Ołtarze barokowe charakteryzowały się bogactwem form, dekoracji i kolorystyki. Drewniane ołtarze pokrywano najczęściej barwną polichromią odpowiednio dopasowaną do wnętrza kościoła. Malowano je na różne kolory: niebieski, fioletowy, zielony i bordowy oraz wiele innych, a poszczególne elementy dzieła, takie jak kolumny, profilowania czy ornamenty obficie złocono. Polichromia i złocenia miały różne zadania. Za ich pomocą wydobywano i podkreślano poszczególne elementy konstrukcji i dekoracji ołtarza. Ta sama polichromia podkreślała pary ołtarzy bocznych. Przede wszystkim jednak miała za zadanie imitować inne materiały, takie jak kamienie i różnobarwne marmury. Dzięki temu drewniany ołtarz pomalowany na sposób imitujący marmoryzację (sposób malowania, który miał naśladować kolor i żyłkowanie typowe dla danego kamienia), wydawał się wykonany z tego materiału, choć był dużo tańszy w wykonaniu. Często ołtarze barokowe były również malowane na kolor czarny, który nawiązywał do ołtarzy wykonywanych z czarnego marmuru, pochodzącego z jednego z najważniejszych ośrodków kamieniarskich w Rzeczpospolitej – miejscowości Dębnik pod Krzeszowicami. Naśladowano także inne rodzaje marmurów, np. różowy marmur paczółtowicki, szary marmur chęciński i wiele innych. Końcem XVIII wieku i na początku XIX wieku ołtarze polichromowano na kolor biały z szarym żyłkowaniem, aby imitowały marmur karraryjski.
Wraz ze zmieniającymi się modami i epokami, ołtarze przemalowywano na różne kolory, aby nadać im wygląd zgodny z ówczesnymi gustami. Konserwatorzy (specjaliści zajmujący się odnawianiem dzieł sztuki) odkrywają zazwyczaj kilka historycznych warstw polichromii na ołtarzach, a więc kolorów, na które kiedyś pomalowane były ołtarze.