Ołtarz został wystawiony około 1618 roku. Był kilkakrotnie przezłacany i przemalowywany. W pierwszej ćwierci XVIII wieku wymieniono dekoracje na konsolach. Został poddany konserwacji około 1782 roku z funduszy ówczesnego proboszcza Adriana Bronkalskiego i mieszczki krakowskiej Katarzyny Krawczyńskiej. Dołączono wtedy cztery figury aniołów trzymających Arma Christi oraz srebrne tło krucyfiksu z drewnianym wyobrażeniem Golgoty.
Kolejna znacząca konserwacja została wykonana w latach 1894-1896 ze środków Grona Konserwatorów Galicji Zachodniej; pracami kierował Stanisław Tomkowicz. Podczas tej konserwacji odłączono część barokowych dodatków i zastąpiono je neomanierystycznymi, wzmocniono również strukturę ołtarza
Ołtarz architektoniczny, trójosiowy, dwukondygnacyjny ze zwieńczeniem. Mensa prostopadłościenna, kamienna z drewnianym antepedium w formie leżącego prostokąta z postacią św. Augustyna ujętego wicią suchego akantu z przeplecioną, karbowaną wstążką i bukietami kwiatów. Przedstawienie otoczone profilowaną, ażurową ramą wypełnioną podobną wicią z akantu i kwiatów. Na mensie prostopadłościenne tabernakulum w formie kapliczki. Ściana frontowa z drzwiczkami w kształcie stojącego prostokąta dekorowanego krzyżem łacińskim ujętym wicią roślinną, zwieńczona trójkątnym przyczółkiem. Ścianka ujęta lizenami wypełnionymi wicią akantową podtrzymującymi pełne belkowanie obiegające bryłę, z mocno wysuniętym gzymsem wyłamanym w narożach. Całość zwieńczona czterospadowym dachem dekorowanym łuską. Na dachu baranek Boży leżący na księdze z siedmioma pieczęciami, przytrzymujący chorągiew, ukazany na tle chrystogramu otoczonego glorią promienistą.
Nastawa na dwudzielnym cokole z półkolistymi bramkami ze zwieńczeniem utworzonym z ornamentu okuciowego ujmującego owalne pola. Osie pierwszej kondygnacji wydzielone kolumnami stojącymi na konsolach dekorowanych z frontu uskrzydlonymi główkami anielskimi powyżej liści akantu, na krawędziach cekinami, a po bokach wicią. Kolumny zostały przedzielone opaską w jednej trzeciej wysokości, dekorowane na całej wysokości wicią roślinną, główkami anielskimi w dolnej partii i imitacją kameryzacji na opaskach oraz w dwóch trzecich wysokości. Kolumny są ustawione na tle pilastrów dekorowanych wicią roślinną i zawieszonymi na niej chustkami. W polu centralnym kondygnacji jest nisza w kształcie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem pełnym z postacią ukrzyżowanego Chrystusa na tle widoku Jerozolimy. W osiach bocznych mniejsze, ujęte pilastrami nisze o podobnym kształcie, których konchy wypełnione są muszlą, zwieńczone trójkątnym przyczółkiem przerwanym na cokół. W nich, na dekorowanych wicią i rozetami konsolach ustawiono figury: po lewej stronie św. Piotra, a po prawej św. Pawła. Kondygnacje ujmują ażurowe uszaki utworzone z ornamentu okuciowego, ulistnionych wolut i przewieszonej chustki. Kolumny podtrzymują pełne belkowanie wyniesione w łuk nad polem centralnym. Podłucze dekorowane rozetami, fryz głowami anielskimi i wicią, gzyms m.in. kostkowaniem i liśćmi akantu. Całość spięta kluczem z kartuszem z herbem kanoników regularnych od pokuty (marków). Na wyniesieniu belkowania posadowiono postaci aniołów trzymających narzędzia męki: anioł po lewej włócznię, a anioł po prawej gąbkę. Górna kondygnacja oparta została na schemacie aediculi – prostokątne pole ujęto kolumnami podtrzymującymi pełne belkowanie i trójkątny przyczółek przerwany na środku na cokół, na którym ustawiono rzeźbę pelikana karmiącego młode własną krwią. Na krawędziach przyczółka dwie leżące postaci. Kondygnacja flankowana postaciami czterech ewangelistów ustawionymi na cokołach. Po lewej stronie św. Marek i św. Jan, po prawej św. Mateusz i św. Łukasz. Struktura polichromowana na kolor ciemnoniebieski; kolumny, profile, detale i ornamenty złocone i srebrzone.
