Pierwszy kościół w tym miejscu był wzmiankowany w drugiej połowie XI wieku lub, według innych źródeł, w latach 1325-1327. Obecna budowla została wzniesiona oraz wyposażona na początku XIX wieku i konsekrowana w 1825 roku. Powstała na fundamentach znajdującej się wcześniej w tym miejscu gotyckiej świątyni, zniszczonej pożarem w 1682 roku oraz wstrząsami podziemnymi będącymi efektem prac górniczych. Rozebrano ją ostatecznie w 1786 roku. Ze starej budowli pozostawiono jedynie fragment prezbiterium wraz z przylegającą, podniszczoną kaplicą Morsztynów oraz wolnostojącą dzwonnicę. Wspomniana kaplica jest budowlą grobową bachmistrza wielickiego i starosty kowalskiego Władysława z Raciborska Morsztyna (zm. 1689). Została wzniesiona po jego śmierci przez żonę Barbarę z Moskorzowskich. Projekt budowli wykonał jezuita Jan Ignacy Delamars (1655/56-1719), rezydujący w domu zakonnym św. Barbary w Krakowie. Ozdobienia wnętrza sztukaterią podjął się Baltazar Fontana wraz z Pakoszem Trebello, którzy ukończyli prace przed 1703 rokiem. W tym samym czasie z warsztatów kamieniarskich w Czernej koło Krzeszowic dostarczono marmurową posadzkę oraz stopnie pod ołtarz, później również elementy dwóch mauzoleów z czterema figurami. Kaplica była już w tym czasie wyposażona w drewniany ołtarz pod wezwaniem św. Piotra i Pawła dekorowany figurami tych świętych oraz rzeźbą Matki Boskiej Niepokalanie Poczętej. Zwieńczenie wypełniał obraz z przestawieniem św. Barbary i św. Władysława. Mała architektura stała na posadzce z kolorowych marmurów. Od strony zewnętrznej kopułę kaplicy pokryto blachą miedzianą zdobioną inicjałami małżeństwa Morsztynów. Pod koniec XVIII wieku wyposażenie zniszczono lub zrabowano oraz zerwano pokrycie kopuły. Na początku 1800 roku cesarz Franciszek II zezwolił na odbudowę kościoła, która obejmowała również remont kaplicy. Kierownikiem budowy został Maciej Lebzeltern, a dozór pełnił Jan Konopnicki. Zadecydowano, że nowa świątynia będzie równie duża jak poprzednia, lecz aby zmniejszyć koszty zastosowano uproszczone rozwiązania architektoniczne – zamiast sklepienia wybudowano drewniany strop oraz zrezygnowano z pilastrów. Projekt przygotował Karol Höfern, budowniczy cyrkułu bocheńskiego. Budowę kościoła przeprowadzono w latach 1804-1806 za pieniądze saliny, miasta Wieliczki oraz 20 gmin należących do parafii. W 1806 roku ukończono większość prac, jednak ponieważ przekroczono znacznie założony budżet, dach nakryto jedynie gontem. Parafia postarała się o dodatkowy kredyt w Wiedniu, aby kontynuować budowę, którą w 1808 roku i tak wstrzymały działania wojsk napoleońskich. Około 1813 roku wykończono i wyposażano wnętrze – zamówiono organy w lwowskiej firmie Kramkowskiego, budowniczy salinarny Wolfgang Pätsch wykonał kosztorysy i projekty ołtarzy i konfesjonałów. W latach 1813-1816 nie prowadzono prac, zakupiono jedynie zegar wieżowy u wspomnianego już wykonawcy organów. 