W księdze wydatków na budowę w roku 1894 zapisano zapłatę „rzeźbiarzowi za ołtarz”. W tym samym roku zamówiono do ołtarza obraz oraz relikwiarz, a także udano się w „podróż do Kent (Kęt) po szkło i rzeźby”. Dalej w tym roku opłacono pracownika, który pomagał przy składaniu ołtarza, a Andrzej Krzesowiak wykonał do niego „futrzyny”. W 1925 roku ołtarz został pokryty pokostem i polakierowany. W 1930 roku został pozłocony przez Jana Świebodę z Krakowa, który złocił wcześniej sale w zamku na Wawelu. W 1959 roku uzupełniono tabernakulum o metalowy wkład pozłacany wewnątrz i z zewnątrz. W 1950 oraz między 1980 a 2000 rokiem ołtarz był odnawiany.
Nastawa ołtarzowa architektoniczna, trójosiowa, jednokondygnacyjna ze zwieńczeniem i predellą. Mensa skrzyniowa, prostopadłościenna. Antepedium z profilowaną płyciną, w centrum medalion z monogramem IHS i gorejącym sercem w glorii. Medalion ujęty profilowanymi płycinami o krawędziach wklęsłych od strony medaliony. Predella wysoka trójdzielna, boczne płyciny dekorowane fryzem arkadkowym ostrołukowym, przed środkową ustawione tabernakulum. W pierwszej kondygnacji retabulum trzy nisze prostokątne zamknięte od góry wimpergą. Środkowa nisza wyższa i szersza od bocznych, rama dekorowana astwerkiem, zwieńczenie łuku wypełnia ażurowy ornament ostrołukowy złączony gałązkami wyschniętej wici. Boczne nisze zdobione ażurowym ornamentem ostrołukowym i żabkami, szczyty wypełniają pola z łukiem trójlistnym ostrym oraz pas dekoracji z rombów wypełnionych motywem czteroliścia. Boczne nisze zwieńczone ustawionymi skośnie ażurowymi kapliczkami z pinaklami, zdobionymi żabkami i kwiatonami. W środkowej niszy obraz z przedstawieniem św. Anny z Marią i Jezusem, w bocznych figury św. Piotra i św. Pawła. W zwieńczeniu bardzo rozbudowana ażurowa kapliczka z niszą z rzeźbionym przedstawieniem Trójcy Świętej. Oprawa tabernakulum trójosiowa, na wysokim cokole zamkniętym wydatnym gzymsem oraz fryzem z astwerkiem; osie boczne cofnięte. Cokół dekorowany esownicami z akantem, boczne różami. Na osi środkowej tabernakulum o groszkowanych drzwiczkach w formie stojącego prostokąta z aplikowanymi kielichem z hostią oraz flankującą go winną latoroślą. Na osiach bocznych blendy z płaskorzeźbionym motywem roślinnym.
Struktura brązowa, niektóre detale malowane na zielono, ornamenty, profile i kolumny złocone; mensa malowana na biało, ze złoconymi profilami.
Ołtarz główny św. Anny powstał niemal jednocześnie z bryłą budowli i tak jak ona został wykonany w stylu neogotyckim. Można to odnieść do popularnej w dobie nowożytnej idei Gesamtkunstwerk, a więc chęci ujednolicenia stylistycznego i wzajemnego dopełnienia się elementów architektury, wyposażenia i ich oddziaływania na widza. W stylu neogotyckim czerpano ze wzorów średniowiecznych – gotyckich, powielając lub wykorzystując dawne formy oraz ornamenty, tworząc nową całość. W trójosiowym ołtarzu bocznym złożono razem takie gotyckie elementy, jak ażurowe wieżyczki zwieńczone pinaklami, dekorujące je kwiatony oraz żabki, łuki ostre oraz o zamknięciu trójlistnym, czy maswerki. Liczne detale podkreślono złoceniem, co jeszcze dodało ołtarzowi ozdobności. Wraz z wypełniającym go obrazem oraz figurami ołtarz jest dobrym przykładem rzemieślniczej twórczości XIX wieku. Tabernakulum zostało wykonane w latach pięćdziesiątych XX wieku. Podziałami, kolorem oraz formą ostrych łuków nawiązuje do ołtarza, jednak wypełniające nisze fantazyjne motywy dekoracyjne zdradzają, że jest to już dzieło późniejsze.
W 1950 oraz między 1980 a 2000 rokiem ołtarz był odnawiany.
Ołtarz główny św. Anny w kościele w Stryszawie powstał niemal jednocześnie z bryłą budowli i tak jak ona został sporządzony w stylu neogotyckim. Jego autorem jest Stanisław Jarząbek z Kęt, który wykonał również oba boczne ołtarze.
Agata Felczyńska, "Ołtarz główny św. Anny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-glowny-sw-anny-1