Ołtarz boczny św. Małgorzaty mógł zostać wykonany przez Antoniego i Ignacego Korneckich lub tylko przez jednego z nich w czwartej ćwierci XVIII wieku. W trzeciej ćwierci XIX wieku w ołtarzu umieszczono nowe obrazy. W inwentarzu z 1883 roku wymieniono ołtarz Pana Jezusa z figurą Ukrzyżowanego oraz obrazami Serca Pana Jezusa, św. Izydora oraz św. Małgorzaty w zwieńczeniu. Retabulum było drewniane z murowaną mensą, polichromowane w kolorze seledynowym. W późniejszym czasie figurę Ukrzyżowanego zamontowano w drugim ołtarzu bocznym św. Zofii.
Nastawa ołtarzowa architektoniczna, jednoosiowa, jednokondygnacyjna ze zwieńczeniem, ustawiona na dwustrefowym cokole z dwoma prostopadłościanami wyodrębnionymi po bokach. Ołtarz sarkofagowy, od frontu zdobiony złocona dekoracją złożoną z gwieździstego nimbu, miecza i liścia palmy. Mensa drewniana, na niej ustawione tabernakulum w formie malowanej na niebiesko i złoconej drewnianej skrzynki, ujętej z przodu lizenami podtrzymującymi profilowany gzyms opasujący całość. Drzwiczki zielone, w formie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem półkolistym nadwieszonym, dekorowane malowanym kielichem z hostią.
Obie strefy cokołu dekorowane są prostokątnymi płycinami, na zewnętrzych krawędziach górnej strefy konsole podtrzymujące wsporniki. Nastawa flankowana ustawionymi pod kątem na zewnątrz opilastrowanymi filarami, dekorowanymi rocaille'owymi zwisami, i stojącymi przed nimi kolumnami. Podpory dźwigają osobne imposty połączone gzymsami oraz fragmenty przerwanego, falistego przyczółka z siedzącymi puttami. W polu środkowym wnęka w formie stojącego prostokąta ujętego profilowaną ramą dekorowaną perełkowaniem, z obrazem Najświętszego Serca Jezusa. W przestrzeni nad obrazem Oko Opatrzności pośród obłoków. Zwieńczenie w formie zbliżonej do trapezu, o wklęsłych bokach i wypukłej górnej podstawie, ujęte falistą wstęgą, po bokach przyjmującą formę spływów wolutowych z kwiatowymi zwisami, opadających na ornament utworzony z rocaille'u i kratki. Całość zakończona krzyżem na wolutowej, stylizowanej podstawie. W polu obraz w formie zbliżonej do stojącego prostokąta o wklęsłych bokach i wypukłej podstawie i zamknięciu, w profilowanej ramie, z obrazem św. Małgorzaty. Struktura polichromowana w kolorze seledynowym, ze złoconymi profilami i ornamentyką oraz srebrzonymi trzonami kolumn i Okiem Opatrzności.
Ołtarze boczne reprezentują najbardzej popularny w XVIII wieku typ aediculowy, a więc jednoosiowej, jednokondygnacyjnej nastawy ze zwieńczeniem, ujętej parą podpór. Architektura ołtarzy jest niezwykle zbliżona do tworzonych w trzeciej ćwierci XVIII wieku w warsztacie Korneckich nastaw. Szczególnie znamienny jest układ podpór, a więc pary filarów i stojących przed nimi kolumn, zwróconych na zewnątrz, który występował w retabulach w farze bocheńskiej, potwierdzonym archiwalnie dziele Korneckich. W biskupickich ołtarzach bocznych wykonano znacznie skromniejsze niż w dotychczasowych realizacjach Korneckich zwieńczenie, niearchitektoniczne, kształtowane wstęgą. Ołtarze dekoruje głównie rocaille, kratka i ornament roślinny. Wsporniki, które znajdują się w partii cokołowej nastawy świadczą o tym, że pierwotnie mogły się tam znajdować figury, dziś niezachowane. Architektura ołtarzy bocznych odwołuje się do struktur tworzonych przez warsztat Korneckich, jakkolwiek forma zwieńczenia i miejscami stylizowana ornamentyka wskazują na późniejszy okres powstania, zatem czas po rozwiązaniu warsztatu i działalności braci Korneckich.
Zabrudzenia, przetarcia złoceń i polichromii. Zapewne ołtarz został odnowiony w latach 1969-1970 razem z całym wyposażeniem.
Ołtarz boczny św. Małgorzaty mógł zostać wykonany przez Antoniego i Ignacego Korneckich w czwartej ćwierci XVIII wieku, lub tylko przez jednego z nich. W trzeciej ćwierci XIX wieku w ołtarzu umieszczono figurę Chrystusa Ukrzyżowanego (później wymontowaną) oraz nowe obrazy. Oba ołtarze boczne reprezentują najbardzej popularny w XVIII wieku typ aediculowy, a więc jednoosiowej, jednokondygnacyjnej nastawy ze zwieńczeniem, ujętej parą podpór.
Paulina Kluz, "Ołtarz boczny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/oltarz-boczny-160