Pierwszy kościół w Zielonkach istniał już zapewne w pierwszym dziesięcioleciu XIV wieku, a w 1325 roku funkcjonowała już zielonecka parafia Narodzenia Najświętszej Marii Panny. Wspomniana budowla była najpewniej drewnianą i krytą gontem świątynią. Obecny, gotycki kościół powstał w pierwszej połowie XVI wieku. Około 1520 roku rozpoczęto budowę murowanej świątyni częściowo wzniesionej z kamienia, a częściowo z cegły. Jej mury przetrwały do dziś, a dwóch istotnych ingerencji w formę architektoniczną bryły dokonano dopiero w XX wieku. Jeśli wierzyć napisowi umieszczonemu nad portalem do zakrystii, jej budowę ukończono w 1524 roku. Za wzniesienie tej części świątyni, podobnie jak skończonego w 1533 roku prezbiterium, odpowiadali krakowski murator Jakub Żur oraz kamieniarz Kasper Simon. Nawę wznieśli inni krakowscy mistrzowie muratorscy – Jan Kapinos oraz Jan Bocheńczyk. Jej budowę ukończono w 1538 roku. Kościół powstawał zatem etapami, zapewne drogą rozbudowy i stopniowej rozbiórki poprzedniego, drewnianego obiektu. W 1530 roku biskup krakowski Piotr Tomicki zdecydował o związaniu kościoła w Zielonkach z Uniwersytetem Krakowskim. Od tej pory parafia stała się uposażeniem profesorów uczelni. Do 1878 roku duchowni spośród ich grona pełnili funkcję zieloneckich plebanów. Związek z uczelnią upamiętniono, umieszczając herb Uniwersytetu Krakowskiego na elewacji zachodniej kościoła (kartusze z berłami uniwersyteckimi wykonano w 1726 roku). Z czasem wykrystalizował się zwyczaj przyznawania godności plebana dziekanom akademickiej kolegiaty św. Anny. Bywali oni rzadkimi gośćmi w Zielonkach, co doprowadziło do stopniowego zaniedbania świątyni. Mimo to w XVIII wieku wyposażenie kościoła wzbogaciło się o późnobarokowy ołtarz główny z pochodzącym z tego samego okresu obrazem Narodzenia Matki Boskiej oraz figury świętych Joachima i Anny wykonane w 1728 roku w warsztacie krakowskiego rzeźbiarza Antoniego Frączkiewicza. Również w XVIII stuleciu powstały barokowe ołtarze boczne oraz wizerunki malarskie św. Mikołaja, Ukrzyżowania i św. Rodziny. W 1878 roku zielonecka parafia ponownie zyskała samodzielność. Nowy proboszcz Piotr Kwieciński, który od tej pory rezydował w Zielonkach, w pierwszej połowie lat osiemdziesiątych XIX wieku przeprowadził generalny remont kościoła. Z tego czasu pochodzi zachowany do dziś drewniany strop nad nawą świątyni położony na wysokości 8,25 metra. W XX wieku doszło do kilku ważnych przekształceń obejmujących zarówno wyposażenie jak i architekturę świątyni. W 1927 roku w wyniku eksplozji materiałów wybuchowych w nieodległych Witkowicach zniszczeniu uległy średniowieczne witraże zdobiące okna świątyni. Pod koniec lat czterdziestych XX wieku kolejny proboszcz ksiądz Adam Zięba powziął projekt budowy kaplicy Matki Boskiej Zwycięskiej postawionej w miejscu wyburzonej w 1947 roku, gotyckiej kruchty po północnej stronie świątyni. Obiekt na planie kwadratu został wzniesiony według projektu architekta, konserwatora i historyka sztuki Stefana Świszczowskiego. W kaplicy umieszczono ołtarz projektu podchorążego Edwarda Chylińskiego z kopią wizerunku Matki Boskiej Częstochowskiej podarowany przez 1. pułk Samodzielnej Brygady Strzelców w Szkocji. Sukienkę na obraz Matki Boskiej wykonano z korali i orderów złożonych w ofierze przez żołnierzy. Po zakończeniu drugiej wojny światowej ołtarz został przetransportowany z San Andrews do Krakowa i złożony na ręce kardynała Adama Sapiehy. W maju 1947 roku obraz był eksponowany w kościele Mariackim w Krakowie. 10 lipca 1949 ołtarz w uroczystej procesji został przeniesiony do nowowybudowanej kaplicy bocznej w kościele w Zielonkach, którą rok później poświęcił kardynał Sapieha. Polichromie we wnętrzu kaplicy, a także w nawie kościoła i prezbiterium wykonał Juliusz Makarewicz (malowidła zostały częściowo odnowione, częściowo przemalowane w 2000 roku). Na lata pięćdziesiąte przypadła budowa drewnianej dzwonnicy nieopodal kościoła. Zawisł na niej dzwon z 1616 roku ocalony przed wojskowymi rekwizycjami. W 1966 roku doszło do najpoważniejszej ingerencji w bryłę świątyni. Od zachodu dobudowano do kościoła nowe wejście i powiększony chór muzyczny wykonane według projektu krakowskiego architekta Antoniego Mazura. Na chórze muzycznym stanęły trzydziestojednogłosowe organy wykonane przez Tadeusza Rajkowskiego z Włocławka. W latach dziewięćdziesiątych XX wieku wykonano szereg napraw i remontów wewnątrz i w otoczeniu kościoła (m.in. remont dachu, nowa posadzka wewnątrz świątyni). Do ważniejszych prac należy zaliczyć także wykonanie nowej polichromii ściennej autorstwa Aleksandry Grochal i Katarzyny Dobrzańskiej.
