Pierwsza wiadomość o kościele w tym miejscu pochodzi z 1400 roku. Obecny został wybudowany, jak szacują różni badacze, w drugiej połowie XV wieku, w końcu XV lub na początku XVI wieku i konsekrowany w 1504 roku pod wezwaniem Trójcy Świętej, Narodzenia Najświętszej Marii Panny, św. Stanisława i św. Antoniego Opata. W czasie budowy wykonano pierwszą polichromię (patronową). Świątynia była wielokrotnie przebudowywana. W XVII wieku dostawiono wieżę, później również kruchty i wieżyczkę na sygnaturkę, po 1728 roku wnętrze nakryto pozornym sklepieniem o formie spłaszczonej kolebki. W latach 1932-1939 kościół był odnawiany i mocno przerobiony, również z powodu powodzi w 1934 roku. Całą budowle posadowiono na kamiennej podmurówce, wymieniono elementy konstrukcji, wybudowano kruchty i powiększono przybudówkę. Poza tym zburzono ogrójec, który znajdował się na wschodniej ścianie prezbiterium, gotyckie ostrołukowe portale oraz drzwi z okuciami zastąpiono nowymi – prostokątnymi, wymieniono również belkę tęczową i podłogi. W 1935 roku wykonano nową polichromię i rozłożono barokowy ołtarz główny. Zastąpiono go gotyckim retabulum, które wcześniej znajdowało się przy ścianie bocznej. Po 1997 roku i zniszczeniach wywołanych powodzią trzeba było podjąć kolejne prace. W latach 2005-2006 budynek przeszedł gruntowną konserwację, m.in. zrekonstruowano dzwonnicę i powiększono kruchtę, w 2008 roku odnowiono dach.
Kościół jednonawowy, prezbiterium oddzielone ścianą tęczową z poprzeczną belką. Stropy pokryte dekoracją malarską imitującą kasetony z rozetami, z przedstawieniem Matki Boskiej z Dzieciątkiem w prezbiterium, św. Michała Archanioła w nawie oraz klęczących aniołów na ścianach. W dolnej partii ściany niebieskie, z biegnącą dookoła inskrypcją, a do jednej trzeciej wysokości od dołu w kolorze drewna. W przedsionku polichromia patronowa o motywach geometrycznych, roślinnych, zwierzęcych itd. W nawie od zachodu chór muzyczny z dekoracją malarską roślinną i antropomorficzną. Nawa i prezbiterium naryte pozornym sklepieniem w kształcie spłaszczonej kolebki ze skośnymi fasetami. W nawie głównej jedno duże okno w kształcie stojącego prostokąta, bliżej chóru drugie, niewielkie, w kształcie leżącego; kolejne w wieży, przedsionku i prezbiterium. Główne wejście od zachodu, drugie przez kruchtę od południa, trzecie do zakrystii. Portal południowy prostokątny, osłonięty daszkiem, poniżej trójkątnego szczytu wypełnionego oknem. Od zachodu kwadratowa wieża o pochyłych ścianach pobitych gontem, z nadwieszoną, nieco występującą izbicą szalowaną pionowymi deskami, na dolnych końcach ozdobnie wycinanymi. Ściany obłożone gontem, gładkie. Nad nawą i prezbiterium dach jednokalenicowy, gontowy, wieża z ostrosłupowym hełmem. Nad nawą barokowa wieżyczka na sygnaturkę kryta blachą.
Najcenniejszym elementem wyposażenia jest gotyckie retabulum ołtarzowe pełniące od 1935 roku rolę ołtarza głównego w miejsce rozebranego, barokowego. Oprócz niego szczególne znaczenie mają fragmenty zachowanej polichromii patronowej z około 1500 roku.
Późnogotycka świątynia w Łopusznej zaliczana jest do grupy kościołów podhalańskich wraz z budowlami w Harklowej, Grywałdzie, Dębnie i św. Anny w Nowym Targu. Ich cechą charakterystyczną są prostokątnie zamknięte prezbiteria. Kościół należy do „drugiej generacji” drewnianych świątyń gotyckich, których plan rozwinął się z najprostszego typu czworobocznej budowli do dwuczłonowej, złożonej z nawy i przeznaczonego dla duchowieństwa prezbiterium, do którego od wczesnych czasów przylegała zakrystia. W omawianej grupie w oczy rzuca się skomplikowany sposób zespolenia członów budowli poprzez przekrycie ich wspólną więźbą dachową i jej jętkowa konstrukcja oraz wydłużenie przekrycia dachu głównego tak, by zakrył zaskrzynienia. Łączy je także sposób ukształtowania wnętrza – niskie zaskrzynienia i skośne fasety oraz dekoracja malowidłami patronowymi.
Wyraz stylowy gotyku tych budynków ujawniał się w detalu, takim jak ostrołukowe portale i profilowanie odsłoniętych belek konstrukcyjnych, a niektórzy badacze upatrywali go nawet w konstrukcji stromych dachów.
Plan i wymiary kościoła w Łopusznej są bardzo zbliżone do kościoła w Dębnie.
W latach 1932-1939 kościół był odnawiany i mocno przerobiony. Całą budowlę posadowiono na kamiennej podmurówce, wymieniono elementy konstrukcji, wybudowano kruchty i powiększono przybudówkę. Poza tym zburzono ogrójec, a gotyckie ostrołukowe portale oraz drzwi z okuciami zastąpiono nowymi – prostokątnymi, wymieniono również belkę tęczową i podłogi. W 1935 roku wykonano nową polichromię i rozłożono barokowy ołtarz główny. Po 1997 roku i zniszczeniach wywołanych powodzią trzeba było podjąć kolejne prace. W latach 2005-2006 budynek przeszedł gruntowną konserwację, m.in. zrekonstruowano dzwonnicę i powiększono kruchtę, w 2008 roku odnowiono dach.
Obecny kościół został wybudowany, jak szacują różni badacze, w drugiej połowie XV wieku, w końcu XV lub na początku XVI wieku. W latach 1932-1939 był odnawiany i mocno przerobiony. Świątynia zaliczana jest do grupy kościołów podhalańskich wraz z budowlami w Harklowej, Grywałdzie, Dębnie i św. Anny w Nowym Targu. Najcenniejszym elementem wyposażenia jest gotyckie retabulum ołtarzowe pełniące od 1935 roku rolę ołtarza głównego w miejsce rozebranego, barokowego. Oprócz niego szczególne znaczenie mają fragmenty zachowanej polichromii patronowej z około 1500 roku.
Agata Felczyńska, "Kościół Trójcy Świętej", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/kosciol-trojcy-swietej-2