W kronice klasztoru zanotowano, iż obraz wykonał "doskonały malarz krakowski", a architekt Francesco Placidi stwierdził, że "w całym kościele lepszej sztuki malarskiej nie ma".
Obraz w kształcie stojącego prostokąta z przedstawieniem św. Franciszka przyjmującego stygmaty. Święty klęczy na skale, w trzech czwartych, z szeroko rozłożonymi rękami. Głowę zwraca ku górze, w kierunku serafina. Twarz ma pociągłą, nos długi, wąski, usta pełne, brodę krótką, spiczastą, włosy krótkie odsłaniające wysokie czoło i ucho. Święty jest ubrany w franciszkański, brązowy habit z kapturem, przepasany sznurem. Przed nim na skale leży otwarta księga, wsparta na czaszce. Za nim siedzi mnich czytający księgę, o dużej głowie, z szpiczastą, ciemną brodą i z tonsurą na głowie. W górnej partii widoczny jest krzyż, a na nim zza chmur wyłania się serafin rażący świętego krwawymi promieniami. W gęstych, niebiesko-szarych chmurach zasiadają dwa uskrzydlone putta. Putto na pierwszym planie spogląda na świętego, częściowo osłonięte ciemnoróżową tkaniną. Putto na drugim planie jest zwrócone w kierunku serafina i unosi prawą rączkę, częściowo jest zasłonięte chmurami. Całość utrzymana w brązowej tonacji kolorystycznej, rozjaśnionej żółtym światłem niebios i błękitem nieba w tle.
Obraz jest dziełem krakowskiego malarza Andrzeja Radwańskiego. Artysta zainspirował się dziełem Francesca Trevisaniego w ołtarzu głównym w kościele San Francesco delle Stimmate w Rzymie z 1719 roku. Radwański uprościł kompozycję rzymskiego malarza, zmieniając układ górnej partii i rezygnując z rozbudowanej grupy aniołków. Twórca krakowskiego płótna zapewne posłużył się reprodukcją graficzną rzymskiego dzieła.
Obraz „Stygmatyzacja św. Franciszka” w kościele Bernardynek w Krakowie jest dziełem Andrzeja Radwańskiego z 1750 roku. Kompozycja przedstawienia nawiązuje wiernie do dzieła Francesca Trevisaniego w ołtarzu głównym w kościele San Francesco delle Stimmate w Rzymie z 1719 roku.
Józef Skrabski, "Stygmatyzacja św. Franciszka", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2023, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/stygmatyzacja-sw-franciszka-4