Data zachowana na bele tęczowej świątyni określa szczegółowy czas zakończenia prac nad polichromią: 1711 rok. Jednakże szczegółowa analiza stylistyczna wykonana przez Hannę Pieńkowską sugeruje, że polichromia w prezbiterium została wykonana znacznie wcześniej, być może w dwóch fazach. Pierwszą z pewnością rozpoczęto za życia księdza Sczechowicza (po 1656 roku), drugą kontynuowano z przerwami lub bez za życia jego następców. Polichromię poddano konserwacji w latach 1951-1952 pod kierunkiem profesora Józefa Edwarda Dutkiewicza, kolejną w latach 1986-1998 pod kierunkiem Teresy Pieniążek. W latach 2003-2004 konserwację polichromii wykonano pod kierownictwem Krystyny Sokół Gujdy.
Polichromia ścienna nawy pokrywa wszystkie ściany oraz strop tej części świątyni. Polichromia figuralno-ornamentalna. W łuku tęczowym fryz podstropowy, wypełniony ornamentem w formie schematycznej, stylizowanej wici roślinnej, ujętej na krańcach uskrzydlonymi główkami anielskimi, umieszczonymi w medalionach. Poniżej fryzu, po lewej herb cesarski, ujęty w wieniec laurowy, w tle pejzaż; po przeciwnej stronie, zwieńczony insygniami biskupimi, herb biskupa Jerzego Lippay de Zongor – dwa lwy, ustawione antytetycznie przy ukoronowanej kolumnie.
Na północnej ścianie nawy do wysokości jednej trzeciej ściany pas kwater z wizerunkami świętych, ujętymi w obramienia, utworzone z ornamentu w formie silnie stylizowanej wici roślinnej. Pola pomiędzy kwaterami wypełnione schematycznym ornamentem geometryczno-figuralnym, złożonym ze skręconej wici roślinnej oraz główek anielskich. Od strony prezbiterium kolejno przedstawienia opatrzone następującymi podpisami:
„S(NCTVS) ADREAS ZOREARBUS EREMITA NITRAE / ET TRENCHINII 27 XIV LY ANNO 1609”;
„B. MATHEAI ESCANDELI NATUS BUDAE MARTIRIO AFFE/CTUS in Sinis quo infide infidelum convertendorum causa penefravit”;
„B. SADOCH ORD. PRAED. A. S. DOMINICO in UNGARIAM/ MISSUS EGREGIE LABORAVIT MARTYRIO affectus 1260. 3. Iunii”;
„S(ANCTVS) COLOMANUS MS. MARGARITAE REGINAE SCOTIAE UNGARA/ MATRE NATAE FILIUS SUSPENSUS STOKARAVIAE COLIT 13 oct.”;
„S(ANCTVS) CAPISTRANI ORD. S. FRAC. TURCAS BELRADO FUGAVIT/ UNG. Ufilissim[us] obit 1455 23 Od. Viilaci in Ung. Sepult[us].”;
„S(ANCTVS) PETRUS THOMASIUS CARMELITA AT LUDOVICUM/ UNG. REGEM NUNTI[US] APOSTOL. De pace cum Venetis egit obit 29 9 1367”.
Kontynuacja przedstawień na ścianie zachodniej:
„B. IACOBUS PICENUS ORD. S. FRANC. S. CAPISTRANI IN UNG./ COAPOSTOL[US] MULTOS AD CHRISTI FIDEM CONVERTIT”;
„S(ANCTVS) IOANNES NEPOMUCN.”.
W górnej partii ściany północnej scena wielofiguralna: Św. Jan Chrzciciel nauczający w otoczeniu tłumu. W tle pejzaż z drzewami i zarysowanym na najdalszym planie masywem górskim. Ponad przedstawieniem napis: „VENIT IN OMNEM REGIONEM PRAEDICANS BAPTISMUM POENITENITIAE LUCAE 3.”. Do sceny kazania św Jana Chrzciciela przylega środkowy rząd wizerunków świętych. Cztery pierwsze przedstawienia znajdują się na ścianie północnej i biegną w kierunku chóru muzycznego:
„B. BERTHODEUS (…) 17 DECE”;
„B. IOANNES DOMINICI ORD. PRAED. EP. Et. CARDIN ad. SIGISMUN. UN. BEC. NUNT. APOTOLIC. BUDAE obiit (…) 1418” [w lewym górnym rogu odnotowane białą farbą informacje o kolejnych konserwacjach polichromii];
„B. ANTONIUS UNGARUS ORD. FRANC. FULGINII/IN OBSEQUIO INFIRMORUM ob. 1398. 13 May.”;
„B. MATHAEUS ESCANDELI NATUS BUDA MARTIRIS AFFECTUS IN SINIS QUO INFIDELIUM…”.
