Informację o wykonawcy obrazu w ołtarzu głównym podał ksiądz Andrzej Buchowiecki w 1703 roku. Autorem dzieła był Jerzy Eleuter Szymonowic Siemiginowski, który stworzył także projekt mauzoleum św. Jana z Kęt w kościele (według wskazówek księdza Sebastiana Piskorskiego); wynagrodzenie za obraz otrzymał 5 czerwca 1701 roku. Dzieło zapewne powstało w Warszawie, skąd przywieziono je do Krakowa. W 1780 roku obraz odnowił malarz Kazimierz Mołodziński.
Obraz w kształcie stojącego prostokąta zamkniętego łukiem półkolistym, w złoconej ramie, ozdobionej wieńcem laurowym. W centrum kompozycji ukazana siedząca na fotelu Maria z Jezusem na kolanach i siedząca obok św. Anną w towarzystwie aniołów klęczących u ich stóp lub unoszących się w obłokach. Maria przedstawiona niemal frontalnie, przytrzymuje obiema rękami Jezusa siedzącego na jej lewym kolanie i pochyla głową lekko w lewo. Ubrana jest w różową, rozłożystą suknię i ciemnoniebieski płaszcz oraz brązową chustę na głowie. Jej twarz jest owalna, rysy łagodne, policzki lekko zaróżowione. Nos ma wąski i długi, oczy migdałowate, lekko przymknięte, usta wąskie, pełne, zaznaczone czerwienią. Widoczne spod chusty włosy są proste, opadają na plecy. Jezus siedzi frontalnie, z rozłożonymi nóżkami i rączkami, z których lewą trzyma i całuje św. Anna. Jego twarz jest pełna, policzki lekko zaokrąglone, nos krótki, oczy otwarte, a usta lekko rozwarte i uśmiechnięte, włosy na głowie krótkie, z kręconymi nieznacznie puklami. Dolną część podbrzusza i biodra okrywa biała pielucha. Anna jest ukazana niemal frontalnie, lekko pochylona w kierunku Marii i Jezusa, ubrana w zieloną suknię, czerwony płaszcz i białą chustę okrywającą głowę i szyję. Twarz wykazuje cechy starszej kobiety, z wyraźnymi zmarszczkami, z wyrazistym nosem, zamkniętymi oczami oraz ustami całującymi dłoń Jezusa. Na kolanach trzyma otwartą księgę. Po lewej stronie przy tronie klęczą na chmurach dwa nagie putta, o korpulentnych ciałach, kręconych włosach, z których jedno, na pierwszym planie jest zwrócone w kierunku głównych bohaterów, a drugie z tyłu patrzy na widza. W górnej części kompozycji, na obłoku unoszą się aniołowie, z których jeden, w prawej części kompozycji jest ukazany w całej postaci, w niebieskiej tunice i brązowym płaszczu, z rękami opuszczonymi ku dołowi i złożonymi w geście modlitwy, a głową ujętą z lewego profilu. Środkowy wychyla się zza chmury, okolony zieloną szatą, z lewą ręką złożoną na piersi. Trzeci anioł-putto trzyma pofalowaną kartkę z napisem: „GENERATIONEM EIUS QUIS ENARRABIT”. Po lewej stronie ukazany jest anioł podtrzymujący zieloną kotarę. Pod chmurą, tuż nad głową św. Anny, para uskrzydlonych główek anielskich. W prawej części kompozycji stolik na wolutowych nogach wspartych na lwich łapach i ozdobionych maszkaronami z koszem pełnym owoców oraz leżący na posadzce kosz wiklinowy z niewielką skrzynią i granatową tkaniną z białą podszewką.
Mariusz Karpowicz, autor monografii malarza Jerzego Eleutera Siemiginowskiego, warszawskiego malarza królewskiego, zwrócił uwagę na podobieństwa dzieła do obrazów rzymskich z drugiej połowy XVII wieku. Przytoczył uwagi wcześniejszych badaczy, w tym Zygmunta Batowskiego, który dostrzegł duże podobieństwa do dzieł Carla Maratty, jednego z najwybitniejszych malarzy rzymskiego baroku, m.in. do obrazu w kościele Santa Maria in Valicella. Jest niemal pewne, że polski malarz, wykształcony w Rzymie, w najsłynniejszej szkole artystycznej, jaką była Akademia św. Łukasza, w której wiodącą osobowością był Carlo Maratta, skopiował dzieła mistrza lub nabył grafikę z przedstawieniem słynnego obrazu. Tematyka obrazu wpisuje się w szerszy program ideowy kościoła, którego głównymi wątkami są przymioty Marii zaczerpnięte z Pieśni nad Pieśniami, Niepokalane Poczęcie Marii i Boskie pochodzenie Chrystusa. Trzymana przez anioła banderola z tekstem brzmiącym w języku polskim „Pochodzenie jego któż wypowie”, nawiązuje do ziemskich przodków Jezusa, do przymierza zawartego z Abrahamem, z którego potomków miał powstać Zbawiciel. Kosz z owocami jest symbolem ofiary i jednocześnie atrybutem św. Anny jako personifikacji pierwiastka ziemi. Zwraca uwagę wyraz twarzy Marii, smutnej, poważnej, przeczuwającej nadchodzącą ofiarę, jaką złoży dla ludzkości jej syn. Pod względem formalnym obraz może przypominać scenę w teatrze, z proscenium, na którym ułożeni są aktorzy, odsłaniani przez anioła kotarą, ze stolikiem, jakby rekwizytem o symbolicznym w tym przypadku znaczeniu. Takiego rodzaju teatralne kompozycje były częste w malarstwie włoskim dojrzałego baroku, specjalizował się w nich Carlo Maratta. Krakowski obraz jest niewątpliwie jednym z najwybitniejszych dzieł w malarstwie polskim, wyróżniając się indywidualnym ujęciem tematu, pogłębionym wyrazem psychologicznym, wyrafinowaną kolorystyką i światłocieniem oraz naturalistycznym podejściem do martwej natury, niczym z obrazów Caravaggia.
Obraz do ołtarza głównego w kościele św. Anny wykonał Jerzy Eleuter Szymonowic Siemiginowski zapewne około 1701 roku (wówczas otrzymał część wynagrodzenia). Inspiracją dla malarza było dzieło włoskiego artysty Carlo Maratty w kościele Santa Maria in Valicella w Rzymie. Krakowski obraz jest niewątpliwie jednym z najwybitniejszych dzieł w malarstwie polskim i jednym z najlepszych w twórczości Siemiginowskiego, laureata nagrody w Akademii św. Łukasza w Rzymie. Wyróżnia się indywidualnym podejściem do tematu, pogłębionym wyrazem psychologicznym postaci, wyrafinowaną kolorystyką, silnym światłocieniem oraz naturalistycznym ujęciem martwej natury.
Józef Skrabski, "Św. Anna Samotrzeć", [w:] "Sakralne Dziedzictwo Małopolski", 2025, źródło: https://sdm.upjp2.edu.pl/dziela/sw-anna-samotrzec-8