W aktach wizytacyjnych z 1748 roku zapisano, że portatyl ołtarza głównego został poświęcony w 1680 roku przez biskupa Mikołaja Oborskiego. Do 1980 roku w zwieńczeniu znajdował się obraz z przedstawieniem chusty św. Weroniki z 1901 roku.
Ołtarz przyścienny, architektoniczny, jednoosiowy, dwukondygnacyjny ze zwieńczeniem. Mensa prostopadłościenna z kamiennym blatem z portatylem, boki mensy z polerowanych płyt kamiennych. Dekoracja antepedium współczesna z aplikowanych metalowych motywów kielicha z hostią i kłosów. Retabulum ujęte parą kolumn korynckich ustawionych na schodkowych cokołach podzielonych gzymsem na dwie strefy. Podpory wspierają belkowanie przerwane w partii architrawu i fryzu nad polem środkowym. Belkowanie zamknięte wydatnym, profilowanym, wyłamanym gzymsem. Powyżej, na osiach zewnętrznych kolumn ustawione odcinki falistego przyczółka o wolutowo skręconych końcach. W polu środkowym wnęka w kształcie stojącego prostokąta zamknięta łukiem półkolistym, na kluczu łuku rzeźba gołębicy Ducha Świętego. Wewnątrz prostokątny otwór na obraz – wymiennie przedstawienie św. Marii Magdaleny pod krzyżem, „Noli me tangere” oraz wizerunek Marki Boskiej Myślenickiej. Zwieńczenie ujęte parą pilastrów, zamknięte trójbocznie z ośmiobocznym polem środkowym. Wnęka pola środkowego retabulum i zwieńczenia ujęta szeroką, ażurową ramą formowaną z wolutowo skręconych liści akantu. W zwieńczeniu obraz przedstawiający Boga Ojca. Ściany cokołów dekorowane płycinami wypełnionymi skręconymi liśćmi akantu. Poniżej gzymsu zamykającego retabulum ażurowy ornament akantowy. U góry boki nastawy ujęte ażurowymi uszakami formowanymi ze skręconych liści akantu, poniżej tworzących parę konsolek. Zwieńczenie ujęte uszakami formowanymi z ornamentu małżowinowo-chrząstowego. Na gzymsie zwieńczenia rzeźbione wazony i czworoliść z monogramem IHS na tle glorii promienistej. Na konsolkach po bokach retabulum ustawione figury św. Wojciecha i świętego z księgą po lewej oraz św. Stanisława i świętego z pastorałem po prawej stronie. Na odcinkach przyczółka figury uskrzydlonych aniołów. Całość struktury retabulum malowana w kolorze jasnozielonym. Detal architektoniczny, profilowania i ornamentyka złocone.
Według opracowań z zakresu historii i historii sztuki oraz informacji przechowywanych w aktach Wojewódzkiego Urzędu Konserwatorskiego w Krakowie ołtarz powstał w 1748 roku. Jednak w dokumentach wystawionych po wizytacji, która miała miejsce w tym dokładnie roku zapisano, że portatyl ołtarza głównego został poświęcony w 1680 roku przez biskupa Mikołaja Oborskiego. Do takiego datowania ołtarza skłania również jego forma oraz zastosowana ornamentyka. Struktura ołtarza o dwóch kondygnacjach, zakomponowanego płasko jest typowa dla XVII wieku, wysunięta przed lico nastawy para kolumn pojawiła się w sztuce w latach siedemdziesiątych tamtego stulecia. Uzupełniono ją ornamentami, które pozwalają na potwierdzenie datowania. Suchy akant, z którego skomponowano uszaki dolnej kondygnacji pojawia się w użyciu, a tworzący ten sam element drugiej kondygnacji ornament małżowinowo-chrząstkowy wychodził z kolei z użycia w końcu XVII wieku. Oba ornamenty stosowane były równolegle przez bardzo krótki okres czasu. Ołtarz cechuje przemyślana kompozycja, zgodność z obowiązującą wówczas modą stylową oraz dobra jakość artystyczna.
Zabrudzenia powierzchni, drobne ubytki polichromii.
Ołtarz główny kościoła w Trzebuni, mimo powszechnego przekonania, nie powstał w połowie XVIII stulecia, lecz raczej w ostatnim ćwierćwieczu XVII wieku. Świadczy o tym jego forma oraz zastosowana ornamentyka. Ołtarz cechuje przemyślana kompozycja, zgodność z obowiązującą wówczas modą stylową oraz dobra jakość artystyczna.
Agata Felczyńska, "Ołtarz główny św. Marii Magdaleny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2023, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-glowny-sw-marii-magdaleny