Nie jest znana data powstania krucyfiksu. Być może został on odnotowany w 1764 roku w ołtarzu głównym. Po przebudowie kościoła na początku XIX wieku wymieniono krucyfiks w ołtarzu głównym, tym razem niemal na pewno wzmianka dotyczy omawianego dzieła. Prawdopodobnie znajdował się tam aż do czasów powstania nowego ołtarza głównego w latach 1854-1856 i był przyozdobiony wotami. Od 1858 roku znajduje się w neogotyckim ołtarzu bocznym, który powstał w czasie urzędowania proboszcza Stanisława Osuchowskiego (1852-1865). Również w tym miejscu otaczały go wota, co odnotowano np. w inwentarzu z 1933 roku. Krucyfiks był przemalowany na czarno, zgodnie z tendencją upodabniania tego typu wizerunków do słynącego cudami krucyfiksu królowej Jadwigi, który znajduje się w katedrze wawelskiej. W 2007 roku został poddany wraz z ołtarzem konserwacji, podczas której przywrócono naturalistyczną polichromię ciała Chrystusa, usunięto złocenia korony cierniowej oraz perizonium i zdjęto glorię znajdującą się wokół rany Chrystusa.
Rzeźba pełna, całopostaciowa. Chrystus rozpięty na krzyżu, ciało wyprężone, z podkreśloną linią żeber i słabo zaznaczoną muskulaturą. Głowa w cierniowej koronie opada silnie na prawe ramię; usta rozchylone, oczy przymknięte. Twarz podłużna, okolona krótkim zarostem; długie, falowane włosy z zaznaczonymi kosmykami opadają na kark i plecy, jeden pukiel do przodu na klatkę piersiową. Ręce rozciągnięte skośnie do góry, przybite do ramion krzyża gwoździami, palce dłoni podwinięte. Klatka piersiowa wysunięta ku przodowi, o wyraźnie zaznaczonej anatomii. Nogi proste, ułożone sztywno; stopy skrzyżowane i przebite jednym gwoździem. Na ciele słabo widoczne ślady męki – rana w boku, krew wypływająca z miejsc przebicia gwoździami oraz spod korony cierniowej. Krótkie perizonium zakrywa biodra, jest związane na prawym boku i rozwiewa się przy prawym udzie. Jest obficie drapowane w głębokie, drobne fałdy. Chrystus jest przybity do krzyża bejcowanego na ciemny kolor, otoczonego złotą ramą. Na jego górnej belce titulus z inskrypcją „INRI” w formie przybitego gwoździem, rozwijającego się zwoju z rozciętą dolną krawędzią. W tle, do wysokości kostek Chrystusa wieloplanowa, płaskorzeźbiona panorama Jerozolimy, powyżej niebo z plastycznie zaznaczonymi obłokami.
Polichromia w partiach ciała naturalistyczna, perizonium i tło srebrzone.
Ukrzyżowanie, kulminacyjny moment Pasji, opisany przez każdą z czterech Ewangelii, stanowi najczęściej ukazywany temat w sztuce chrześcijańskiej. Od XI wieku nacisk kładziono na ukazanie nie triumfu, lecz cierpienia Chrystusa – zmarłego lub umierającego – w koronie cierniowej i z opuszczoną głową, również w towarzystwie innych osób świętych. Nazwa krucyfiks pochodzi od łacińskiego słowa crucifixus i oznacza „przybity do krzyża”. Przedstawienie Ukrzyżowanego skłania do refleksji nad sensem cierpienia i ofiary Jezusa, które prowadzą do odkupienia ludzkości i nad ograniczonym czasem ludzkiego życia oraz wiecznością.
Wokół datowania oraz pochodzenia i wcześniejszych funkcji krucyfiksu wielickiego przez wiele lat toczyła się dyskusja. Część badaczy, np. Andrzej Gaczoł, określała go jako gotycki, inni, np. Jerzy Żmudziński przesuwali czas powstania na XVII lub nawet początek XVIII wieku (Jerzy Szablowski).
