Obecny ołtarz główny w kościele paczółtowickim wzniesiono na początku XVII wieku prawdopodobnie z fundacji ówczesnych właścicieli wsi — Elżbiety z Czerskich (zm. 1617) i jej męża Stanisława Tarnowskiego herbu Rola (zm. 1606) za probostwa księdza Adama z Wysokienic (proboszcz w latach 1597-1617). Datowanie zabytku na 1604 rok przyjmowane w starszej literaturze, zdaniem Teresy Małkowskiej-Holcerowej nie znajduje potwierdzenia w źródłach, a napis „1604” widniejący, według księdza Jana Kopytki (proboszcz od 1988 roku), na odwrociu predelli jest obecnie niedostępny. W wizytacjach biskupich bezpośrednio poprzedzających przyjęty czas powstania ołtarza nie ma szczegółowych informacji na temat poprzedniego ołtarza głównego w paczółtowickiej świątyni. W 1611 roku zalecono, aby do ołtarza sprawić tabernakulum „należycie przyzdobione i pomalowane”. Istnienie takiego tabernakulum zostało potwierdzone w spisanej przez księdza Jana Foxa na polecenie biskupa Marcina Szyszkowskiego wizytacji z 1617 roku. W okresie baroku mensa ołtarza głównego otrzymała zachowane do dziś antependium z czarnego marmuru dębnickiego, wykonane zapewne w połowie XVII wieku przez Wojciecha lub Jacka Zielaskiego — kamieniarzy związanych z pobliskim kamieniołomem w Dębniku. W bliżej nieznanym czasie, prawdopodobnie około połowy XVII wieku, właściciel pobliskich Pisar — Achacy Pisarski (zm. 1673) podarował kościołowi w Paczółtowicach obraz z wizerunkiem Matki Boskiej Niepokalanie Poczętej, niezachowany do dzisiaj, który stanowił zasuwę omawianego ołtarza głównego. Barokowa rzeźba Chrystusa Zmartwychwstałego (XVIII w.) umieszczona w zwieńczeniu ołtarza po raz pierwszy wzmiankowana była w inwentarzu kościoła sporządzonym w 1860 roku, jednak mogła zostać umieszczona w tym miejscu znacznie wcześniej — podczas wzbogacania wystroju świątyni paczółtowickiej na początku XVIII wieku. Ołtarz główny został odnowiony w 1850 roku podczas prac renowacyjnych przeprowadzonych z sum zapisanych w testamencie proboszcza Szymona Warmusińskiego (zm. 1847). Następnie w 1943 roku dzięki ofiarności paczółtowickich parafian ołtarz wraz z gotyckim obrazem Matki Boskiej Niepokalanie Poczętej zostały odnowione przez malarza Józefa Ryłkę. Na początku lat dziewięćdziesiątych XX wieku elementy architektoniczne, rzeźbiarskie i snycerskie nastawy zostały poddane gruntownej konserwacji. Prace, po uprzednim zdemontowaniu ołtarza i przewiezieniu go do Krakowa wykonały Aleksandra Grochal i Katarzyna Mogrysiewicz-Dobrzańska.
Nastawa ołtarzowa drewniana, architektoniczna, jednoosiowa, jednokondygnacyjna z predellą i zwieńczeniem. Retabulum na wysokim cokole zwieńczonym profilowanym gzymsem; lica wypełnione złoconym ornamentem kwiatowym i winnymi gronami. Predella srebrzona z rytym, złoconym ornamentem akantowym; za tabernakulum, na osi predelli wypukły kartusz z napisem: AVE REGINA COELORUM/ MATER REGIS ANGELORUM. O MARIA/ FLOS VIRGINUM/ VELUT ROSA VEL LILIUM/ FUNDE PRAECES AD FILIUM/ PRO SALUTE FIDELIUM. Nastawa ujęta parą zdwojonych kolumn o kompozytowych kapitelach; trzony w 1/3 wysokości przedzielone pierścieniem, w dolnej partii z dekoracją snycerską (płaskorzeźbione lwie główki, kaboszony, ornament okuciowy); w górnej części kanelowane. Kolumny podtrzymują pełne belkowanie przełamane na osi kolumn, zwieńczone trójkątnym, przerwanym przyczółkiem, na którym półleżące postacie aniołów. Na drugim planie, po bokach przyczółka profilowane, złocone spływy wolutowe. Gzymsy profilowane, złocone z kostkowaniem i kimationem. W zwieńczeniu, na osi ołtarza pełnoplastyczna, polichromowana figura Chrystusa Zmartwychwstałego. W polu środkowym ołtarza prostokątna, rozglifiona płycina w bogatym, płaskorzeźbionym i złoconym obramieniu mieszcząca obraz Matki Boskiej Niepokalanie Poczętej. W narożach obramienia płaskorzeźbione i polichromowane główki anielskie. Na podniebiu architrawu złocone róże umieszczone w prostokątnych kasetonach; w partii fryzu złocony ornament roślinny z umieszczonym na osi monogramem Marii. W polach na osi kolumn ornament kartuszowy z rautami (w osiach środkowych) oraz płaskorzeźbione i polichromowane główki kobiece (w osiach skrajnych). Tabernakulum drewniane o formach architektonicznych, z wypukłym licem, ustawione na mensie, na osi ołtarza na niewysokim, profilowanym i złoconym cokole, zwieńczone analogicznym gzymsem. Na drzwiczkach płaskorzeźbiony kielich z hostią. Struktura ołtarza polichromowana na kolor ciemnozielony z elementami ciemnej czerwieni i złocona; partie ornamentów i załamania profili architektonicznych złocone.
