Jan Długosz wspominał o istnieniu kościoła w Biskupicach za czasów biskupa Pełki w latach 1186-1207. Pierwszy budynek kościoła był drewniany. Świątynia była własnością klasztoru Świętego Ducha w Krakowie. W aktach wizytacji z 1596 roku kościół został opisany jako drewniany, jeszcze niekonsekrowany. Na łuku tęczowym miał zawieszony krucyfiks, wewnątrz trzy ołtarze o murowanych mensach, niekonsekrowane oraz drewnianą chrzcielnicę. W dokumentach wizytacyjnych z 1618 roku wskazano, że budynek kościoła jest stary i widziana jest budowa nowej, murowanej świątyni. W aktach z 1629 roku stan kościoła się nie zmienił. W drugiej tercji XVII wieku rozpoczęto budowę nowego, murowanego kościoła, który był już gotowy i konsekrowany ponownie 12 listopada 1662 przez Mikołaja Oborskiego. W świątyni znajdowały się trzy ołtarze i chrzcielnica. Wnętrze kościoła było pokryte polichromią z XVII wieku. Prawdopodobnie na przełomie XVII i XVIII wieku do kościoła dobudowano kaplicę boczną ufundowaną przez Szymona Kalinowskiego. W aktach wizytacji z 1703 roku opisano w kościele pięć ołtarzy – główny z obrazem Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny oraz św. Marcina w zwieńczeniu, dwa boczne – św. Małgorzaty i Najświętszej Marii Panny (należący do bractwa szkaplerznego) oraz ołtarz św. Zofii. W kaplicy znajdowało się retabulum Matki Boskiej Częstochowskiej, z obrazem św. Józefa w zwieńczeniu oraz nagrobek fundatorów. W prezbiterium, po prawej stronie stały trzy konfesjonały, po lewej stalle, nad nimi na ścianach chóru widniały obrazy przedstawiające sceny z życia św. Marcina. W nawie znajdował się drewniany chór muzyczny wsparty na dwóch kolumnach z nowymi organami, ambona, a na łuku tęczowym krucyfiks. W aktach wizytacji z 1741 roku zmieniła się liczba ołtarzy, dwa przytęczowe retabula w nawie nosiły wezwania św. Małgorzaty i św. Zofii, trzecie – św. Stanisława Kostki, w kaplicy zaś były już dwie nastawy Matki Boskiej Częstochowskiej i św. Józefa oraz stalle. Na dachu kościoła wybudowano drewnianą wieżyczkę na sygnaturkę. W XVIII wieku zamurowano sedilium w partii południowej ściany prezbiterium. W tym okresie wykonano nową polichromię wnętrza. Następnie w drugiej połowie XIX wieku powstała nowa malatura prezbiterium i na stropie nawy. W inwentarzu kościoła z 1883 roku budynek opisano jako „murowany, gontami pokryty [...]. Na środku dachu kościoła jest sygnaturka z drzewa, na której żelazny krzyż z kulą; na obydwóch końcach dachu kościoła znajdują się żelazne krzyże. Wchód do kościoła tworzy murowany przedsionek /kruchta/ [...]. Przedsionek ten był pierwotnie budowany na wieżę, która jednakże nie była dokończona [...]. Powała z desek, rozmaicie pomalowana. Podłoga częścią kamienna, częścią ceglana. Cały kościół znajduje się w miernym stanie”. W 1888 roku do kościoła od zachodu dobudowano wieżę na cześć Matki Boskiej oraz przedłużono nawę świątyni. W latach 1897-1902 komitet kościelny wystarał się o reparację dachu kościoła, mianowicie o pokrycie go dachówką ceramiczną i naprawę wieżyczki na sygnaturkę. W 1914 roku świątynia została w znacznym zakresie zniszczona, a po wojnie gruntowanie odnowiona.
