Data zachowana na bele tęczowej świątyni określa szczegółowy czas zakończenia prac nad polichromią: 1711 rok. Jednakże szczegółowa analiza stylistyczna wykonana przez Hannę Pieńkowską sugeruje, że polichromia w prezbiterium została wykonana znacznie wcześniej, być może w dwóch fazach. Pierwszą z pewnością rozpoczęto za życia księdza Sczechowicza (po 1656 roku), drugą kontynuowano z przerwami lub bez za życia jego następców. Polichromię poddano konserwacji w latach 1951-1952 pod kierunkiem profesora Józefa Edwarda Dutkiewicza, kolejną w latach 1986-1998 pod kierunkiem Teresy Pieniążek.
Polichromia ścienna prezbiterium pokrywa wszystkie ściany oraz strop tej części świątyni.
Polichromia ścienna stropu
Strop zdobiony jest malowanymi kasetonami, w których umieszczone są rozety na różnokolorowych tłach. W centrum ukazane są dwie prostokątne kompozycje, ujęte w ornamentalne ramy. Od wschodu znajduje się Zwiastowanie Zachariaszowi, powyżej inskrypcja: „NE TIMEAS ZACHARIA VXOR TVA PARIET TIBI / FILIVM ET VOCABIS NOMEN EIVS IOANNEM LUCAE 1”. W drugiej kompozycji przedstawiono Nawiedzenie z Najświętszej Marii Panny ze św. Zachariaszem i św. Józefem, powyżej inskrypcja: „EXVLTAVIT IN GAVDIO INFANS IN VTERO MEO LUCAE 1”.
Polichromia ścienna ścian prezbiterium
Dekoracje ścian o formie pasowej. W dolnej kondygnacji malowane iluzjonistycznie portrety świętych węgierskich w ornamentalnych ramach. Postacie ukazane do wysokości kolan, zwrócone trzy czwarte z odpowiednimi im atrybutami w dłoniach. Portrety opatrzone u góry łacińskimi opisami. Na ścianie północnej galerię otwiera wizerunek króla Stefana z napisem: „S(ANCTVS) STEPHANVS REX VNGARIAE, REGNVM SVVM DEIPARAE / DONAVIT OBIIT. 1038. 20 AVG(VSTVS) SEP. ALBERE 9.”. Następnie ukazani są kolejno: św. Emeryk „S(ANCTVS) EMERIGVS DVX VNGARIAE VT VIRGO MANERET, / A. CAELO PERSVASVS OBIIT. 1032. 5 nou. Sen. Albdvewas”, św. Władysław: „S(ANCTVS) LADISLAVS REX UNGARIAE ROSARIO ENSI OBVO/LUTO PVGNARE SOLITVS OBIIT 1097. 27. iun. Sep. varad.”. Po drugiej stronie prezbiterium umieszczone są cztery obrazy świętych o tych samych wymiarach, również opatrzone napisami. Od lewej strony kolejno: św. Salomon „S(ANCTVS) SALOMON REX VNGARIAE DEIN EREMITA VITAE / AVSTERITATE FLORVIT OBIIT 1077. 28. Sept. Sep. Pold. in Idria”, św. Kazimierz: „S(ANCTVS) CASIMIRVS ELECTVS REX VNGARIAE AMORE / SARVANDAE VIRGINITATIS OBIIT 1484 4. MARTII.”, św. Dawid: „S(ANTCVS) DAVID REX SCOTIAE, FILIVS S(ANCTA) MARGA/RITAE VNGARA MATRE NATAE OBIIT 1153”, św. Ludwik: „S(SANCTVS) LVDOVICVS TOLOSANVS EP. E MARIA / REGIS VNG. FILIA NATVS OBIIT 1297 19 Aug(ustvs)”. Cykl ten kończy przy ścianie tęczowej przedstawienie św. Gintera „S(ANCVS) GVNTHERVS EREM. S(ANCTVS) STEPHANI REGIS / VNGARIAE COGNATVS OBIIT 1045 9. oct.”. Dodatkowo w obrazy wpisane są zacheuszki w formie równoramiennych krzyży ujętych w medaliony utworzone z wieńca. W zamknięciu prezbiterium przedstawienia diabłów, a od zachodu pod amboną czyściec.