4 kwietnia 1825 biskup tyniecki Grzegorz Tomasz Ziegler konsekrował ukończoną świątynię. W 1830 roku naprawiono dach, równolegle remontowano kaplicę Morsztynów. W jej wnętrzu umieszczono dwa ołtarze: pochodzący z dawnego wyposażenia ołtarz Matki Boskiej Częstochowskiej oraz ołtarz Ducha Świętego i św. Piotra i Pawła, który został przeniesiony z kościoła Ducha Świętego prawdopodobnie w latach trzydziestych XIX wieku. Pierwszy zastąpiono potem neobarokowym ołtarzem Matki Boskiej Bolesnej i umieszczono naprzeciwko niego nowy ołtarz Dzieciątka Jezus. W kolejnych latach odnowiono wieżę, organy oraz skarbiec. W 1845 roku nowo wybrany proboszcz Józef Mosler zainicjował budowę ołtarzy bocznych, które wykonano za pieniądze cieśli salinarnych i ustawiono w 1849 roku. Kolejny proboszcz Stanisław Osuchowski wystawił osiem nowych ołtarzy oraz umieścił figury ewangelistów w niszach kaplicy Morsztynów. W 1856 roku wzniesiono nowy ołtarz główny, cztery lata później ambonę. W tym samym czasie naprawiono dach, pobielono ściany i odnowiono posadzkę. W 1863 roku podwyższono hełm wieży, aby poprawić proporcje kościoła. W latach siedemdziesiątych dostawiono trzy ołtarze. W latach 1881-1885 proboszczem parafii był Zygmunt Golian, który mimo krótkiego urzędowania wpłynął znacząco na wygląd świątyni. Zaczął od przebudowy dachu z czterospadowego na dwuspadowy, następnie podwyższył wieżę i dobudował kruchtę od południa. W czasie jego służby poszerzono dwa okna obok głównego ołtarza, pomalowano prezbiterium oraz położono w nim nową, czarno-białą, marmurową posadzkę. Zamurowano dwa okna oratorium (obecnie skarbca). W nawie głównej powiększono okna i wstawiono w nie witraże. W 1883 roku ukończono na ścianach kościoła freski, do których projekty wykonał Józef Pochwalski. Anioły na froncie łuku tęczowego pomógł mu zaprojektować proboszcz parafii. Sztukaterie wykonał Adolf Siostrzonek. Przebudowano ołtarz główny, któremu dodano obraz św. Klemensa oraz sprowadzoną z Paryża figurę Matki Boskiej z Lourdes. Zamówiono nowe obrazy z przedstawieniami świętych i stacje drogi krzyżowej poświęcone już po śmierci proboszcza, w 1886 roku. Zygmunt Golian zainicjował zakup dębowych stall, naprawę organów, remont chóru, przekształcenie ambony, którą przeniesiono na północno-wschodni filar międzynawowy oraz wymianę drzwi wejściowych do kościoła. W 1888 roku architekt Stanisław Odrzywolski wykonał projekt przebudowy kościoła w duchu baroku. Zrealizowano go jedynie częściowo, np. dodając do fasady zachodniej woluty i obeliski. Wieżę podwyższono i nakryto neobarokowym hełmem. W 1904 roku do kościoła wprowadzono słynący cudami obraz Matki Boskiej Nieustającej Pomocy, który ustawiono na ołtarzu Ducha Świętego w kaplicy Morsztynów. W drugiej tercji XX wieku, za probostwa Józefa Śliwy, zamówiono do kościoła nowe obrazy, pozłocono niektóre ołtarze oraz rzeźby i wzmocniono pokrycie dachu. W latach siedemdziesiątych XX wieku odnowiono malowidła ścienne. W 1989 roku neogotycki ołtarz bednarzy (św. Barbary) został przekazany do kościoła w Koźmicach Wielkich, a na jego miejscu w nawie północnej ustawiono ołtarz Matki Boskiej Śnieżnej. W latach dziewięćdziesiątych wyremontowano zakrystię, bibliotekę oraz schody prowadzące na chór. Budynek wraz z wieżą pokryto blachą miedzianą. Ołtarz Dzieciątka Jezus pochodzący z lat siedemdziesiątych XIX wieku przeniesiono do nowego kościoła w Sygneczowie. W końcu XX wieku utworzono nowe przejścia do naw bocznych. Na przełomie XX i XXI wieku proboszcz Zbigniew Gerle wyremontował dzwonnicę, wymienił posadzkę w kościele oraz zainstalował ogrzewanie. Ołtarze, obrazy oraz rzeźby były kolejno poddawane konserwacji. W 1989 roku odnowiono kamieniarkę kaplicy Morsztynów, zrekonstruowano sklepienie krypty oraz odnowiono ołtarz główny.