Kościół murowany z cegły i kamienia, tynkowany. Detal architektoniczny kamienny i rzeźbiony w tynku. Więźba dachowa drewniana, krokwiowa. Świątynia orientowana, jednonawowa, nawa na rzucie wydłużonego prostokąta, prezbiterium nieco węższe, zakończone wielobocznie, z wieżą na planie kwadratu. Do prezbiterium od północy przylega zakrystia z przedsionkiem i kruchtą na planie zbliżonym do prostokąta, do nawy od południa przybudowana kaplica na rzucie ośmioboku oraz od północy kruchta na planie kwadratu. Całość oszkarpowana. Wnętrze nakryte drewnianymi stropami i sufitami z wyprawą tynkową i polichromią. Pomiędzy nawą a prezbiterium półkolisty otwór tęczowy. Parapet chóru muzycznego w zachodniej części nawy, podparty na dwóch kolumnach. Otwory drzwiowe o wykroju prostokątnym, ostrołukowym i prostokątnym zamkniętym łukiem segmentowym. Drzwi drewniane obite listwami i płycinowe. Okna w formie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem półkolistym, w wieży zamknięte łukiem ostrym, w metalowej oprawie, witrażowe. Posadzka z płyt ceramicznych. Elewacje opracowane jednolicie, tynkowane, zakończone gzymsem podokapowym, opięte dwuuskokowymi szkarpami. Elewacja zachodnia wieżowa, jednoosiowa, czterokondygnacyjna, z wydzielonym cokołem. Kondygnacje wydzielone gzymsami kordonowymi, ostatnia na planie ośmioboku. Na osi ostrołukowy portal z profilowanym obramieniem w tynku. Drzwi drewniane dwuskrzydłowe, obite listwami, z ostrołukowym naświetlem. Nad portalem owalna tablica fundacyjna z napisem „WIEŻA TA WYBUDOWANA / NA CZEŚĆ / MATKI BOSKIEJ / R(OKU) P(AŃSKIEGO) 1888”. Na froncie wieży, na osi, dwa ostrołukowe okna, na ścianach bocznych po trzy ostrołukowe okna, w najwyższej partii rząd okulusów. Wieża zakończona ośmioma trójkątnymi szczytami i ostrosłupowym hełmem z metalową koroną. Elewacje boczne przeprute oknami, po dwa w nawie i prezbiterium, alternowanymi szkarpami. W kaplicy i w zakrystii po dwa okna. Elewacja wschodnia pozbawiona okien. Kruchta północna przybudowana do korpusu, od frontu ujęta stylizowanymi półkolumnami dźwigającymi wklęsło-wypukły szczyt. W zewnętrzne ściany kościoła wmurowane współczesne, ceramiczne stacje drogi krzyżowej. Dachy dwuspadowe, kryte dachówką ceramiczną. Wyższy nad nawą, niższy nad prezbiterium. W połowie długości dachu, nad nawą, wieżyczka na sygnaturkę z latarnią, zwieńczona ostrosłupowym hełmem. Nad zakrystią ceramiczny dach pulpitowy, nad kruchtą dwuspadowy, nad kaplicą ostrosłupowy, kryty blachą.
Murowany kościół św. Marcina w Biskupicach reprezentuje architekturę typową dla nowożytnych prowincjonalnych kościołów parafialnych. Charakteryzuje go prosty, jednonawowy układ przestrzenny, z wieloboczne zamkniętym prezbiterium, w omawianym przypadku z wyodrębnioną, dobudowaną później kaplicą na planie ośmioboku. Dominującym akcentem bryły kościoła jest neogotycka wieża, wyraźnie odstającą od reszty budowli pod względem stylowym.
Pierwszy budynek kościoła był drewniany. W drugiej tercji XVII wieku rozpoczęto budowę nowego, murowanego kościoła, który był konsekrowany ponownie 12 listopada 1662 przez Mikołaja Oborskiego. Prawdopodobnie na przełomie XVII i XVIII wieku do kościoła dobudowano kaplicę boczną ufundowaną przez Szymona Kalinowskiego. W 1888 roku od zachodu wzniesiono wieżę na cześć Matki Boskiej oraz przedłużono nawę świątyni. W 1914 roku świątynia została w znacznym zakresie zniszczona, a po wojnie gruntowanie odnowiona. Murowany kościół św. Marcina w Biskupicach reprezentuje architekturę typową dla nowożytnych prowincjonalnych kościołów parafialnych. Dominującym akcentem bryły kościoła jest neogotycka wieża, wyraźnie odstająca od reszty budowli pod względem stylowym.
Autor: Krzysztof Kazimirski
Autor: Remigiusz Suszycki
Autor: Michał Kunicki
Autor: Franciszek Skarbek Borowski
Paulina Kluz, "Kościół św. Marcina", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2023, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/kosciol-sw-marcina-1