Kościół orientowany, murowany z cegły i kamienia, jednonawowy z trójprzęsłowym prezbiterium zamkniętym wielobocznie, sklepionym krzyżowo-żebrowo. Od północy umieszczona prostokątna, piętrowa zakrystia sklepiona kolebkowo (pięterko nad zakrystią dodane w 1885), dostępna kamiennym portalem o wykroju prostokątnym od strony wschodniej. Ściana północna zakrystii zakończona schodkowo z dekoracją blendową. Również od północy, na szerokości nawy do kościoła przylega prostokątna kaplica nakryta dachem czterospadowym zwieńczonym czworoboczną wieżyczką dostępna od zachodu przez prostokątną kruchtę z portalem o wykroju prostokątnym ujętym dwulalkowymi, kamiennymi balaskami. Kruchta zwieńczona trójkątnym przyczółkiem, na którym kamienny krzyż. Trójprzęsłowa nawa wyższa i szersza od prezbiterium i przesunięta w stosunku do jego osi ku stronie północnej, nakryta stropem. Północny mur nawy w części zachodniej poszerzony do pewnej wysokości dla pomieszczenia w jego grubości schodów prowadzących na chór muzyczny. Okna prostokątne zamknięte łukiem półkolistym. Zachodni i wschodni szczyt nawy zamknięty schodkowo. Od strony wschodniej trzy ostrołukowe blendy, w środkowej, wyżej od bocznych umieszczona tarcza herbowa z wizerunkiem św. Stanisława oraz Orła Białego. Od południa do nawy przylega prostokątna kruchta z kamiennym, ostrołukowym portalem nakryta dachem pulpitowym. Od strony zachodniej do bryły kościoła dostawiona prostokątna, współczesna kruchta wraz z chórem muzycznym (dobudowana w 1966) dostępna portalem o wykroju prostokątnym, nakryta dwuspadowym dachem. W ścianach bocznych wąskie, smukłe okna w kształcie stojącego prostokąta. Ponad kruchtą ażurowa dzwonnica na rzucie trójkąta zwieńczona krzyżem. Wieżyczka na sygnaturkę na rzucie ośmioboku zwieńczona barokowym hełmem z glorietą i krzyżem. Od zewnątrz kościół częściowo tynkowany, nawa i prezbiterium opięte szkarpami. Dachy kryte dachówką oraz blachą (część wschodnia prezbiterium).
Dobry. Wielokrotnie naprawiany i remontowany m.in. w latach osiemdziesiątych XIX wieku i latach dziewięćdziesiątych XX wieku.
Kościół Narodzenia Najświętszej Marii Panny w Zielonkach to druga budowla sakralna stojąca w tym miejscu. Obecna, gotycka świątynia powstała w pierwszej połowie XVI wieku (ok. 1520-1538) na miejscu drewnianego kościoła pod tym samym wezwaniem. W latach 1530-1878 świątynia stanowiła uposażenie profesorów Uniwersytetu Krakowskiego. W latach 1947-1948 do budowli dobudowano kaplicę boczną noszącą wezwanie Matki Boskiej Zwycięskiej, w której umieszczono kopię obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej podarowaną przez żołnierzy 1. pułku Samodzielnej Brygady Strzelców w Szkocji. W 1966 roku doszło do najpoważniejszej ingerencji w bryłę średniowiecznej świątyni. Od zachodu dobudowano do kościoła nowe wejście i powiększony chór muzyczny wykonane według projektu krakowskiego architekta Antoniego Mazura. Wewnątrz znajduje się zespół osiemnastowiecznych ołtarzy z późnobarokowym ołtarzem głównym mieszczącym obraz Narodzenia Matki Boskiej oraz figury świętych Joachima i Anny wykonane w 1728 roku w warsztacie krakowskiego rzeźbiarza Antoniego Frączkiewicza. Również z XVIII wieku pochodzą barokowe ołtarze boczne oraz wizerunki malarskie św. Mikołaja, Ukrzyżowania i św. Rodziny.
Justyna Kuska, "Kościół Narodzenia Najświętszej Marii Panny", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2024, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/kosciol-narodzenia-najswietszej-marii-panny-7