Kościół orientowany, murowany, trzynawowy. Typ halowy, z węższym, prostokątnym prezbiterium zamkniętym trójbocznie oraz z wieżą wbudowaną w zachodnią fasadę. Do prezbiterium od północy przylega zakrystia (do niej od zachodu klatka schodowa wiodąca do skarbca na piętrze), od południa natomiast kaplica Morsztynów z XVII wieku. Kaplica na planie prostokąta zamkniętego trójbocznie, z niszami w ściętych narożach, pod nią sklepiona krypta grobowa, opięta pilastrami wewnątrz i na zewnątrz. Od południa do korpusu przylega kruchta stanowiąca również kaplicę Matki Boskiej Pocieszenia. Korpus czteroprzęsłowy, nawy oddzielają arkady wsparte na filarach, pierwsze stanowią podparcie dla chóru. Nad nawami i prezbiterium strop imitujący sklepienie, na którym malowana dekoracja imitująca gurty, plafony oraz stiuki. Dekoracja ścian powtarza podziały wyznaczone przez arkady, namalowano na nich pilastry podtrzymujące belkowanie. W prezbiterium dwa okna usytuowane niedaleko ołtarza, w nawie osiem, wszystkie w kształcie stojącego prostokąta zamkniętego półkoliście, wypełnione witrażami z dekoracją geometryczną. Główne wejście od zachodu, drugie od północy, trzecie symetrycznie od południa przez kruchtę sklepioną kopułą, kolejne trzy do prezbiterium, od południa przez zakrystię i od północy przez kruchtę.
Fasada zachodnia na cokole, podzielona gzymsami i lizenami, z wieżą zakończoną hełmem. Na osi drzwi w kształcie stojącego prostokąta flankowane prostokątnymi oknami, powyżej trzecie, większe okno zamknięte łukiem odcinkowym; kondygnację wieńczy gzyms. Druga kondygnacja powtarza podziały pierwszej. W środkowej osi okulus, powyżej dwudzielne okno zamknięte półkoliście. Nad nim tarcza zegara, kolejne dwie na ścianach bocznych. Kondygnacja ograniczona po bokach spływali wolutowymi i obeliskami zakończonymi kulami; przechodzi w wieżę. Powyżej gzyms podtrzymywany kroksztynami. Ostatnia kondygnacja o artykulacji ramowej z balkonami z każdej strony, powyżej wieńczącego gzymsu. Pozostałe elewacje na cokole, kontynuują podziały lizenowo-ramowe, artykulacją podkreślają okna. Kaplica Morsztynów opięta pilastrami z głowicami, prezbiterium oszkarpowane. Dach nad nawą główną, kaplicą i prezbiterium dwuspadowy, na kruchtą południową kopuła, na wieży ozdobny hełm dołem wklęsły, dekorowany wolutami. Powyżej kopuła, na której latarnia przepruta arkadami i zwieńczona przewężoną w środku kopułą zakończoną ostrosłupem z kulą i krzyżem.
Do najcenniejszych zabytków świątyni należą m.in. zaprojektowana przez Jana Delamarsa kaplica Morsztynów dekorowana stiukami z 1693 roku autorstwa Baltazara Fontany. Wewnątrz niej warto zwrócić uwagę na osiemnastowieczny ołtarz z przedstawieniem Oblicza Chrystusa i rzeźbionym antepedium. W ołtarz Ukrzyżowania znajdujący się w północnej nawie kościoła wkomponowano gotyckie rzeźby św. Jana i Marii.