Za wybitnie gotyckie uważano: uniesioną, rozdętą klatkę piersiową, płaski brzuch, ekspresyjny wyraz twarzy Chrystusa z rozchylonymi ustami, stylizowane pukle włosów, obkurczone palce dłoni, wyprężone ciało, palce stóp zwrócone do wewnątrz oraz uproszczoną znajomość anatomii i w niewielkim stopniu ukazaną muskulaturę. Te cechy miały czynić go jednym z grupy krucyfiksów pochodzących z lat 1450-1480, tzw. ciemnego okresu. Innym przykładem rzeźby tego czasu jest krucyfiks w ołtarzu głównym kościoła św. Marka w Krakowie. Według badaczy popierających tę tezę mógł wchodzić w skład jednej grupy ze znajdującymi się w tym samym ołtarzu figurami Marii i św. Jana. Jednak perizonium, na co zwrócono w końcu uwagę, ujęte zostało w sposób typowy dla rzeźb późnobarokowych, jedynie wywinięcie dolnego brzegu spływającej do boku części do góry sugeruje nawiązanie do rzeźb gotyckich. Badania konserwatorskie potwierdziły, że perizonium i figura zostały wykonane z jednego kawałka drewna. Wiedząc to, należy skłonić się do tezy, że krucyfiks został wykonany w okresie nowożytnym, najpewniej w XVII lub XVIII wieku. Może to być ten sam krucyfiks, który został wymieniony w opisie ołtarzy sporządzonym w 1764 roku.
Nie da się jednoznacznie odpowiedzieć na pytanie, gdzie znajdował się krucyfiks, nim trafił do kościoła św. Klemensa. Jerzy Żmudziński uważa, że został on przeniesiony z wielickiego kościoła św. Krzyża około drugiej ćwierci XIX wieku. Mógł być najpierw umieszczony w belce tęczowej lub znajdować się w dawnym ołtarzu głównym, aż do czasu powstania nowego w latach 1854-1856. Nieopisana rzeźba Ukrzyżowanego pojawia się wielokrotnie w źródłach dotyczących kościoła św. Klemensa, jednak nie sposób stwierdzić, czy chodzi o tę, którą dziś można oglądać w bocznym ołtarzu. O jednym krucyfiksie pisał Długosz w „Liber beneficiorum” w XV wieku, kolejny został wzmiankowany w zbiorze Acta Episcopalia z 1531 roku. Wiadomo, że jakiś krucyfiks znajdował się w ogrójcu kościoła w XVIII wieku, inny był częścią grupy Ukrzyżowania ulokowanej na belce tęczowej – o tym ostatnim wspominano w wizytacji z 1703 roku. W 1764 roku wymieniono już wizerunek Ukrzyżowanego w ołtarzu głównym. Popularność tematu oraz rozbieżne opinie utrudniają niewątpliwą identyfikację oraz datowanie rzeźby.
W 2007 roku krucyfiks został poddany wraz z ołtarzem konserwacji, podczas której przywrócono naturalistyczną polichromię ciała Chrystusa, usunięto złocenia korony cierniowej oraz perizonium i zdjęto glorię znajdującą się wokół rany Chrystusa.
Wokół datowania rzeźby ukrzyżowanego Chrystusa, znajdującej się obecnie w bocznym, neogotyckim ołtarzu kościoła pw. św. Klemensa toczyła się między badaczami wieloletnia dyskusja. Określany początkowo jako gotycki, obecnie uznawany jest raczej za wyrób z XVII lub XVIII wieku. Na pewno przez pewien czas wisiał w ołtarzu głównym, jednak w 1858 roku przeniesiono go do nowo wybudowanego neogotyckiego ołtarza zlokalizowanego w nawie bocznej i złączono w grupę z gotyckimi rzeźbami Marii i św. Jana.
Agata Felczyńska, "Chrystus Ukrzyżowany ", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/chrystus-ukrzyzowany-4