Średniowieczny kościół św. Anny został rozebrany w 1679 roku. W jego miejsce wybudowano nową świątynię pod kierunkiem księdza Sebastiana Piskorskiego, według projektu Tylmana z Gameren. W latach 1695-1703 powstał wystrój wnętrza świątyni. Dekorację rzeźbiarską wykonał warsztat Baltazara Fontany.
Na niskim postumencie o krawędzi przedniej wyciętej linią falistą osadzony ołtarz w kształcie wybrzuszonej górą tumby. Jego antepedium wypełnione marmoryzacją (w technice skaliola) z krzyżującymi się palmami męczeństwa. Po bokach ołtarza dwa ukośnie dostawione postumenty, na których dwie figury aniołów flankujących owalny obraz w złoconej ramie z przedstawieniem męczeństwa św. Sebastiana. Malowidło jest obwiedzione dekoracją sztukatorską w formie obłoków z główkami lub postaciami aniołów, zwieńczone krzyżem i glorią promienistą. Anioły klęczące na postumentach ukazane są w poruszonych pozach, w obficie drapowanych szatach, tworzących grube, mięsiste poły. Anioł po lewej stronie ma głowę zwróconą w kierunku obrazu, a ręce rozkłada na boki, anioł po przeciwnej stronie głowę odwraca w odwrotnym niż obraz kierunku, a jego ręce są uniesione na wysokość klatki piersiowej i skierowane do środka. Nad obrazem anioł po lewej stronie niemalże leży na ramie obrazu, w lewej ręce trzyma krzyż, prawą lekko unosi. Ubrany jest w miękko drapowane szaty, odsłaniające dolną część jego prawej nogi. Duże skrzydła o gęstych piórach rozłożone są niesymetrycznie. Po przeciwnej stronie ukazane putta i główki modelowanych sumarycznie, pulchnych aniołków. Dolne partie wykonane z kamienia, marmoryzowane w jasnych kolorach z czarnym polem antepedium wypełnionym jasnozielonymi palmami męczeństwa. Partie rzeźbiarskie białe, rama obrazu, krzyż i gloria złocone.
Niearchitektoniczny typ nastawy ołtarzowej, w której zrezygnowano z kolumn i pilastrów, należy do rzadkości w sztuce Małopolski. Dlatego rozwiązanie zastosowane przez Baltazara Fontanę należy uznać za nowatorskie. Rzeźbiarz swobodnie zinterpretował wzory podpatrzone w czasie swojego pobytu w Rzymie, w tym typ nastawy z obrazem flankowanym przez anioły zastosowany w ołtarzach w ramionach transeptu bazyliki Santa Maria del Popolo autorstwa Ercole Ferraty, Arrigio Giardé, Giovanniego Antonia Mariego i Antonia Raggiego. Fontana upodobał sobie ten rodzaj nastawy ołtarzowej, powtórzy ją w jednym ze swoich dzieł na Morawach, gdzie stale pracował, w ołtarzu św. Wolfganga w kościele w Podhradní Lhota. Uzupełnieniem programu ideowego jest dekoracja kaplicy. Na ścianach arkady między kaplicą a nawą Fontana wyrzeźbił panoplia złożone z elementów uzbrojenia i sprzętów kościelnych, a nad arkadami wykonał reliefy z przedstawieniem świętych Aleksa i Rocha.
Ołtarz w kaplicy św. Sebastiana powstał w latach 1695-1703. Jego strukturę i dekorację rzeźbiarską wykonał Baltazar Fontana i jego warsztat. Nowatorski typ nastawy w formie owalnego obrazu flankowanego przez anioły był inspirowany rzymskimi dziełami z kręgu Gian Lorenzo Berniniego (ołtarze w kościele Santa Maria del Popolo).
Józef Skrabski, "Ołtarz w kaplicy św. Sebastiana ", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-w-kaplicy-sw-sebastiana