Kościół św. Klemensa, tak jak został wybudowany w latach 1804-1816, był przykładem dojrzałego stylu józefińskiego, który był powszechny w architekturze tworzonej za panowania monarchii habsburskiej. Budowa trzymała się wytycznych wynikających z wprowadzonej przez Józefa II reformy kościelnej, która miała na celu stopniowe ograniczenie autonomii Kościoła. Zapewniano finansowanie, jednak zalecano oszczędność, którą osiągano upraszczając formę, kładąc nacisk na funkcjonalność oraz ograniczając wyposażenie i dekorację budowli. Korzystano z powtarzalnych projektów. Wielicki kościół oparto na pochodzącym z czasów Marii Teresy schemacie Landspfarrkirche – okazałego, lecz taniego w budowie kościoła wiejskiego. Plany, które mogły posłużyć za wzór znajdują się w wydanym w 1771 roku przez Matthiasa Fortunata Kollera podręczniku „Der praktische Baubeamte”. Cechami należącymi do stylu józefińskiego, które ujawniły się w bryle wielickiego kościoła były: pierwotnie prosty układ z wieżą na osi, czterospadowy dach oraz pozbawiona ozdób fasada podzielona jedynie gzymsami i płycinami i przepruta niewielkimi oknami na osi. Wielicka świątynia ma trzy nawy, choć zalecano raczej budowanie kościołów jednonawowych. W tym przypadku zmiana wynikła z chęci wykorzystania wcześniejszych, należących do gotyckiego kościoła fundamentów, co miało obniżyć koszty budowy. Jedyne odstępstwo od pierwotnego zarysu polegało na przedłużeniu korpusu o 3 m. Wnętrze ozdobiono polichromią imitującą sztukaterie, wykonanie których wiązałyby się w dużo większymi kosztami.
Po zmianie władzy w bryle kościoła wprowadzono modyfikacje, które miały zmienić jego proporcje na bardziej smukłe: podwyższono hełm wieży, powiększono okna oraz zamieniono dach na dwuspadowy.
Kościół św. Klemensa jest jedną z wcześniejszych realizacji w stylu józefińskim na terenie Galicji, podobne rozwiązania zastosowano w kościele pw. św. Jana Chrzciciela w nieodległych Dobczycach.
Na przełomie XX i XXI wieku ołtarze, obrazy oraz rzeźby były kolejno poddawane konserwacji. W 1989 roku odnowiono kamieniarkę kaplicy Morsztynów, zrekonstruowano sklepienie krypty oraz odnowiono ołtarz główny.
Kościół pw. św. Klemensa w Wieliczce to halowa budowla wzniesiona w stylu józefińskim w pierwszych dwóch dekadach XIX wieku. Jej projekt przygotował Karol Höfern, budowniczy cyrkułu bocheńskiego Świątynia powstała na fundamentach dawnej, gotyckiej, której większość została zniszczona w pożarze oraz w wyniku szkód górniczych. W obecną budowlę włączono jedynie zachowane, gotyckie prezbiterium oraz siedemnastowieczną kaplicę Morsztynów, dzieło projektu jezuickiego architekta Jana Delamarsa. Zdobiące ją sztukaterie wykonali w 1693 roku Baltazar Fontana oraz Pakosz Trebello. Prócz najstarszych części świątyni, na szczególną uwagę zasługuje pochodzący z osiemnastego wieku, ustawiony w kaplicy ołtarz Ducha Świętego przeniesiony z innego kościoła oraz gotyckie rzeźby św. Jana i Marii wkomponowane w ołtarz Ukrzyżowania znajdujący się w północnej nawie kościoła.
Agata Felczyńska, "Kościoł św. Klemensa", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/kosciol-sw-klemensa-1