Ołtarz św. Joachima i św. Anny wraz z drugim, bliźniaczym ołtarzem bocznym św. Józefa powstał na początku XVIII wieku, przed 1728 rokiem. Oba dzieła zostały wymienione w protokole wizytacji kanonicznej biskupa Michała Kunickiego z tego roku jako „nowo wzniesione”. W tekście wizytacji podano ich usytuowanie oraz wezwania „ołtarz w nawie po prawej stronie nowo wzniesiony św. Józefa, w którym brakuje portatylu (...) 3-ci po lewej stronie, takiej samej struktury jak św. Józefa, w którym główny obraz św. Joachima i Anny”. Ołtarze te zastąpiły najprawdopodobniej starsze nastawy, które wcześniej znajdowały się w kościele. Wiadomo, że już przed 1633 rokiem, w kościele były zlokalizowane trzy ołtarze – główny oraz dwa boczne, których wezwania nie są niestety znane. Antepedium w ołtarzu pochodzi z 1868 roku. Zostało ufundowane przez Jana Strzelichowskiego, o czym wiadomo dzięki inskrypcji na odwrocie „TA ANTEPENDIA SPRAWIONA PRZEZ JANA KANTEGO STRZELICHOWSKIEGO R(OKU) P(AŃSKIEGO) 1868, 30 MAJA”. W październiku 1994 roku ołtarz św. Józefa wraz ołtarzem św. Joachima i św. Anny zostały zdemontowane i przewiezione do pracowni konserwatora dzieł sztuki Filipa Kowalczyka w Krakowie. Prace renowacyjne, trwające do maja 1995 roku zostały sfinansowane ze spadku, jaki paczółtowicka parafia otrzymała po parafianinie Tadeuszu Mazurze.
Ołtarz przyścienny o formach architektonicznych; jednoosiowy, jednokondygnacyjny ze zwieńczeniem, uszaty. Mensa prostopadłościenna; antepedium malowane z trzema kwiatowymi medalionami mieszczącymi literę J, monogram maryjny oraz literę A na jasnobeżowym tle. Poniżej środkowego medalionu płonące serce przebite krzyżem i kotwicą. W predelli nisza w kształcie poziomego prostokąta z wypukłymi krótszymi bokami, zapewne pierwotnie mieszcząca niezachowany obraz. Nastawa ujęta parą kolumn umieszczonych na wysokich, prostopadłościennych postumentach. Trzony kolumn skręcone, oplecione kwiatowymi girlandami; kompozytowe kapitele złocone. W polu ołtarza złocona, profilowana rama w kształcie pionowego prostokąta mieszcząca obraz z przedstawieniem św. Anny, św. Joachima i Marii. Kolumny dźwigają pełne belkowanie przełamane na osiach podpór oraz odcinki zbudowanego z wolut przyczółka, na których umieszczono pełnoplastyczne figurki aniołów. W partii fryzu złocony ornament akantowy przepleciony srebrzoną wstęgą oraz rozetki. Zwieńczenie w kształcie trapezu równoramiennego o wklęsłych bokach, zamknięte od góry gzymsem w formie łuku nadwieszonego. W polu owalna, złocona rama w kształcie wieńca laurowego mieszcząca obraz przedstawiający św. Sebastiana, ponad którym akantowy kartusz owalny z inskrypcją „IN HONOREM S(ANCTI) JOACHIM ANNO DOMINI 1518”. Nastawa ujęta ażurowymi, złoconymi i srebrzonymi uszami utworzonymi z suchego akantu oraz karbowanej wstęgi. Struktura ołtarza „marmoryzowana” w odcieniach czerwieni; dekoracja snycerska srebrzona i złocona, trzony kolumn czarne.
Ołtarz św. Joachima i św. Anny oraz bliźniaczy ołtarz św. Józefa zostały wykonane niewątpliwie na jedno zamówienie, w tym samym czasie i warsztacie snycerskim. Powstały one na początku XVIII wieku, jak już wspomniano wcześniej przed 1728 rokiem. Oba dzieła charakteryzują się wspólną, jednolitą koncepcją artystyczną i strukturą, podobnymi wymiarami, a także niemal identycznym repertuarem elementów snycersko-rzeźbiarskich. Daty umieszczone w medalionach w partii zwieńczenia obu ołtarzy – 1528 w przypadku ołtarza św. Józefa i 1518 w przypadku ołtarza św. Joachima i Anny, zdaniem Teresy Małkowskiej-Holcerowej – monografistki kościoła w Paczółtowicach, odnoszą się do starszych retabulów o takich samych wezwaniach, co omawiane barokowe ołtarze. Oba obrazy tytułowy oraz w zwieńczeniu, zdaniem Małkowskiej-Holcerowej to dzieła sztuki cechowej wykonane przez dwóch różnych artystów o podobnym poziomie umiejętności artystycznych. Ich autorzy zapewne posłużyli się gotowymi wzorami graficznymi. Choć wydają się być współczesne nastawie, to badania przeprowadzone podczas ostatniej konserwacji ołtarza wykazały, że dzieła nie były do niej pierwotnie przeznaczone. Ich wymiary zostały wtórnie dostosowane do ram, w których je umieszczono. Tytułowy obraz przedstawia młodzieńczą Marię w towarzystwie rodziców, Anny i Joachima, czyli temat ikonograficzny nazywany Rodziną Marii. Przedstawiony na obrazie w zwieńczeniu ołtarza św. Sebastian żył w IV wieku. Według legendy był oficerem gwardii cesarza Dioklecjana, którego za wyznawanie wiary w Chrystusa umęczono, przywiązując go do drzewa (lub słupa) i zabito przeszywając strzałami. W sztuce jest najczęściej przedstawiany jako młody, obnażony mężczyzna przywiązany do pnia drzewa z ciałem przeszytym strzałami.
W latach 1994-1995 ołtarz był poddany konserwacji przez Filipa Kowalczyka w Krakowie.
Ołtarz św. Joachima i św. Anny wraz z bliźniaczym ołtarzem św. Józefa powstał na początku XVIII wieku, przed 1728 rokiem. Oba dzieła zostały wymienione w protokole wizytacji kanonicznej biskupa Michała Kunickiego z tego roku jako „nowo wzniesione”. Ołtarze te zastąpiły najprawdopodobniej starsze nastawy, które wcześniej znajdowały się w kościele. Daty umieszczone w medalionach w partii zwieńczenia obu ołtarzy – 1528 w przypadku ołtarza św. Józefa i 1518 w przypadku ołtarza św. Joachima i Anny, zdaniem Teresy Małkowskiej-Holcerowej – monografistki kościoła w Paczółtowicach, odnoszą się do starszych retabulów o takich samych wezwaniach, co omawiane barokowe ołtarze. Tytułowy obraz w ołtarzu św. Joachima i św. Anny przedstawia młodzieńczą Marię w towarzystwie rodziców, Anny i Joachima, czyli temat ikonograficzny nazywany Rodziną Marii. Przedstawiony na obrazie w zwieńczeniu ołtarza św. Sebastian żył w IV wieku. Według legendy był oficerem gwardii cesarza Dioklecjana, którego za wyznawanie wiary w Chrystusa umęczono, przywiązując go do drzewa (lub słupa) i zabito przeszywając strzałami. W latach 1994-1995 ołtarze zostały poddane konserwacji przez Filipa Kowalczyka w Krakowie.
Justyna Kuska, "Ołtarz boczny św. Joachima i św. Anny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-boczny-sw-joachima-i-sw-anny