Nad chórem muzycznym, na ścianie zachodniej znajdują się kolejne cztery wizerunki z tego cyklu:
„B. MURITIUS CSAKY ORD. PRAED AMORE IN DEIPURAM MIRACU/LIS CLARUS obiit laurmi 1336 20. Mar. [.]oii Ferr.”;
„B. MAURUS EX MANASTETRIO S. MARTINI /ORD. S. BENED. EPISC. QUINQUE ECCLESIENS in UNGARIA”;
„S(ANCTVS) BENEDICTUS MAR. EREMITA PROPE TRENCHINIUM/IN VASUM MERSUS COLITUR IM aii”;
„B. EUSEBIUS CANONICO STRIGOMI PRIMUS/PROVINCIALIS ORA: S. PAULI primi Erem: obit 1270. 20. Ian.”.
Ostatnie dwa wizerunki na ścianie południowej nad chórem muzycznym, kolejno od strony ściany tęczowej:
„S(ANCTVS) ASTRICQ ARCHIEN. COLOCENS. IN UNGARIA ORD./ s. BENEDICTI OBIIT. AN. 1034. 12 Novembris”;
„S(ANCTVS) PAULUS UNGARUS PRIMUS ORD. PRAED./ UNGARIA PROVINCIALIS MARTIRIO affectis”.
Na podniebiu zaskrzynienia kontynuacja cyklu hagiograficznego. Od łuku tęczowego, wizerunki umieszczone są między elementami ornamentacyjnym, opatrzone następującymi podpisami:
„B. GISELA S. STEPH. R. / U. CONIUX Ob. 1036”;
„S(ANCTVS) ESABETH ANDR. U. FI/LIA DUCISS THURINN ob. 1226”;
„B. GERTRUDIS V. FILIA/ S. ELISABETHAE THURING”;
„B. ELISABETH HELVETA AN/ DR III R.U. FILIA ob. 1338 6 mai”;
„B. HELENA V. ORD. PRAEDIC. OB. BUD. AN. 1720 9 nov.”;
„S(ANCTVS) MARGHARITA REGINA SCOTIAE NATA IN UNGARIA TEMORAE S. SALAMONIS”;
„B. ELISABETHU. Ord. Praed S. STEPHANI UNG. REGIS. FILIA OBIIT CIV. Anno 1285 6 martii”;
„S(ANCTA) URSULA CUM 11 000 VIRGINUM AB ATTILA INTERFECTA 1383 21 Oct.”.
Na podniebiu zaskrzynienia nad ścianą południową kontynuacja cyklu, od tęczy:
„B. MARGARITA FILIA BELAE 4 R. V. Ob. 1273. 28 Ian.”;
„B. CUNEGUNDUDIS V. BELAE IV REG FILIA Ob. 1292. 24. 1.”.
Na ścianie południowej w dolnym pasie malowideł od strony tęczy scena figuralna z przedstawieniem św. Anny nauczającej Marię, a następnie scena piekła z przedstawieniem męki grzeszników w wypełnionej płomieniami paszczy Lewiatana. W górnej partii scena przedstawiająca pogrzeb Jana Chrzciciela. Przestrzenie wokół tego malowidła i okien szczelnie wypełnione ornamentem w formie schematycznej wici roślinnej. Drzwi pokryte dekoracją ornamentalną analogiczną do tej w przestrzeniach między obrazami w dolnym rzędzie cyklu świętych na ścianie północnej. Fryz przystropowy w całości dekorowany analogicznie jak w łuku tęczowym.
Na stropie kontynuacja cyklu ze scenami z życia Jana Chrzciciela, rozpoczynającego się w prezbiterium. Dwa obrazy w formie prostokątów, ujęte w malowane ramy, utworzone z ornamentu złożonego z wici roślinnej i stylizowanych rozetek. Pierwsza od tęczy wielopostaciowa scena narodzin Jana Chrzciciela, w górnej partii opatrzona napisem: „QUIS PUTAS PUER ISTE ERITE IOANNES EST NOMEN EIUS LUCAE 1.”. Bliżej chóru przedstawienie Jana Chrzciciela, nauczającego na puszczy, opatrzona podpisem: „ERAT IN DESERTIS USQUE IN DIEM OSTENSIONIS SUAE LUCAE 1.”. Obrazy ujęte w iluzjonistycznie malowane kasetony z rozetami w środku. Podziały kasetonowe zaznaczone listewkami, dekorowanymi rozetkami. Pod amboną niewielkich rozmiarów malowidło, przedstawiające siedem postaci pokutujących w czyśćcu i anioła. Scena zwieńczona monogramem IHS.
