W 1930 roku ołtarz został oczyszczony. W latach 1934-1936 oraz w 1964 roku przeprowadzono jego konserwację. W 2015 roku impregnowano wszystkie ołtarze.
Retabulum jednokondygnacyjne, trójosiowe ze zwieńczeniem i bramkami. Mensa ołtarzowa z malowanym antepedium przedstawiającym scenę Ostatniej Wieczerzy według Leonarda da Vinci. Na mensie ustawione pozłacane tabernakulum w formie prostopadłościennej z częścią środkową w ozdobnej oprawie utworzonej przez dwa ukośnie dostawione filary ze spływami wolutowymi. Między nimi wypukłe w dolnej części drzwiczki dekorowane kielichem z hostią ponad kiśćmi winogron i między kłosami zbóż. Powyżej nisza konchowa wypełniona glorią, której koncha ozdobiona jest muszlą z rocaille’owym grzebieniem. Na wolutach osadzone adorujące krzyż putta. Część centralna nastawy flankowana kolumnami z głowicami jońskimi i ornamentem rokokowym. W polu w profilowanej złotej ramie przedstawienie koronacji Marii przez Trójcę Świętą. Drewniana konstrukcja skrzydeł bocznych tworzy ramę dla dwóch rzeźb ustawionych na bramkach, na odcinkach gzymsu rozszerzających się ku górze, które tworzą cokoły ozdobione w dolnej części rokokową muszlą. Po prawej stronie znajduje się rzeźba przedstawiająca św. Stanisława z Piotrowinem, po lewej św. Wojciecha. Obie rzeźby biskupów są tej samej wielkości, wypełniają prześwity w bocznych skrzydłach, w tle ozdobionych rocaille’owym ornamentem. Zewnętrzne płaszczyzny skrzydeł bocznych zdobi złota winorośl, a wewnętrzne ornament roślinny z motywem kwiatowym. Na kolumnach ustawionych na niewielkich cokołach wspiera się przełamane belkowanie zakończone gzymsem dźwigającym odcinkowy przyczółek z profilowaniem zakończonym wolutami. Na wysokości belkowania znajduje się płaskorzeźba przedstawiająca Boga Ojca i Ducha Świętego pod postacią gołębicy, wyłaniających się ze srebrnych obłoków; postacie otoczone są złotymi promieniami. Na bocznych osiach, analogicznie pojawiają się srebrne chmury o wolutowych kształtach, flankowane przez anielskie główki. Zwieńczenie rozszerza się ku górze i jest zamknięte łukiem nadwieszonym; znajduje się w nim obraz przedstawiający św. Floriana w profilowanej, złoconej wklęsło-wypukłej ramie. Całość zwieńczona kartuszem utworzonym z ornamentu rocaille’owego. Struktura polichromowana imitacją marmoryzacji w kolorze szarym i zielonym, fryzy i gzymsy bordowe i ciemnozielone, profile, ornamenty, kolumny złocone, dekoracje złocone i srebrzone.
Ołtarz główny kościoła w Czernichowie jest przykładem sztuki rokokowej, ale czerpie również inspiracje z innych stylów. Bujna, nowożytna w typie nastawa z dużym obrazem w polu kondygnacji i mniejszym w zwieńczeniu, o wklęsło-wypukłych liniach i z ogromną liczbą dekoracji i złoceń w jawny sposób emanuje osiemnastowiecznym bogactwem. W tradycyjnym przykładzie figury świętych, dużo mniejsze, stałyby na cokołach sąsiadujących z kolumnami. W tym przypadku osiągnęły rozmiary głównego przedstawienia i zostały ustawione na konsolach umieszczonych na bramkach i otoczone ażurowym, bogatym i różnorodnym ornamentem, który niemal całkiem przykrywa strukturę obramień. Przywodzi to na myśl rozwiązania stosowane w gotyckich ołtarzach szafkowych, których ruchome skrzydła dekorowały rzeźby lub obrazy. Temat głównego przedstawienia ołtarza nawiązuje czytelnie do wezwania świątyni.
W latach 1934-1936 oraz w 1964 roku przeprowadzono konserwację ołtarza, a w 2015 roku został zaimpregnowany.
Kronika Parafialna (http://www.parafiaczernichow.pl/index.php/o-parafii)
Rokokowy ołtarz główny powstał w drugiej połowie XVIII wieku. Bujna, nowożytna w typie nastawa z dużym obrazem w polu kondygnacji i mniejszym w zwieńczeniu została uzupełniona rzeźbami, które z racji swych rozmiarów zostały ustawione w bogato obramionych skrzydłach. Przywodzi to na myśl rozwiązania stosowane w gotyckich ołtarzach szafkowych.
Agata Felczyńska, "Ołtarz główny ze sceną Koronacji Matki Boskiej przez Trójcę Świętą", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2023, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-glowny-ze-scena-koronacji-matki-boskiej-przez-trojce-swieta