Ołtarz boczny Matki Boskiej Szkaplerznej zapewne powstał po pożarze kościoła w 1863 roku, kiedy to gruntownie zmodernizowano wnętrze świątyni.
Dwukondygnacyjny, trójosiowy ołtarz przyścienny ze zwieńczeniem uzyskał strukturę architektoniczną. Stipes ołtarzowy wykonano w formie stołu z mensą wspartą na dwóch parach filarów z kanelurą zwężających się ku dołowi, ustawionych na postumentach z przodu i z tyłu. Pomiędzy tylnią parą wprowadzono płycinę w kształcie leżącego prostokąta. W jej pole wpisano płaskorzeźbiony krzyż równoramienny w czteroliściu obramieniony profilowanymi ramkami. Nastawę ołtarza umieszczona na wysokim cokole, zwieńczonym profilowanym gzymsem. Na osi na mensie ustawiono architektoniczne tabernakulum, ujęte ustawionymi ukośnie kolumienkami, dźwigającymi odcinki pełnego belkowania, zwieńczone daszkiem w kształcie ściętego ostrosłupa z tronem wystawienia. Na drzwiczkach namalowano kielich z hostią w złoconej płycinie. Powyżej drzwiczek ukazano płaskorzeźbioną, uskrzydloną główkę aniołka. Nastawa została artykułowana kompozytowymi kolumnami o gładkich, złoconych trzonach, ustawionymi na występujących przed lico ołtarza prostopadłościennych postumentach, dekorowanych płaskorzeźbionymi festonami. Kolumny dolnej kondygnacji podtrzymują pełne belkowanie z rozbudowanym fryzem, dekorowanym płycinami, wypełnionymi wicią akantową, kwiatami oraz uskrzydlonymi główkami anielskimi. Belkowanie wieńczy rozbudowany, silnie wystający, profilowany gzyms. Także kondygnację drugą ujęto parą kolumn analogicznych jak w kondygnacji pierwszej, a po bokach zamknięto ją akantowymi spływami wolutowymi. Kolumny podtrzymują pełne belkowanie z fryzem dekorowanym kartuszami, rozetą, kwiatami oraz profilowany gzyms. Zwieńczenie retabulum wykonano w formie przerwanego przyczółka o linii łuku odcinkowego z umieszczonym na osi złoconym krzyżem na tle glorii promienistej. W kondygnacji pierwszej w osi środkowej znalazła się prostokątna płycina mieszcząca obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem. W osiach skrajnych usytuowano zamknięte półkoliście nisze, dekorowane muszlą palmetową, mieszczące pełnoplastyczne figury. Z lewej ustawiono rzeźbę św. Franciszka, a z prawej św. Dominika. Także w kondygnacji drugiej umieszczono na osi płycinę w kształcie stojącego prostokąta zamkniętą półkoliście, w której zainstalowano obraz przedstawiający wizję św. Franciszka. Ołtarz został polichromowany w odcieniach brązu, natomiast ornamentykę i detale architektoniczne pozłocono.
Oświęcimska nastawa ołtarza bocznego wpisuje się w liczną grupę dziewiętnastowiecznych nastaw wykonanych w duchu historycyzmu, inspirowanych wczesnymi ołtarzami nowożytnymi. Stąd też można tu dostrzec wpływ podziałów i dekoracji zastosowanej np. w dawnym ołtarzu z krakowskiej katedry z lat 1545-1548 przypisywanego Giovanniemu Cini (obecnie w kolegiacie w Bodzentynie), czy też w głównych ołtarzach w kościele w Zebrzydowicach z około 1600 roku lub w kościele św. Marka z około 1618 roku z warsztatu Baltazara Kuncza w Krakowie i im podobnych.
Widoczne są zabrudzenia, ubytki polichromii, przetarcia złoceń oraz uszkodzenia spowodowane przez drewnojady.
Katalog zabytków sztuki w Polsce, t. 4. Miasto Kraków, cz. 3. Kościoły i klasztory śródmieścia 2, red. A. Bochnak, J. Samek, Warszawa 1978, s. 37, il. 170;
H. i S. Kozakiewiczowie, Renesans w Polsce, Warszawa 1976, s. 76-77, il. 67-70.
T. Chrzanowski, M. Kornecki, Sztuka Ziemi Krakowskiej, Kraków 1982, s. 273-275, il. 159 b.
Ołtarz boczny św. Franciszka z Asyżu zapewne powstał po pożarze kościoła w 1863 roku, kiedy to gruntownie zmodernizowano wnętrze. Nastawę wykonano w duchu historycyzmu.
ks. Szymon Tracz, "Św. Franciszka z Asyżu", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/sw-franciszka-z-asyzu