Treść malowideł przedstawia sceny z życia św. Jana Chrzciciela, które umieszczone są w prezbiterium, ale również w nawie, a także medaliony z Chrystusem, apostołami oraz wizerunki świętych czczonych na Węgrzech, herby cesarza Ferdynanda III i arcybiskupa Jerzego Lippay'a de Zongor oraz rodu Moniaków, kasetony z rozetami, motywy liściasto-kwiatowe i festony owocowe. Jest to polichromia barokowa o widocznych jeszcze wpływach renesansu. Umieszczone herby świadczą o jej fundatorach i protektorach. Pierwszy, dwugłowy orzeł austriacki reprezentuje cesarza Ferdynanda III, drugi należy do arcybiskupa Jerzego Lippay de Zongor, a trzeci do orawskiego rodu Moniaków. Głównym tematem polichromii ściennej w Orawce jest historia św. Jana Chrzciciela, patrona kościoła. Ponadto ściany zdobi bogata galeria królów, biskupów i świętych, czczonych na Węgrzech od XI do początku XVII wieku. Polichromia wnętrza kościoła odzwierciedla ówczesną sytuację historyczno-polityczną tych ziem. Uwzględnia zwłaszcza politykę cesarską tego okresu, której celem było utwierdzanie katolicyzmu na ziemiach słowackich i przygranicznych, co potwierdza umieszczony na polichromii herb cesarski oraz tematyka przedstawień. Natomiast zastosowany system kompozycyjny wnętrza nawiązuje do systemu powstałego jeszcze w połowie XVII wieku, który po raz pierwszy wystąpił w dekoracji malarskiej kościoła w Trybszu w 1647 roku. System ten charakteryzuje się większą swobodą i malarskością wykonania niż w starszych malowidłach ściennych kościołów drewnianych. O nowym etapie malarstwa ściennego świadczy wprowadzenie wielkich kompozycji figuralnych, co można wytłumaczyć oddziaływaniem kontrreformacji, zwłaszcza poprzez rozwinięcie treści dydaktycznych w scenach adoracji Matki Boskiej z Sądu Ostatecznego (w nawie). Ponadto w układzie kompozycji zastosowano nowy podział o charakterze architektonicznym (poszczególne sceny lub postacie odgradzane kolumnami, od góry zamknięte belkowaniem). Również sposób malowania uległ zmianie. Duże płaszczyzny są malowane wyraziście o intensywnej skali barwnej. Pojawia się modelowanie czernią i brązami. Są jednak również elementy tej polichromii nawiązujące jeszcze do renesansu: sceny u góry zamknięte są pasem dekoracyjnym, złożonym z motywów roślinnych, rozet i medalionów. Pod dolną ramą zawieszone są festony kwiatowe oraz konsole podpierające kolumny. Z kolei sceny z życia św. Jana Chrzciciela rozgrywają się na tle idealistycznego krajobrazu lub wnętrz. Postacie są traktowane wręcz płaszczyznowo, schematycznie, ustawione z przodu scenerii. Z kolei postacie królów węgierskich i świętych w prezbiterium zostały ukazane idealistycznie, mimo zróżnicowania ich ubiorów i emblematów. Czas powstania polichromii lokuje ją między polichromią kościoła w Trybszu z 1647 roku, a dekoracją malarską kościoła w Milkuszowicach z 1725 roku. Pierwsza posiada cechy renesansowe, a druga wyraźnie już późnobarokowe. Podsumowując można stwierdzić, że polichromia w Orawce leży na pograniczu tych dwóch okresów stylowych.
Z głęboką wymową ideową polichromii ściennej nawy i prezbiterium kontrastują przedstawienia ukazane na parapecie chóru muzycznego. Dziesięcioro przykazań zostało ukazanych w scenach ilustrujących miejscowe zwyczaje i obyczaje. Uwagę skupia typizacja i uproszczenia połączone z linearyzmem przedstawień i podkreśleniem płaszczyznowości koloru. Dekalog ilustrowany jest zdarzeniami wziętymi z codziennego życia górali, tylko kilka scen rozgrywa się w świecie mieszczańskim, a jedno przykazanie w świecie dworskim. Czas powstania tych scen jest nieznany.
Polichromia ścienna kościoła została wykonana przez nieznanych malarzy, w kilku etapach, przyjmuje się że w latach od 1656 do 1711 roku. Najważniejsze malowidła to 14 obrazów ukazujących sceny z życia św. Jana Chrzciciela. Drugi cykl polichromii obejmuje 49 wyobrażeń świętych i błogosławionych związanych z historią chrześcijaństwa na Węgrzech: 4 królów, 2 królewiczów obok ołtarza, 11 biskupów i św. Gunter na dole ścian prezbiterium, kolejnych 15 świętych i błogosławionych (zakonnicy, męczennicy i pustelnicy) pod prospektem organowym w nawie na ścianie północnej i na chórze na ścianie zachodniej, a na zaskrzynieniu stropu w nawie, pod sufitem, 16 świętych kobiet. Tę część polichromii wykonano prawdopodobnie w roku 1711, bowiem taka data widnieje na belce tęczowej. Kolejny cykl polichromii to Dekalog, namalowany na prospekcie chóru. Ukazuje on zachowanie lub łamanie przykazań. Są to obrazki wzięte z życia chłopów, mieszczan, drobnej szlachty i dworu w XVII/ XVIII wieku. Polichromia tym cenniejsza, że jest to pierwsze przedstawienie stroju orawskiego. W sześciu scenach wyobrażono również diabła.
Maria Działo, "Polichromia ścienna nawy", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/polichromia-scienna-nawy-1