Wezwanie ołtarza głównego mieszczącego się w prezbiterium kościoła paczółtowickiego nie odpowiada wezwaniu samej świątyni, które od samego początku istnienia budowli odnosiło się do Nawiedzenia Najświętszej Marii Panny. Obecna nastawa wzniesiona na początku XVII wieku została prawdopodobnie wykonana z intencją umieszczenia w niej gotyckiego obrazu Matki Boskiej Niepokalanie Poczętej z lat 1460-1470, który już wcześniej znajdował się na wyposażeniu kościoła. Wraz z eksponowanymi po bokach obecnego ołtarza głównego skrzydłami z przedstawieniami archanioła Gabriela i Marii tworzących grupę Zwiastowania (na rewersach) oraz św. Katarzyny Aleksandryjskiej i św. Barbary (na awersach) stanowił on część gotyckiego tryptyku, który nie pełnił jednak funkcji ołtarza głównego. Ze źródeł wiadomo, że jeszcze w XVIII wieku w kościele paczółtowickim znajdował się ołtarz z rzeźbionym przedstawieniem sceny Nawiedzenia Najświętszej Marii Panny „starej struktury”, który mógł pełnić tę właśnie funkcję. Z tym ołtarzem łączona jest para malowanych skrzydeł przechowywana w zbiorach krakowskiego Muzeum Archidiecezjalnego przedstawiających sceny Zwiastowania, Bożego Narodzenia (skrzydło lewe) oraz Pokłon Trzech Króli i Koronację Marii (skrzydło prawe). O tym, że nowe retabulum ołtarzowe powstało z myślą o umieszczeniu w nim starszego wizerunku Matki Boskiej Niepokalanie Poczętej świadczyć mogą dostosowane doń wymiary i kształt otworu w nastawie ołtarza przeznaczonego na obraz. Potwierdza to również dostosowana do tematyki obrazu inwokacja umieszczona na predelli nowego ołtarza: „Bądź pozdrowiona Królowo Niebios/ Matko Król Aniołów./ O Maryjo kwiecie Dziewic/ jako róża lub lilia/ zanoś prośby do Syna/ o zbawienie wiernych”. Umieszczenie w nim obrazu Matki Boskiej Niepokalanie Poczętej musiało zatem wpłynąć na zmianę pierwotnej tytulatury ołtarza głównego. Z całą pewnością wspomniany obraz znajdował się w ołtarzu głównym paczółtowickiej świątyni w pierwszej połowie XVIII wieku, co potwierdzają wizytacje biskupów Michała Kunickiego z 1728 roku, który wspomina o ołtarzu „starodawnej struktury, pozłoconym, w którym [znajduje się] główny obraz Niepokalanej Najświętszej Panny Marii” oraz Andrzeja Załuskiego z 1748 roku, w której wymieniono: „obraz główny Najświętszej Panny Marii piastującej Dzieciątko na miedzi grecką manierą malowany”.
Kilkukrotnie odnawiany: w 1850 roku, w 1943 roku przez malarza Józefa Ryłkę, w 1993 roku konserwowany w Krakowie przez Aleksandrę Grochal i Krystynę Mogrysiewicz-Dobrańską.
Ołtarz główny w kościele paczółtowickim to drewniana, jednoosiowa, jednokondygnacyjna konstrukcja o formach architektonicznych. Wzniesiono go na początku XVII wieku, prawdopodobnie z fundacji ówczesnych właścicieli Paczółtowic Elżbiety z Czerskich i jej męża Stanisława Tarnowskiego herbu Rola z intencją umieszczenia w nim gotyckiego obrazu Matki Boskiej Niepokalanie Poczętej z lat 1470-1480. Obraz ten, wraz z eksponowanymi obecnie po bokach ołtarza głównego skrzydłami z przedstawieniami archanioła Gabriela i Marii tworzących grupę Zwiastowania (na rewersach) oraz św. Katarzyny Aleksandryjskiej i św. Barbary (na awersach) stanowił część gotyckiego tryptyku. O pierwotnym ołtarzu głównym w paczółtowickiej świątyni niewiele wiadomo — prawdopodobnie był to gotycki tryptyk z (niezachowaną) rzeźbioną sceną Nawiedzenia Najświętszej Marii Panny. Z tym ołtarzem badacze łączą parę malowanych skrzydeł przechowywanych w zbiorach Muzeum Archidiecezjalnego w Krakowie przedstawiających sceny Zwiastowania i Bożego Narodzenia (skrzydło lewe) oraz Pokłon Trzech Króli i Koronację Marii (skrzydło prawe). Wraz z wzniesieniem nowej struktury ołtarzowej i umieszczeniu w niej obrazu Matki Boskiej Niepokalanie Poczętej zmianie uległa tytulatura ołtarza, która obecnie nie odpowiada wezwaniu samej świątyni, które od samego początku istnienia budowli odnosiło się do Nawiedzenia Najświętszej Marii Panny. Około połowy XVII wieku obecny, barokowy ołtarz główny otrzymał antependium z czarnego marmuru dębnickiego wykonane przez kamieniarzy Wojciecha lub Jacka Zielaskiego. W tym samym czasie właściciel pobliskich Pisar — Achacy Pisarski ofiarował kościołowi niezachowany do dziś obraz Matki Boskiej Niepokalanie Poczętej, który umieszczono na zasuwie ołtarza. Barokowa rzeźba Chrystusa Zmartwychwstałego umieszczona obecnie w zwieńczeniu ołtarza po raz pierwszy wzmiankowana była w dziewiętnastowiecznych źródłach. Ołtarz był kilkukrotnie odnawiany: w 1850 roku, w 1943 roku oraz na początku lat dziewięćdziesiątych XX wieku.
Justyna Kuska, "Ołtarz główny Matki Boskiej Niepokalanie Poczętej", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-glowny-matki-boskiej-niepokalanie-poczetej