Chór muzyczny wsparty na dwóch kamiennych kolumnach wzniesiono w XVII wieku. W wydanych w 1888 roku „Wiadomościach tyczących się przemysłu i sztuki w dawnej Polsce” Juliana Kołaczkowskiego pojawiła się informacja o napisie, który miał wówczas znajdować się na chórze. Według niej w 1628 roku organy dla kościoła św. Marka wykonał Jan Homel (lub Humel), najprawdopodobniej syn Hansa Humla organmistrza przybyłego do Krakowa z Norymbergi około 1605 roku, który w 1608 roku przyjął obywatelstwo krakowskie. W latach 1618-1629 Hans Humel starszy pracował w Lewoczy na Spiszu. Tam, jak wynika z wymienionego napisu, edukował się syn Hansa, Jan. Z organów wykonanych przez Jana Humla młodszego zachowała się w kościele św. Marka tylko podstawa pozytywu przedniego oraz część ze stojących na niej rzeźb. W połowie XIX wieku z inicjatywy księdza Serafina Piątkowskiego wymieniono je na nowy instrument. W 1856 roku zawarto umowę ze znanym organmistrzem Antonim Sapalskim, który wykonał obecnie istniejące organy.
Chór muzyczny konstrukcji drewnianej, wparty na dwóch kamiennych kolumnach o prostych impostowych kapitelach. Balustrada chóru pełna o dekoracji płycinowej (naprzemiennie płyciny owalne, prostokątna i sześcioboczne), zwieńczona profilowanym gzymsem. W dołu ażurowa, wycinana dekoracja. Część środkowa parapetu przełamana i wysunięta do przodu z ustawionymi na niewielkich konsolach polichromowanymi, złoconymi i srebrzonymi figurami: anioła (po środku), św. Wojciecha (?) z lewej i św. Stanisława z prawej. Struktura marmoryzowana w odcieniach zgaszonego niebieskiego, wnętrza płycin w kolorze ceglastej czerwieni. Organy o formie architektonicznej, dziewięcioosiowe z zaakcentowanymi osiami nieparzystymi. Dekorowane złoconym ornamentem akantowym, palmetami, girlandami oraz rocaille'm. Osie trzecia i siódma dodatkowe zwieńczone złoconymi wazonami. Struktura marmoryzowana w odcieniach zgaszonego koloru niebieskiego.
Architektoniczna struktura instrumentu została oparta na formach neostylowych. Jako wzór Antoniemu Sapalskiemu posłużyła znana rycina z przedstawieniem orgnanów z dzieła Francois Bedos de Celles, „L'art du facteur d'orques” wydanego w Paryżu w 1766 roku. Model prospektu organowego z rokokową dekoracją był wielokrotnie naśladowany w XVIII i XIX wieku.
Dobry, po konserwacji.
Chór muzyczny wzniesiono w XVII wieku. Pierwotne organy wykonał Jan Humel naprawdopodobniej syn Hansa Humla – organmistrza z Norymbergi, który osiadł w Krakowie. Z pierwotnego instrumentu zachowała się podstawa pozytywu przedniego oraz część ze stojących na niej rzeźb. W 1856 roku wieku z inicjatywy księdza Serafina Piątkowskiego wymieniono go na nowy instrument, który wykonał Antoni Sapalski. Za wzór Sapalskiemu posłużyła znana rycina z przedstawieniem organów z dzieła Francois Bedos de Celles, „L'art du facteur d'orques” wydanego w Paryżu w 1766 roku.
Justyna Kuska, "Prospekt organowy", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2023, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/prospekt-organowy-21