Kondygnacja druga o podziałach architektonicznych u dołu wydzielona cokołem, dekorowanym złotymi girlandami na czarnym tle. Prostokątne pola wydzielone za pomocą malowanych iluzjonistycznie kolumn korynckich dźwigających architraw zdobiony stylizowanym kimationem jońskim. Powyżej fryz wypełniony wicią akantową, pomiędzy którą wplecione są kartusze z przedstawieniami świętych. W polach, pomiędzy kolumnami wielofigurowe kompozycje ze scenami z życia św. Jana Chrzciciela: Głos wołającego na pustyni „TV QVIS ES VOX CLAMANTIS IN DESERTO IOANN(IS) 1.”, Oto Baranek Boży „ECCE AGNVS DEI ECCE QVI TOLLIT PECCATVM MVNDI IOANN. IMÕ.”, Chrzest Jezusa w Jordanie „IESVS BAPTISTAVS EST A IONNE IN IORDANE MARCI. 1.”, Św. Jan Chrzciciel napomina Heroda „DICEBAT IOANNES HERODI NON LICET TIBI HABERE VXOREM FRATRIS TVI. MARCI 6,19.”, Św. Maria Magdalena pokutująca na pustyni, Św. Jan Chrzciciel na pustyni, Św. Jan Chrzciciel wtrącony do więzienia „HERODES TENVIT IONNEM ET VINXIT EVM IN CARCERE MAR 67o”, Kat podaje głowę św. Jana Chrzciciela Salome „DECOLLAVIT EVM IN CARCERE ET DEDIT CAPVT PVELLAE MAR.6.(?)”, Uczta Heroda „HERODES NATALIS SVI COENAM FECIT PRINCIPIBVS MAR. 6 10.”, Salome podaje głowę św. Jana Chrzciciela matce „CAPVT EIVS PVELLA DEDIT MATRI SVE M. 61”.
W ostatniej, trzeciej strefie, umieszczonej w partii fryzu znajdują się medaliony. Na ścianie tęczowej, następnie na ścianie północnej i południowej ukazani są kolejno: św. Maciej „SA[N]CTVS / MATTHIAS”, Chrystus „IESVS / CHRISTVS”, św. Piotr „SANCTVS / PETRVS”, św. Szymon „SANCTVS / SIMON”, św. Andrzej „SANCTVS / ANDREAS”, św. Jakub Większy „S(ANCTVS) IACOBI / MAIORI”, św. Jan „(?)”, św. Filip „(?)”, św. Bartłomiej „SANCTVS / BARTHOLO/MAVS”, św. Tomasz „SANCTVS / THOMAS”, św. Mateusz „SANCTVS / MATTHAEVS”, św. Jakub Mniejszy „S(ANCTVS) IACOBVS / MINOR” i św. Juda Tadeusz „S(ANCVS) IVDA / THADEVS” na ścianie tęczowej od południa. Na belce tęczowej, od strony prezbiterium w wieńcu laurowym napis: „PICTVM / A[NNO] D[OMINI] 1711”.
