliskich współpracowników Berniniego i prace jego samego, choćby na moście Anioła w Rzymie. Jeden z nich, anioł z chustą św. Weroniki, posłużył do skomponowania figury św. Weroniki w krakowskim dziele. Także ekspresyjny sposób drapowania szat, jakby unoszonych na wietrze, będących samodzielnym tematem wypowiedzi artystycznej przywodzi na myśl dzieła jednego z najwybitniejszych rzeźbiarzy doby baroku – Gian Lorenza Berniniego.
Powstały w latach 1698–1703 ołtarz Krzyża Świętego jest dziełem warsztatu kierowanego przez Baltazara Fontanę. Stanowi przykład recepcji rzymskich dzieł Gian Lorenza Berniniego w zakresie ekspresyjnego traktowania draperii oraz naśladowania rzymskich dzieł. W scenie Chwały Krzyża z Matką Boską i leżącym na jej kolanach martwym Chrystusem oraz unoszonym przez anioły krzyżem artysta zainspirował się dziełem Domenica Guidiego, ołtarzem w kaplicy Palazzo del Monte di Pietà w Rzymie. Sama Pietà przywodzi na myśl obraz innego rzymskiego artysty, malarza Annibale Carracciego. Ołtarz jest jednym z najwybitniejszych dzieł Fontany i jednym z najciekawszych przykładów recepcji rzeźby rzymskiej w Polsce.
Józef Skrabski, "Ołtarz Krzyża Świętego", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-krzyza-swietego