Ołtarz główny był konsekrowany 5 września 1855 przez biskupa tarnowskiego Józefa Pukalskiego i wówczas złożono w nim relikwie św. Klemensa i św. Innocentego.
W 1960 roku sprawiono do kościoła nowe antepedium przed wielki ołtarz, które wyhaftowały siostry felicjanki w Krakowie.
W inwentarzu kościoła parafialnego i probostwa z 1961 roku zapisano, że 1958 roku firma brązowniczo-artystyczna Grzegorza Uruszczaka w Krakowie wykonała nowe tabernakulum na wzór starego.
W 1967 ksiądz kanonik Jan Hojdys przeprowadził renowację obrazu Matki Boskiej, będącego kopią obrazu rychwałdzkiego. W latach 1987-1988 prace konserwatorskie przy ołtarzu głównym prowadziły Zofia Stawowiak i Halina Jaworska.
Nastawa ołtarzowa architektoniczna, dwukondygnacyjna, z bramkami, na podwójnym cokole. Pierwsza kondygnacja trójosiowa, ujęta dwiema parami kolumn o kapitelach korynckich, dźwigających pełne belkowanie wyłamane na ich osi i przerwane w partii pola środkowego, nad którym gzyms przyjmuje formę łuku odcinkowego. Na osi środkowych kolumn przerwany, falisty przyczółek. Pole obrazowe w formie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem nadwieszonym, w nim obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem (na zasuwie Matki Boskiej Niepokalanie Poczętej) w profilowanej ramie; w podłuczu stylizowany, dekorowany kwiatami monogram Maryjny; u spodu lambrekin. Druga kondygnacja jednoosiowa, ujęta parą kolumn o kapitelach korynckich, dźwigających pełne belkowanie wyłamane wielokrotnie na ich osi oraz przerwany, falisty przyczółek. W drugiej kondygnacji obraz św. Piotra i św. Pawła w ramie dekorowanej stylizowanym akantem z elementami małżowiny oraz wieńcem; zwieńczonej rozetą z liśćmi akantu. Pole obrazowe ujęte suchym akantem oraz parą festonów z owocami. Zwieńczenie w kształcie glorii promienistej z gołębicą Ducha Świętego na tle obłoków. Cokół dekorowany uskrzydlonymi główkami anielskimi i akantem. Fryz zdobiony rozetami i suchym akantem oraz pasem akantu z elementami małżowiny. Pierwsza kondygnacja ujęta uszami w formie wolut z elementami roślinnymi i kwiatami. Na przerwanym przyczółku siedząca para puttów; na gzymsie figury św. Wojciecha i św. Stanisława biskupa. Fryz dekorowany ornamentem roślinnym oraz pasem akantu z elementami małżowiny na osi kolumn oraz rozetami w centrum. Druga kondygnacja ujęta uszami w formie cęgów przeplatanych gałązką różaną. Na gzymsie w centrum postument zdobiony winną latoroślą, na nim wazon z elementami roślinnymi. Na przerwanym przyczółku para puttów. Podstawę dla glorii tworzy suchy akant. Ołtarz z kamienną mensą. Antepedium w formie ramy z płaskorzeźbionym przedstawieniem Ostatniej Wieczerzy. Ołtarz w drewnianej obudowie, ujęty spływami wolutowymi dekorowanymi kogucim grzebieniem, zakończony podwójnym parapetem. Tabernakulum o falistej, wypukłej ścianie frontowej; ujęte pilastrami w formie spływów wolutowych dekorowanych kogucim grzebieniem, dźwigającymi profilowany gzyms, wyłamany na ich osi z palmetą w centrum. Drzwiczki w formie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem nadwieszonym z apliką w postaci kielicha z hostią w glorii; ujęte rocaille'm. Tron wystawienia w formie niszy flankowanej kolumnami na cokołach o żłobkowanych trzonach, dźwigających imposty. Całość zamknięta wybrzuszonym gzymsem. W konsze rozeta w otoczeniu liści. Tron ujęty uszami w postaci cęgów przeplatanych gałązkami różanymi. Po bokach ołtarza bramki zamknięte przeciwstawnie zwróconymi wolutami dekorowanymi uskrzydlonymi główkami anielskimi. Przejścia w formie prostokąta zamkniętego trójbocznie, dekorowanego podwójną listewką; na końcach bramek dwie figury św. Wawrzyńca i św. Szczepana.
Nastawa marmoryzowana na kolor niebieski, z czerwonymi elementami oraz złoconymi i srebrzonymi detalami architektonicznymi i ornamentyką; tabernakulum złocone i srebrzone, miejscami marmoryzowane na kolor niebieski; kolumienki szare.
Ołtarz wykonano w XIX wieku, jednak jego forma nawiązuje wyraźnie do sztuki późnego baroku. Wykorzystano strukturę wykształconą w epoce nowożytnej, konstruując nastawę dwukondygnacyjną, z obrazem w polu środkowym pierwszej kondygnacji i mniejszym obrazem w polu drugiej kondygnacji. Ołtarz flankują kolumny, a w zwieńczeniu umieszczono glorię promienistą. Dodatkowo belkowanie wyłamuje się i wybrzusza, a flankujące pierwszą kondygnację kolumny ustawione są w różnej odległości od widza, wzmacniając dynamizm struktury.
Ołtarz można zatem określić wciąż jako późnobarokowy i wskazać jako przykład sztuki prowincjonalnej, charakteryzującej się długim zapóźnieniem form, aż po początek XIX wieku, czyli około wiek dłużej. W strukturę wpleciono detale już stricte dziewiętnastowieczne, np. rozwinięte kwiaty wkomponowane w uszaki nastawy. Dekorujące zwieńczenie anioły stanowią przykład sztuki ludowej, cechuje je uproszczona budowa ciała, schematyczne ujęcie twarzy oraz sztywna poza.
Nastawa: bardzo dobry, zabrudzenia.
Ołtarz, bramki: dobry, zabrudzenia i ubytki w strukturze polichromii.
Dziewiętnastowieczny ołtarz główny kościoła w Lachowicach reprezentuje styl późnobarokowy i jest przykładem długiego trwania form późnobarokowych w sztuce prowincjonalnej. W jego strukturę włączone są detale wskazujące na inspiracje sztuką XIX wieku oraz ludową.
Agata Felczyńska, "Ołtarz główny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-glowny-3