Pierwotny prospekt i organy pochodziły z warsztatu Franciszka Riegera w Jägerndorf z 1853 roku. Ich fundatorem był ówczesny proboszcz parafii ksiądz Jędrzej Kowalczyk. Pozostał z nich tylko prospekt, albowiem w 1969 roku same organy zostały wymienione przez organmistrza Henryka Siedlara na pneumatyczne. Stary pozytyw organowy został sprzedany za 45 zł reńskich do kaplicy murowanej na cmentarzu w Niepołomicach. Widoczne piszczałki prospektowe z 1853 roku pełnią rolę ozdobną. Około roku 1995 dorobiono do prospektu uszy ażurowe podobne do tych z ołtarza głównego. Ostatnią konserwację wykonała w 1994 roku firma organmistrzowska Andrzeja Buły z Krakowa.
Prospekt organowy architektoniczny, jednokondygnacyjny, pięcioosiowy na cokole. Osie skrajne i oś środkowa są wypukłe, wydzielone ryzalitami z prześwitami wypełnionymi piszczałkami; zwieńczone profilowanym gzymsem. Analogicznie ukształtowany cokolik ujmuje strukturę od dołu. Osie zewnętrzne sięgają stropu, środkowa niższa połączona jest z nimi płaskimi ściankami z prześwitami na piszczałki. Organy ujęte są ażurowymi uszami utworzonymi z wici roślinnej. Na osi środkowej ustawiony jest klasycystyczny wazon. Prześwity w górnej partii każdej osi wypełniają stylizowane liście akantu. Struktura polichromowana w kolorze czerwonym; profilowania złocone i polichromowane na czarno, ornamentyka złocona.
Prospekt organowy został wykonany w 1853 roku. Nowszymi elementami są wtórnie umieszczone ażurowe uszy oraz sam instrument. Prospekt należy do typu architektonicznego, opartego na schemacie trójwieżyczkowym, pojawiającym się już od XVI stulecia i trwającym aż po wiek XIX. Trójwieżyczkowe dziewiętnastowieczne prospekty wywodzą się jeszcze z form barokowych. Różnica względem dzieł z epoki baroku wynika na ogół z odmiennego charakteru dekoracji.
Pierwotny prospekt i organy pochodziły z warsztatu Franciszka Riegera w Jägerndorf z 1853 roku. Ich fundatorem był ówczesny proboszcz parafii ksiądz Jędrzej Kowalczyk. Pozostał z nich tylko prospekt, albowiem w 1969 roku same organy zostały wymienione przez organmistrza Henryka Siedlara na pneumatyczne.
Maria Działo, "Prospekt organowy", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/prospekt-organowy-24