Ołtarz św. Marka jest datowany na około 1618 rok na podstawie opisywanego, wypełniającego początkowo pole główne obrazu Ukrzyżowanego pędzla Łukasza Porębskiego namalowanego w 1618 roku.
Ołtarz w pierwszej kondygnacji został zakomponowany w motyw serliany, w drugiej aediculi. Obie wypełnione są i uzupełnione obrazami (pierwotnie były dwa, później obraz dolnej kondygnacji zamieniono na krucyfiks) i rzeźbami. Nastawa stanowi dzieło spójne stylistycznie, typowe dla sztuki Małopolski czasu swojego powstania, to jest pierwszej połowy XVII wieku. Wykorzystuje elementy sztuki włoskiej, z której zaczerpnięto wyraźną i mocną strukturę (serliana, aedicula), wypełniające konchy muszle, korynckie kolumny, konsole oraz ornamenty, takie jak astragal, perełkowanie czy wić i łączy je z inspiracjami płynącymi ze sztuki krajów północnych (Niderlandów, Niemiec) objawiającymi się głównie w zacieraniu powierzchni przez pokrycie jej i uzupełnienie o ornament (horror vacui) okuciowy, kartusze czy kaboszony. Dualizm typowy był również dla dobrze poznanego warsztatu, któremu przypisuje się autorstwo ołtarza. Omawiane dzieło oraz przeniesiona do kościoła św. Szczepana, pochodząca z tego samego kościoła, druga nastawa dedykowana Matce Boskiej zostały wykonane przez działający na Kleparzu koło Krakowa warsztat Baltazara (Balcera) Kuncza (Kunca, Konca, Kuntza). Temu samemu autorowi przypisywane są w Krakowie ołtarze Matki Boskiej w kościele św. Krzyża i ołtarz w kaplicy św. Moniki kościoła św. Katarzyny, ewentualnie również ołtarz główny w kościele Bożego Ciała. Wykonało on również nastawy do kościołów w Kurozwękach, Skalbmierzu, Klarysek w Starym Sączu.
Omawiany ołtarz w swej wymowie ikonograficznej zwraca uwagę na zagadnienia chrystologiczne i eschatologiczne, przedkładając je nad odwołanie do postaci patrona. Do centralnego motywu Ukrzyżowania, kulminacyjnego momentu Pasji, dołącza się umieszczona w zwieńczeniu rzeźba pelikana karmiącego pisklęta własną krwią, symbolizująca odkupienie i miłość lub obrazująca Eucharystię (Pelikan karmi własną krwią, Chrystus odkupił ludzkość swoją). Śmierć Chrystusa na krzyżu będąca ofiarą odkupienia ludzkich grzechów oraz późniejsze zmartwychwstanie oznaczające przezwyciężenie śmierci określają fundament religii chrześcijańskiej. Ewangeliści symbolizują dobrą nowinę, a także teologiczny fundament wiary. Święty Piotr i św. Paweł, ujmujący główną scenę, jedność Kościoła katolickiego (wschodniego i zachodniego) oraz wzór kapłaństwa.
Ołtarz był kilkakrotnie przezłacany i przemalowywany. Został poddany konserwacji około 1782 roku z funduszy ówczesnego proboszcza Adriana Bronkalskiego i mieszczki krakowskiej Katarzyny Krawczyńskiej. Dołączono wtedy cztery figury aniołów trzymających Arma Christi, tło krucyfiksu z drewnianym wyobrażeniem Golgoty.
Kolejna znacząca konserwacja została wykonana w latach 1894-1896 ze środków Grona Konserwatorów Galicji Zachodniej; pracami kierował Stanisław Tomkowicz. Podczas tej konserwacji odłączono część barokowych dodatków i zastąpiono je neomanierystycznymi, wzmocniono również strukturę ołtarza.
Ołtarz został wykonany około 1618 roku przez warsztat Baltazara Kuncza. W 1782 roku uległ znacznym przemianom: dołączono dodatkowe rzeźby, a w polu głównym umieszczono gotycki krucyfiks na trybowanym tle. W latach 1894-1896 przywrócono mu częściowo dawny wygląd. W swej wymowie ikonograficznej zwraca uwagę na zagadnienia chrystologiczne i eschatologiczne, przedkładając je nad odwołanie do postaci patrona.
Agata Felczyńska , "Ołtarz główny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-glowny-44