Ołtarz boczny św. Zofii mógł zostać wykonany przez Antoniego i Ignacego Korneckich lub tylko przez jednego z nich w czwartej ćwierci XVIII wieku. W trzeciej ćwierci XIX wieku w ołtarzu umieszczono nowe obrazy. Ołtarz św. Zofii został wymieniony w inwentarzu kościoła sporządzonym w 1883 roku jako „tak zrobiony jak ołtarz Pana Jezusa” z obrazami św. Zofii, św. Jana Nepomucena oraz św. Rozalii w zwieńczeniu. W późniejszym czasie w ołtarzu umieszczono figurę Ukrzyżowanego, która wcześniej znajdowała się w ołtarzu bocznym Pana Jezusa. Zapewne retabulum zostało odnowione w latach 1969-1970 razem z całym wyposażeniem.
Nastawa ołtarzowa architektoniczna, jednoosiowa, jednokondygnacyjna ze zwieńczeniem, ustawiona na dwustrefowym cokole z dwoma prostopadłościanami wyodrębnionymi po bokach. Ołtarz sarkofagowy, od frontu zdobiony malowaną koroną cierniową z narzędziami Męki Pańskiej. Mensa drewniana, na niej ustawione tabernakulum w formie drewnianej skrzynki, ujętej z przodu pilastrami podtrzymującymi profilowany gzyms opasujący całość. Drzwiczki w formie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem odcinkowym nadwieszonym, dekorowane płyciną. Obie strefy cokołu dekorowane są prostokątnymi płycinami, na zewnętrzych krawędziach górnej strefy konsole podtrzymujące wsporniki. Nastawa flankowana ustawionymi pod kątem na zewnątrz opilastrowanymi filarami, dekorowanymi rocaille'owymi zwisami, i stojącymi przed nimi kolumnami. Podpory dźwigają osobne imposty połączone gzymsami oraz fragmenty przerwanego, falistego przyczółka z siedzącymi puttami. W polu środkowym wnęka w formie stojącego prostokąta ujętego profilowaną ramą dekorowaną perełkowaniem, z nieco mniejszym obrazem Śmierci św. Zofii. W przestrzeni nad obrazem rokokowy kartusz z napisem „ALTARE / PRIVILEGIATUM / PRO DEFUNCTIS”, poniżej wstęga z napisem „JESTEŚ ZABITY I ODKUPI=/ ŁEŚ NAS BOGU PRZEZ KREW / TWOJĘ Ob. V 9.”. Zwieńczenie w formie zbliżonej do trapezu i wklęsłych bokach i wypukłej górnej podstawie, ujęte falistą wstęgą, po bokach przyjmującą formę spływów wolutowych z kwiatowymi zwisami, opadających na ornament utworzony z rocaille'u i kratki. Całość zakończona krzyżem na wolutowej, stylizowanej podstawie. W polu obraz w formie zbliżonej do stojącego prostokąta o wklęsłych bokach i wypukłej podstawie i zamknięciu, w profilowanej ramie, z obrazem św. Rozalii. Struktura polichromowana w kolorze seledynowym, ze złoconymi kolumnami, profilami i ornamentyka oraz srebrzoną wstęgą.
Ołtarze boczne reprezentują najbardzej popularny w XVIII wieku typ aediculowy, a więc jednoosiowej, jednokondygnacyjnej nastawy ze zwieńczeniem, ujętej parą podpór. Architektura ołtarzy jest niezwykle zbliżona do tworzonych w trzeciej ćwierci XVIII wieku w warsztacie Korneckich nastaw. Szczególnie znamienny jest układ podpór, a więc pary filarów i stojących przed nimi kolumn, zwróconych na zewnątrz, który występował w retabulach w farze bocheńskiej, potwierdzonym archiwalnie dziele Korneckich. W biskupickich ołtarzach bocznych wykonano znacznie skromniejsze niż w dotychczasowych realizacjach Korneckich zwieńczenie, niearchitektoniczne, kształtowane wstęgą. Ołtarze dekoruje głównie rocaille, kratka i ornament roślinny. Wsporniki, które znajdują się w partii cokołowej nastawy świadczą o tym, że pierwotnie mogły się tam znajdować figury, dziś niezachowane. Architektura ołtarzy bocznych odwołuje się do struktur tworzonych przez warsztat Korneckich, jakkolwiek forma zwieńczenia i miejscami stylizowana ornamentyka wskazują na późniejszy okres powstania, zatem czas po rozwiązaniu warsztatu i działalności braci Korneckich.
Zabrudzenia, przetarcia partii złoceń i polichromii. Zapewne ołtarz został odnowiony w latach 1969-1970 razem z całym wyposażeniem.
Ołtarz boczny św. Zofii mógł zostać wykonany przez Antoniego i Ignacego Korneckich w czwartej ćwierci XVIII wieku, lub tylko przez jednego z nich. W trzeciej ćwierci XIX wieku w ołtarzu umieszczono nowe obrazy. W późniejszym czasie do retabulum przeniesiono figurę Ukrzyżowanego. Oba ołtarze boczne reprezentują najbardzej popularny w XVIII wieku typ aediculowy, a więc jednoosiowej, jednokondygnacyjnej nastawy ze zwieńczeniem, ujętej parą podpór.
Paulina Kluz, "Ołtarz boczny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-boczny-161