O dziejach ołtarza głównego w Bieńkówce źródła archiwalne i literatura mówią niewiele. W kronice parafialnej znajduje się zapis o zamówieniu w 1895 roku obrazu Trójcy Świętej do głównego ołtarza za cenę 40 zł u malarza Jana Stankiewicza z Oświęcimia. Fundatorem tego dzieła był Józef Głowacz z Jachówki. Obecnie obraz wisi na północnej ścianie prezbiterium. W tej samej kronice zamieszczono również wpis o „oprawieniu” dwóch figur (św. Wojciecha i św. Stanisława) „przy wielkim ołtarzu” za cenę 50 zł, które ufundowali bieńkowscy parafianie — Józef i Agata Pająkowie. Jednak brak informacji o rzeźbach w późniejszych archiwaliach i literaturze pozwala przypuszczać, że figury św. Wojciecha i św. Stanisława nie zachowały się.
Ołtarz prostopadłościenny, murowany, ustawiony na jednym stopniu. Mensa drewniana, z marmurowym portatylem. W polu antependium rocaille’owy kartusz ujęty parą gałązek palmowych.
Tabernakulum w formie drewnianej, prostopadłościennej skrzynki na wysokim cokole, o wklęsło-wypukłym rzucie; flankowane parą ustawionych ukośnie kolumienek o kompozytowych kapitelach, dźwigających wyłamane belkowanie. Drzwiczki w formie stojącego prostokąta, obite blachą miedzianą z aplikowanym kielichem z hostią oraz krzyżem na tle promienistej glorii. Nad nimi płaskorzeźbiony, stylizowany ornament rocaille’owy z muszlą palmetową pośrodku. Ścianki boczne dekorowane prostokątnymi płycinami zamkniętymi rocaille’ami z kwiatowymi zwisami.
Nastawa ołtarzowa architektoniczna, jednokondygnacyjna ze zwieńczeniem, ustawiona na dwustrefowym cokole. Kondygnacja ujęta ustawionymi ukośnie: parą lizen, filarów i dwiema parami kolumn. Podpory dźwigają pełne belkowanie, wyłamane nad osią główną i osiami bocznymi. Podpory ustawione na bazach, o kapitelach kompozytowych; trzony kolumn gładkie, złocone. Na belkowaniu, na wewnętrznej parze podpór siedzące na obłokach figury aniołów. W polu środkowym nisza w formie stojącego prostokąta z obrazem Matki Boskiej Bieńkowskiej, ujęta profilowaną ramą. Nad polem środkowym łuk segmentowy, nadwieszony, zdobiony w polu stylizowanym ornamentem rocaille’owym. Nad łukiem i w zwieńczeniu cztery pary uskrzydlonych główek anielskich na obłokach. Zwieńczenie tworzy grupa rzeźbiarska z przedstawieniem Trójcy Świętej na tle obłoków i promienistej glorii. Filary od wewnątrz dekorowane zwisami utworzonymi z ornamentu rocaille’owego, różanych gałązek, słoneczników, drobnych kwiatów i owoców. Fryz zdobiony pojedynczymi, pięciopłatkowymi kwiatkami. Kondygnacja ujęta uszami w kształcie drapowanej kotary, obwiedzionej złotą lamówką, podtrzymywanej przez parę puttów. Putta ustawione frontalnie, ze skrzyżowanymi nogami, z jedną ręką uniesioną do góry, drugą spuszczoną w dół, z jednym skrzydłem od strony wewnętrznej, z pasem tkaniny spływającym z ramienia na biodra. Putta rzeźbione miękko; twarze owalne, pucułowate, z małymi oczami i ustami; włosy jasne, kędzierzawe.
Struktura polichromowana w kolorze beżowym z różowymi detalami; kolumny, profile i ornamentyka złocone i srebrzone.
Według autorów „Katalogu Zabytków Sztuki w Polsce” ołtarz główny w kościele w Bieńkówce to przykład późnobarokowego dzieła sztuki, natomiast samo tabernakulum wzmiankowane jest jako rokokowe. Wśród dzieł krakowskiego środowiska artystycznego można odnaleźć wzór, jaki posłużył do wykonania struktury bieńkowskiego retabulum. Jest to ołtarz Matki Boskiej Różańcowej z 1768 roku, który znajduje się w kościele Dominikanów w Krakowie, przypisywany Wojciechowi Rojowskiemu. W obu przykładach jest to nastawa jednokondygnacyjna, jednoosiowa, flankowana parami ustawionych ukośnie filarów i kolumn, ze zwieńczeniem z płaskorzeźbioną grupą Trójcy Świętej o tożsamym ujęciu ikonograficznym oraz uszami w formie drapowanej kotary podtrzymywanej przez parę aniołków.
W dotychczasowych rozważaniach nad wyposażeniem kościoła w Bieńkówce, wobec braku wystarczających przekazów historycznych, nie podjęto próby atrybucji bieńkowskiego ołtarza głównego potencjalnym wykonawcom. Źródła archiwalne ujawniły jedynie autorstwo obrazu z przedstawieniem Trójcy Świętej (pierwotnie znajdującego się na zasuwie ołtarza, a obecnie na północnej ścianie prezbiterium). Obraz w 1895 roku ufundował za cenę 40 zł Jan Głowacz z Jachówki, a wykonał malarz Jan Stankiewicz z Oświęcimia. Malarz ten dwa lata później zrealizował kolejne zlecenie dla kościoła w Bieńkówce w postaci czterech sztandarów i pięciu chorągwi.
W kronice parafialnej kościoła w Bieńkówce pod datą 1897 odnotowano: „odnowiono z gruntu Wielki Ołtarz kosztem 170 zł — ufundowali to parafianie tutejsi Józef i Agata Pająkowie”, a wykonał malarz Franciszek Kęsek.
Ołtarz główny w kościele parafialnym w Bieńkówce stanowi przykład późnobarokowego retabulum zwieńczonego grupą rzeźbiarską z przedstawieniem Trójcy Świętej. Obecnie w ołtarzu umieszczony jest otoczony kultem wizerunek Matki Boskiej z Dzieciątkiem. Wśród dzieł krakowskiego środowiska artystycznego można odnaleźć wzór, jaki posłużył do wykonania struktury bieńkowskiego retabulum. Jest to ołtarz Matki Boskiej Różańcowej z 1768 roku, który znajduje się w kościele Dominikanów w Krakowie, przypisywany Wojciechowi Rojowskiemu.
Maria Działo, "Ołtarz główny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-glowny-25