Ołtarz główny przeniesiono wraz z architekturą kościoła z Przytkowic w 1958 roku. W polu głównym umieszczono obraz Świętej Rodziny namalowany przez lokalnych malarzy z pobliskiej Kalwarii Zebrzydowskiej. Rzeźby nad bramkami zostały ustawione w drugiej połowi XX wieku. Na zasuwie znajduje się kopia lub silnie przemalowany obraz „Mistyczne Zaślubiny św. Katarzyny Aleksandryjskiej” z 1737 roku.
Nastawa ołtarzowa architektoniczna, jednoosiowa z bramkami, jednokondygnacyjna. Ołtarz drewniany, prostopadłościenny. Mensa drewniana z silnie wysuniętym, profilowanym brzegiem. Antependium ujęte grubą ramą, w polu obraz w formie wydłużonego, leżącego prostokąta z przedstawieniem Chrztu Chrystusa.
Tabernakulum w formie dużej, prostopadłościennej skrzynki ujętej w przednich narożach pilastrami dźwigającymi profilowany, trójbocznie wyłamany gzyms, dekorowany u spodu kostkowaniem i uskrzydloną główką anielską u szczytu. Drzwiczki w formie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem półkolistym, ujęte opaską i rzeźbioną ramą; w polu medalion w glorii promienistej z płaskorzeźbioną postacią Dzieciątka na obłoku. Drzwiczki ujęte podwieszonymi na wstędze festonami utworzonymi z winnego grona, kłosów zbóż i kampanuli. Tabernakulum flankowane uszami z karbowanych wolut i liści palmowych; zwieńczone cokołem, na którym stoi równoramienny krzyż o trójlistnym zakończeniu ramion, na ich skrzyżowaniu medalion z Okiem Opatrzności w glorii. Na gzymsie, na osi pilastrów dwie klęczące figury adorujących aniołów. Przed tabernakulum druga para klęczących aniołów trzymających kwieciste girlandy.
Retabulum na wysokim cokole zryzalitowanym przy brzegach; ujęte parą zwielokrotnionych pilastrów o kanelowanych trzonach i stojącą przed nimi parą kolumn o kapitelach kompozytowych. Podpory dźwigają pełne belkowanie, wyłamane na ich osi, przerwane glorią nad polem środkowym oraz przerwany falisty przyczółek. W polu środkowym płytka nisza w formie stojącego prostokąta o wklęsłych górnych narożach, ujęta profilowaną ramą z obrazem Święta Rodzina. Na zasuwie obrazy: Mistyczne Zaślubiny Św. Katarzyny oraz Najświętsza Maria Panna Niepokalanie Poczęta. W polu belkowania gloria promienista, w której centrum rzeźbione przedstawienie Baranka Apokaliptycznego na księdze, w otoczeniu obłoków, nad nim Gołębica Ducha Świętego; u spodu flankowana dwoma rzeźbami puttów. Bramki z przejściami w formie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem półkolistym nadwieszonym, ujęte profilowanymi ramami. Ponad szczyty o fantazyjnym wykroju, tworzące postumenty dla figur św. Augustyna po lewej stronie i św. Hieronima po prawej. Cokół i ryzality dekorowane płycinami, od frontu z ornamentem roślinnym. Rama dekorowana trzema muszlami; w przyłuczach uskrzydlone główki anielskie. W partii fryzu, na osi kolumn rozety. Kondygnacja ujęta uszami utworzonymi z suchego akantu. Struktura polichromowana w kolorze beżowym, detal na czerwono, kolumny, gloria, ornamentyka i profile złocone.
W dotychczasowych badaniach nad wyposażeniem kościoła w Skawinkach, wobec braku dokumentów archiwalnych ustalających wykonawców, nie podjęto próby wskazania choćby kręgu potencjalnych autorów nastawy ołtarzowej. Ołtarz wykonano na początku XVIII wieku. Ołtarz reprezentuje typ aediculowy, czyli jednokondygnacyjnej, jednoosiowej struktury ujętej parą podpór dźwigających przerwane belkowanie ze zwieńczeniem. Struktura opiera się na wzorach wykształconych w sztuce nowożytnej. Nastawa jest posadowiona na wysokim cokole z polem głównym flankowanym podporami. Rzeźby ustawione nad bramkami zostały wykonane w drugiej połowie XX wieku.
W dotychczasowych badaniach nad wyposażeniem kościoła w Skawinkach, wobec braku dokumentów archiwalnych ustalających wykonawców, nie podjęto próby wskazania choćby kręgu potencjalnych autorów nastawy ołtarzowej. Ołtarz wykonano na początku XVIII wieku. Ołtarz reprezentuje typ aediculowy, czyli jednokondygnacyjnej, jednoosiowej struktury ujętej parą podpór dźwigających przerwane belkowanie ze zwieńczeniem. Struktura opiera się na wzorach wykształconych w sztuce nowożytnej. Nastawa jest posadowiona na wysokim cokole z polem głównym flankowanym podporami. Rzeźby ustawione nad bramkami zostały wykonane w drugiej połowie XX wieku. W polu środkowym znajduje się obraz Święta Rodzina, a na zasuwie: Mistyczne Zaślubiny Św. Katarzyny oraz Najświętsza Maria Panna Niepokalanie Poczęta.
Maria Działo, "Ołtarz główny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-glowny-97