Treść malowideł przedstawia sceny z życia św. Jana Chrzciciela, które umieszczone są w prezbiterium, ale również w nawie, a także medaliony z Chrystusem, apostołami oraz wizerunki świętych czczonych na Węgrzech, herby cesarza Ferdynanda III i arcybiskupa Jerzego Lippay'a de Zongor oraz rodu Moniaków, kasetony z rozetami, motywy liściasto-kwiatowe i festony owocowe. Jest to polichromia barokowa o widocznych jeszcze wpływach renesansu. Umieszczone herby świadczą o jej fundatorach i protektorach. Pierwszy, dwugłowy orzeł austriacki reprezentuje cesarza Ferdynanda III, drugi należy do arcybiskupa Jerzego Lippay de Zongor, a trzeci do orawskiego rodu Moniaków. Głównym tematem polichromii ściennej w Orawce jest historia św. Jana Chrzciciela, patrona kościoła. Ponadto ściany zdobi bogata galeria królów, biskupów i świętych, czczonych na Węgrzech od XI do początku XVII wieku. Polichromia wnętrza kościoła odzwierciedla ówczesną sytuację historyczno-polityczną tych ziem. Uwzględnia zwłaszcza politykę cesarską tego okresu, której celem było utwierdzanie katolicyzmu na ziemiach słowackich i przygranicznych, co potwierdza umieszczony na polichromii herb cesarski oraz tematyka przedstawień. Natomiast zastosowany system kompozycyjny wnętrza nawiązuje do systemu powstałego jeszcze w połowie XVII wieku, który po raz pierwszy wystąpił w dekoracji malarskiej kościoła w Trybszu w 1647 roku. System ten charakteryzuje się większą swobodą i malarskością wykonania niż w starszych malowidłach ściennych kościołów drewnianych. O nowym etapie malarstwa ściennego świadczy wprowadzenie wielkich kompozycji figuralnych, co można wytłumaczyć oddziaływaniem kontrreformacji, zwłaszcza poprzez rozwinięcie treści dydaktycznych w scenach adoracji Matki Boskiej z Sądu Ostatecznego (w nawie). Ponadto w układzie kompozycji zastosowano nowy podział o charakterze architektonicznym (poszczególne sceny lub postacie odgradzane kolumnami, od góry zamknięte belkowaniem). Również sposób malowania uległ zmianie. Duże płaszczyzny są malowane wyraziście o intensywnej skali barwnej. Pojawia się modelowanie czernią i brązami. Są jednak również elementy tej polichromii nawiązujące jeszcze do renesansu: sceny u góry zamknięte są pasem dekoracyjnym, złożonym z motywów roślinnych, rozet i medalionów. Pod dolną ramą zawieszone są festony kwiatowe oraz konsole podpierające kolumny. Z kolei sceny z życia św. Jana Chrzciciela rozgrywają się na tle idealistycznego krajobrazu lub wnętrz. Postacie są traktowane wręcz płaszczyznowo, schematycznie, ustawione z przodu scenerii. Z kolei postacie królów węgierskich i świętych w prezbiterium zostały ukazane idealistycznie, mimo zróżnicowania ich ubiorów i emblematów. Czas powstania polichromii lokuje ją między polichromią kościoła w Trybszu z 1647 roku, a dekoracją malarską kościoła w Milkuszowicach z 1725 roku. Pierwsza posiada cechy renesansowe, a druga wyraźnie już późnobarokowe. Podsumowując można stwierdzić, że polichromia w Orawce leży na pograniczu tych dwóch okresów stylowych.
Polichromia ścienna kościoła została wykonana przez nieznanych malarzy, w kilku etapach, przyjmuje się że w latach od 1656 do 1711 roku. Najważniejsze malowidła to 14 obrazów ukazujących sceny z życia św. Jana Chrzciciela. Drugi cykl polichromii obejmuje 49 wyobrażeń świętych i błogosławionych związanych z historią chrześcijaństwa na Węgrzech: 4 królów, 2 królewiczów obok ołtarza, 11 biskupów i św. Gunter na dole ścian prezbiterium, kolejnych 15 świętych i błogosławionych (zakonnicy, męczennicy i pustelnicy) pod prospektem organowym w nawie na ścianie północnej i na chórze na ścianie zachodniej, a na zaskrzynieniu stropu w nawie, pod sufitem, 16 świętych kobiet. Tę część polichromii wykonano prawdopodobnie w roku 1711, bowiem taka data widnieje na belce tęczowej. Kolejny cykl polichromii to Dekalog, namalowany na prospekcie chóru. Ukazuje on zachowanie lub łamanie przykazań. Są to obrazki wzięte z życia chłopów, mieszczan, drobnej szlachty i dworu w XVII/ XVIII wieku. Polichromia tym cenniejsza, że jest to pierwsze przedstawienie stroju orawskiego. W sześciu scenach wyobrażono również diabła.
Maria Działo, "Polichromia ścienna prezbiterium", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/polichromia-scienna-prezbiterium-1